各个门或纲的拉丁文名字，常见藻类的拉丁文名字（如：微囊藻、直链藻、小球藻……）
蓝藻门Cyanophyta
蓝藻纲Cyanophyceae
色球藻目(Chroococcales)：聚球藻Synechococcus sp、蓝球藻Chroococcus、Gloeocapsa粘球藻、Aphanocapsa隐球藻、Aphanothece 隐杆藻、粘杆藻Gloeothece、Microcystis微囊藻、Coelosphaerium腔球藻、Gomphosphaeria束球藻、Woronichinia乌龙藻（欧氏藻）、Snowella雪藻（小雪藻）
宽球藻目(Pleurocapsales)
颤藻目(Oscillatoriales)：颤藻Oscillatoria、席藻Phormidium(胶鞘藻)、浮丝藻Planktothrix、Phormidium胶鞘藻、鞘丝藻Lyngbya、Planktolyngbya浮鞘丝藻、Pseudanabaena假鱼腥藻、Limnothrix湖丝藻（泽丝藻）、螺旋藻Spirulina、束毛藻Trichodesmium
念珠藻目(Nostocales)：鱼腥藻Anabaena、拟鱼腥藻Anabaenopsis、念珠藻Nostoc、Cylindrospermum柱孢藻、尖头藻Raphidiopsis、束丝藻Aphanizomenon(蓝针藻)、Scytonema伪枝藻、胶刺藻Gloeotrichia(顶孢藻)
真枝藻目(Stigonematales)：Stigonema真枝藻
绿藻门绿藻纲
团藻目：Chlamydomonas衣藻、Chloromonas拟衣藻、四鞭藻Carteria、长绿梭藻Chlorogonium、Volvox团藻、Eudorina空球藻、Pandorina 实球藻、Pleodorina杂球藻、Gonium盘藻、
四孢藻目：四孢藻Tetraspora、四集藻Palmella、葡萄藻Botryococcus
绿球藻目：卵囊藻Oocystis、小球藻Chlorella、栅藻Scenedesmus、十字藻Crucigenia、Tetrastrum四星藻、四角藻Tetraedron、蹄形藻属Kirchneriella、月牙藻属Selenastrum、小椿藻Characium、弓形藻Schroederia、纤维藻Ankistrodesmus、单针藻Monoraphidium、微芒藻Micractinium、多芒藻属Golenkinia、胶网藻Dictyosphaerium、四球藻Westella、盘星藻Pediastrum、水网藻Hydrodictyon、集星藻Actinastrum、空星藻Coelastrum、
丝藻目：游丝藻Planctonema、微孢藻Planctonema、双胞藻属Geminella、
鞘藻目：鞘藻Oedogonium、
刚毛藻目：刚毛藻Cladophora、
接合藻纲：
Mougeotia转板藻、Spirogyra水绵属、Zygnema双星藻、Cylindrocystis柱孢鼓藻、Netrium梭形鼓藻、Spirotaenia螺带鼓藻、Closterium新月鼓藻、Pleurotaenium宽带鼓藻、Penium柱形鼓藻、Staurastrum角星鼓藻、Xanthidium多棘鼓藻、Cosmariumdepressum 扁鼓藻、Micrasterias微星鼓藻、Spondylosium顶接鼓藻、Hyalotheca圆丝鼓藻、Onychonema棘接鼓藻、Sphaerozosma瘤接鼓藻
硅藻门Diatom
Centricae中心纲
圆筛藻目：Cyclotella小环藻、Coscinodiscus圆筛藻、Stephanodiscus冠盘藻、Melosira直链藻、Skeletonema骨条藻、Thalassiosira 海链藻、冠盖藻Stephanopyxis、细柱藻Leptocylindrus
根管藻目：Rhizosolenia根管藻、
盒形藻目：Attheya四棘藻、Biddulphia盒形藻、Chaetoceros角毛藻、双尾藻属Ditylum、漂流藻Planktoniella、三角褐指藻、Pennatae羽纹纲
无壳缝目：Diatoma等片藻、Tabellaria平板藻、Asterionella星杆藻、Synedra针杆藻、Fragilaria脆杆藻、Achnanthes曲壳藻、Cocconeis卵形藻
短壳藻目：Eunotia短缝藻
单壳藻目：Achnanthes曲壳藻、Cocconeis卵形藻
双壳藻目：Gomphonema异极藻、Didymosphenia双楔藻、Amphora双眉藻、Cymbella桥弯藻、Navicula舟形藻、Pinnuralia羽纹藻、Stauronei s辐节藻、Diploneis双壁藻、Gyrosigma双缝藻/布纹藻
管壳藻目：Bacillaria硅杆藻、Epithemia窗纹藻/网眼藻、Nitzschia菱形藻、Hantzschia菱板藻/汉兹藻、Surirella双菱藻、Cymatopleura波纹藻
甲藻门dinoflagellates
薄甲藻Glenodinium、Peridinium多甲藻、Ceratium角甲藻、Gymnodinium裸甲藻
XANTHOPHYTA黄藻门：Tribonema黄丝藻
Chrysophyta金藻门：Dinobryon锥囊藻、Mallomonas鱼鳞藻
隐藻门：隐藻Cryptomonas、蓝隐藻Chroomonas
裸藻门：Euglena裸藻、Phacus扁裸藻、Trachelomonas囊裸藻、Strombomonas陀螺藻。