在这里，我们将确定序列中最大的ORF， 并翻译它。
search 菜单的“查找ORF”，点击，会出现右边的 对话框。
单击Find Next， 寻找第一个ORF位置。 继续点击Find Next ，
183-455 bp的最大ORF
Editseq
DNA序列翻译
选定ORF，从Goodies菜单中选择 “Translate”
Protean
Protean’s蛋白质分析方 法
使用蛋白酶消化与SDS PAGE电泳
Protean可以识别蛋白序列上的蛋白酶酶切位点，并将酶切片 段的电泳结果以图形展示出来。
二级结构模拟
Protean能够展示诸如螺旋轮，螺旋网和beta片层等基本元件 的二级结构。在这一节中，我们做一个阿尔法区域的螺旋轮二 级结构。
在这一节中，我们将对已有的GeneQuest 文件“Nematode R01H10”进行操作。
GeneQuest
查找重复序列
Inverted Repeats— 寻找反向重复序列。 Dyad Repeats—寻找 palindromes回文。 Direct Repeats—寻 找正向重复序列。
GeneQuest
primer
打开序列文件
粘贴序列窗口
这一窗口使得一段核酸序列 通过选择以四种不同的方 式粘贴上去。 分别为As is、reversed 、 complemented 以及reverse complemented 这样便于从其 他程序中粘贴序列而无需 考虑其序列保存的方向
primer
Search Criteria 窗口
MegAlign
查看队列报告
MegAlign
创建Decorations和Consensi
另外，我们可以通过加入“decorations”和 “consensi.”来优化展示的效果。 Decorations包括加框、加阴影和隐藏。在 这节中，我们将介绍如何将一致碱基隐藏 起来，使队列报告更直观、清晰。
Primer 引物设计 Align 序列比较 Enzyme 酶切分析 Motif 模体分析
primer
一些原则和说明
引物长度 一般为18到24个碱基 控制着引物的特异性和在PCR反应中的退火温
度 TM值 56到63°C，引物对的TM值要接近。 GC含量 在50%左右比较合适 多义性 尽量减少引物多义性，特别是3 ’ 3’ End Stability 稳定性较强的5 ’ 末端和相对较 弱的3 ’末端。
MegAlign
简单说明
在我们实行队列之前，我们应该选择一 个权重表。 MegAlign’s残基权重表，用于对多序列 比较进行评分，这样虽然残基不匹配， 但残基化学性质相似的序列的评分要比 化学性质不相似的序列的评分要高。我 们的序列是蛋白质，并且我们将使用 Jotun Hein方法，所以“Structural”表是 最好的选择。
RNA折叠
GeneQuest可以以RNA 折叠形式查看序列特 征。 Analysis菜单中的 “fold as RNA”选项。
GeneQuest
GeneQuest的其他特点
序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大 小； 打开方法帘（method curtain）。 从More Methods中选择Enzymes Restriction Map 加入方法帘。
从OPTIONS MENU， 使用Size命令增加字体 大小到看得清楚为止。
MegAlign
简单说明
现在我们需要选MegAlign’s的两个多序列比较 方法中的一个进行操作：Clustal或者Jotun Hein。如果已知序列有一定的同源性，我们推 荐使用第二种，如果序列相关背景未知，可以 选择Clustal。 我们使用的序列已知全部是calmodulins，所以， 我们使用Jotun Hein 。
GeneQuest
从MapDraw开始
MapDraw工具可帮助你查找DNA序列中的酶 切位点，以便于下步克隆实验操作。 根据实验设计、分析和实验结果展示需要的不 同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简 单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切
位点的同时，还可以同时展示序列读框及其翻译结果。
Primerselect
seqMan
Primer primier 5.0 Plasmid Toolkit 1.4s
GPreinmeeTra(n引k(物序设质操列计粒作编)绘简辑图单) 工。具， Align (序列比较) Enzyme (酶切分析) Motif (模体分析)
DNAstar是一多功能软件包。
MegAlign
Consensi“一致性”优化后的队列报告
最终的 队列报 告便如 右所示
MegAlign
从Protean开始
在这一节中，利用protean软件包， 我们可以对蛋白质的二级结构、电 荷分布、疏水性、抗原性等进行预 测。
