对于临床菌株，美国CLSI组织的文件MM-18A《DNA靶基因序列鉴定细菌和真菌的解释标准；批准指南》详细介绍了广谱基因测序技术（broad-range gene sequencing）在细菌与真菌鉴定中的应用，其中综合了细菌的生化反应、rRNA靶基因与其他靶基因序列分析的方法。
表16SrRNA基因序列鉴定细菌的通用解释标准
相似度
序列的类型
相似度差是否大于0.8%
结果报告
评述
≥99.பைடு நூலகம்%
模式菌株
是
属名和种名
≥99.0%
模式菌株
否（与他多个种的相似度差小于0.8%）
属名和多个种名
低鉴定度的鉴定
97.0-98.9%
模式菌株或有效命名的菌株
能与其他属区分
属
需注明“亲缘关系最近的菌种”
95.0-96.9
模式菌株或有效命名的菌株
可能的新属新种，并注明“亲缘关系最近的菌属”
< 95%
模式菌株或有效命名的菌株
可能的新属新种