确定运行后就会出现下面这个
采用变通的办法，下载新版Dnapars ver3.61
同样修改参数M
成功运行！
最后Dnapars ver3.61输出二个文件，分别命名为dnapars,outfile和dnapars,outtree
最后运行consense，导入dnapars,outtree
打开consense,outfile
2
To reconstrut phyligenetic tree，构建一个进化树；
3
对进化树进行评估。主要采用Bootst：最大简约法
1
首先用ClustalW比对序列。
2
使用SEQBOOT产生重复随机序列。
3
使用DNAPARS构造进化树。
4
使用CONSENSUS分析一致性。
首先用CLUSTALX对齐序列，输出1.phy，文本 编辑器打开后如下图：
共8个序列，每个序列50个碱基。
然后，打开软件SEQBOOT，如下图
输入刚才生成的1.PHY文件 输入一个4N+1的数字后，比如5。
Bootstraping法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中 任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个 新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。 一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据 某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配 对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个 进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数 规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真” 的进化树。
如图：
对比两种方法得到的进化树结果
谢谢。
用PHYLIP构建进化树
冯伟，北医三院血管医学研究所 snooppyyy@
进化树（Phylogenetic tree）分析
对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤
1 To align sequences，要对所分析的多序列目标进行排列；常用的软件有： CLUSTALX和CLUSTALW。
R选项让使用者输入republicate的数目。所谓 republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。
打开输出文件，如图，得到了100组序列集。 文件为2,out
打开DNAPARS
输入Seqboot的输出文件，2,out 新建dnapars的输出文件 3,out
修改参数M
以这个输出文件为输入文件，执行NEIGHBOR软件
修改M的参数为100
修改后结果如图，选Y后运行，最后得到两个文件neighbor,outfile 和neighbor,outtree
最后用CONSENSE读入neighbor,outtree，运行后生成两个文 件，outfile和outtree，打开outfile文件，即可查看结果。
第二种方法，邻位相连法
① 首先执行SEQBOOT软件将这8个序列变成100 个republicate ；
② DNADIST软件，把SEQBOOT生成的文件输 入；
③ 执行NEIGHBOR，输入DNADIST的输出文件； ④ CONSENSE，查看最后结果。
运行DNADIST，导入Seqboot的输出文件
并且命名DNADIST的生成文件为dnadist,outfile
修改参数T，键入15-30之间的数字； 修改参数M，改为100
运行后生成文件如下图
这个文件包含了与输入文件相同的100个 republicate，只不过每个republicate是以两 两序列的进化距离来表示。文件中的每个 republicate都省略了第一排的Mo3 Mo5 Mo6 Mo7 Mo8 Mo9 Mo12 Mo13。