（1）Quick Search(快速查询)
（2）Standard Query(标准查询)
（3）Extended Query(扩展查询)
标准查询后的结果
CS116935的详细信息
三、DDBJ
（一）DDBJ 概述
（二）DDBJ 检索
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（一）DDBJ概述
DDBJ (DNA Data Bank of Japan，日本核酸数据 库，http://www.ddbj.nig.ac.jp/indexe.html)创建于1986，现由日本国家遗传学研究所的生 物信息中心（CIB/DDBJ）管理和维护。 截止至2009年9月，DDBJ（79版）共收录 108,593,519条序列, 106,684,379,504个碱基。 DDBJ 主页除了提供SRS、ARSA、TXSearch 、 BLAST等数据检索功能外，还提供SAKURA、MSS、 Sequin数据提交工具和CLUSTAL W、FASTA、 BLAST等数据分析工具。
SRS查询方法 通过EBI的SRS服务器 （）进入Quick Search界面。 点击“Library Page”，即数据库选择页。 选择好要检索的数据库后，SRS提供三种查询 方式。 （1）Quick Search (快速查询) （2）Standard Query(标准查询) （3）Extended Query(扩展查询)
（二）EMBL-Bank检索 获取EMBL-Bank的核酸序列数据主要是通过 SRS（Sequence Retrieval System）序列 检索系统 由Lion Bioscience公司继续开发，而成为一 个商业软件，科研单位只要与它签订协议即可获 得该软件的免费使用权。 SRS是一个开放式的，可以根据需要安装不同的 数据库。
二、 EMBL-Bank
（一）EMBLBank概述
（二）EMBLBank检索
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（一）EMBL-Bank概述 EMBLBank(/embl/)是 国际三大核酸序列数据库之一，创建于1982年。 现由欧洲生物信息学研究所(EBI)管理和维护， 主要收集欧洲产生的核酸序列数据。 到2009年8月，EMBL-Bank（101版）的核 酸序列达到163656234条，碱基数达到 283748816763个。 对于每条核酸序列，相关信息包括序列名称、序 列、染色体定位、关键字、来源生物体、参考文 献、注释、序列中具有重要生物学意义的位点等。
第八章 生物信息学资源检索
胡德华
目录
1
2 3
第一节 生物信息学数据库概述
第二节 核酸序列数据库
第三节 蛋白质数据库
4
5
第四节 基因组数据库
第五节 疾病基因数据库
2
第一节 生物信息学数据库概述
一 生物信息学数据库的类型
二
生物信息数据收集与存贮
三
生物信息学数据库的查找
3
一、生物信息学数据库的类型
按收录信息内容分
6
（二）生物信息数据的存贮
存贮格式
1．记录格式 主要有： EMBL格式、 GenBank格式
2．序列格式 又称Pearson 格式
7
三、生物信息学数据库的查找 （一）通过搜索引擎查找 （二）通过专门的生物信息学数据库目录查询
从2000年开始，《Nucleic Acids Research 》设立了 一个数据库目录 （/nar/database/c/）。
国际核酸序列数据库协作体
DDBJ
INSDC EMBL
GenBank
12
（一）GenBank概述
GenBank的数据来源于约260000个物种，每月新增 1700多个物种。大约12%的序列来自于人类，其中 8%是人类的EST序列。 每条GenBank数据记录包含对序列的简要描述、它的科 学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表以及序列 本身。 序列特征表里包含对序列生物学特征注释，如编码区、转 录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。 所有数据记录被划分成若干个子库，如细菌类（BCT）、 病毒类（VRL）、灵长类（PRI）、啮齿类（ROD）以 及EST数据、基因组序列数据（GSS）、高通量基因组 序列数据（HTG）等19类，其中EST数据等又被分成若 干子库。
突变数据库 图谱数据库
文献数据库
类型
结构数据库
序列数据库
4
二、生物信息数据收集与存贮
生物信息数据 收集与存贮
（一）生物信 息数据的收集
（二）生物信 息数据的存贮
5
（一）生物信息数据的收集
数据库与数据库合作
4．数据交换
数据库与测序中心合作
3．成批发送
数据库与期刊合作
2．直接发送
建库的初期
1．人工收集
（2）点击“GO”，得到各个数据库的检索结果。
（3）点击“Nucleotide: Core subset of nucleotide sequence records”，得到 GenBank核酸序列数据库中的4801条记录简要格式（Summary）。
(4）点击记录的标题，即可获取该记录的详细信息。
（三）通过生物信息学中心资源导航查询
一些著名的生物信息学中心不仅自己建立和维护大量 的生物信息数据库，而且一般在网上提供资源导航。
第二节 核酸序列数据库
一
GenBank
二
EMBL-Bank
三
DDBJ
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一、GenBank
（一） GenBank概述
（二） GenBank检索源自10（一）GenBank概述 是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)管 理和维护大型、综合性的公共核酸序列数据 库，包括所有已知的核酸序列和蛋白质序列， 以及与它们相关的文献和生物学注释。 网址： /Gen bank/index.html
（二）GenBank检索 Entrez是NCBI生物信息学数据库集成检索系统， 可以检索以下生物信息学数据库。
例如，查找H1N1流感病毒（H1N1 Flu Virus） 的核酸序列。其检索步骤是：
（1）进入Entrez主页（/gquery/）， 在提问框输入H1N1 Flu Virus。