1
3
2
4
27
亲缘关系对表型的贡献——TASSEL结果
σ2a σ2e
28
Version3.0 & Version2.1
2
模块选择
数据信息 报告说明 运行进程
3
每个模块的具体菜单 数据、结果的详细内容
数据模块
GDPC：基因型和表型公共数据的导入 Load：本地数据的导入 Export：基因型数据的导出 Site：基因型数据的过滤 Taxa：特定分析材料的选择
并集合并 交集合并
基因型的数据格式1——Phylip
材料数 序列长度
材 料 名 称
7
基因型数据格式2——polymorphism1
标记名称
材
料
名
基因型
称
缺失数据
8
基因型数据格式2——polymorphism2
标记名称
材
料
名
基因型
称
缺失数据
9
基因型数据格式3——plink
.map
遗传距离 物理距离
染色体
标记名称
18
V2.1——群体结构格式
亚群数目
材
料
标题行数
数
亚群名称
目
材 料 名 称
19
V2.1——表型数据格式
性状数目
材 料 数 目
材 料 名 称
标题行数 标题行数
20
数据的输入和输出 Data → Load (File) Data → Export; Results → Table ∙ ∙ ∙
21
分析数据集的保存(以及数据类型的定义
Impute SNPs：基因型缺失数据的模拟 ？‐>transform：基因型和表型数据的转化 p<‐>q transform：相似材料名称的转化
4
分析模块
遗传多样性
进化树 连锁不平衡
亲缘关系
GLM：一般线性模型 MLM：混合线性模型
5
结果模块
6
.ped
材料名称
家 系 编 号
母本编号
父本编号
性别 性别
10
基因型数据格式4——hapmap
标等 物
记位染理正
名 称
基 因
色 体
位 置
反 链
材料编号
11
Q矩阵或PCA数据格式
亚群名称
材料名称
个体基因 组在某个 类群的百 分比
12
材料总数 材料名称
K矩阵数据格式
两两个体之间的 亲缘关系系数
13
表型数据格式
22
二、遗传关系对表型变异贡献 的分析方法
23
群体结构对表型变异的贡献——SAS Code1
材
料性
群
编状
体
号名
名
称
称
表型值
个体基因组在所属 类群所在的比例
24
群体结构对表型变异的贡献——SAS Code2
25
群体结构对表型表型的贡献——SAS 结果
26
亲缘关系对表型的贡献——TASSEL1
TASSEL的简介及遗传关系对表型 变异的分析方法
杨小红 中国农业大学国家玉米改良中心
2011.5.24
1
一、TASSEL
Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage
Bradbury et al, 2007, Bioinformatics 23:2633‐2635 /bioinformatics
材料名称
性状名称
14
V2.1——数据模块
Load 基因型的转化
15
V2.1——基因型数据格式——Polymorphism
多态性位点数目
材 料 数 目
材 料 名 称
标题行数 标记名称
16
V2.1——Polymorphism数据格式转换
1
3
2
4
17
V2.1——Polymorphism数据格式转换结果