Protean
创建蛋白质分析文件
打开名为“Demo Sequences.”的文 件夹。 双击“Human Calmodulin” ， 打开如右窗口， 在这里，可以看 到
序列信息查看 序列较对
Editseq
打开已有序列
从文件菜单，选择Open。
打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列 “TETHIS21”。
单击Set Ends按钮。 Set Ends被打开（如右）。
5’框和3’框中键入50和850， 点击OK。单击Open。
Editseq
寻找开放读框
Map酶切位点按位置排序 按酶的降序排序 按酶切频率排序 缺失酶切位点 单一酶切位点
MapDraw
从MegAlign开始
MegAlign可进行DNA和蛋白质序列的双 序列比较和多序列比较(multiple aligment)。 根据多序列比较(multiple aligment)的队 列(aligment)结果，可制作进化树 （Phylogenetic trees）。 有关序列距离的数据和残基替代情况， 可以容易地作成表格。
MapDraw
新酶切图制作
以组氨酸DNA序列 “tethis21.seq” 为例。 首先我们寻找能够 切割组氨酸DNA序 列的酶切位点。 从文件菜单选择 “open”,打开如右 所示窗口（点线图）
MapDraw
其它酶切图表示方法
如右所示，是一种酶 切结果的环形展示图。
另有：工作表形式
线性小地图 线性图 ORF Map
MegAlign
设置权重表
l 从ALIGN 菜单选择
Set Residue Weight Table打开左面的窗口。 l 从上面的下拉菜单选 择Structural。单击同 意。 现在我们可以比较我们 的calmodulin序列了。
MegAlign
进行队列分析
从ALIGN MENU选择 Jotun Hein Method。 队列进程窗显示比较完 成的百分比。 当队列完毕，工作台会 显示队列的结果。
MegAlign
Decorations“修饰” 后的队列报告
最终的 队列报 告如右 所示
MegAlign
创建Decorations和Consensi
Consensi是另外一种图形展示方法，可 以用来标志ambiguous残基。另外，序列 中一致和不一致的残基可以用直方图在 队列报告中展示。当在某个位置上，任 何一个序列的残基与其他序列不一样时， 一致序列就会以星号表示。并且用直方 图的长短显示其中一致残基的多少。
分子生物学相关软件操作与说明
动医学院传染病组
相关软件
DNAstar
综E合d性its序eq列工具软件，功能很广，囊括分子 生G物e学ne领q域ue大st多数内容:查找ORF、序列较对、 DNmA序ap列d翻ro译w 、查找重复序列、RNA折叠、酶 切 化M位 分e点 析g分 、ali析 引gn、 物双 设序 计列 、或 蛋多白序结列构比预较测、、遗序传列进修 整Protean
目前应用最广的生物软件之一。

从Editseq开始
EditSeq是能够输入，并且可以修改DNA或蛋白 质序列的一种工具包。
每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分： 上边的一部分为序列文件，中间的一部分是评 论，底部是序列的注释。
查找ORF 序列翻译
MegAlign
序列的差别和相似性
通过VIEW 菜单中的 Sequence Distanc查看 序列的差别 和相似性 。 如右所示
MegAlign
残基取代数目
通过VIEW 菜 单中的Residue Substitutions查 看残基的替代 数目（如右）。
MegAlign
Phylogenetic Tree查看
目的不同搜索标 准不同 搜索类型 默认设置 搜索模式
primer
编辑引物窗口
可对引物 的长度、 GC含量进 行手动调 整，添加 酶切位点、 linker等
primer
软件上限
primer
相关生物网站及论坛
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展示滴定曲线
Protean会在等电点处加一个蓝色的“crosshairs”，以显示pH 和所带电荷。
Protean
Primer primier 5.0是一种设
计引物的应用软件，利用它的高级引 物搜索、引物数据库、引物编辑和分 析等功能可以设计出具有高效扩增能 力的理想引物。
primer简介
该软件主要由一下四个主要功能板块组成：
序列校对
在完成对序列的编辑后，可通过EditSeq 的校读功能 ，进行序列较对。
单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴）， 或者从SPEECH 菜单，选Proof-Read Sequence。