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第三章 核酸化学

《动物生物化学》授课内容内容第三章核酸化学与结构核酸(nucleic xcids)属生物大分子,是一切生物必不可少的组成物质。

DNA 脱氧核糖核酸(dexyribonucleic acid)RNA 核糖核酸(ribonucleic acid)种类分布功能DNA 原核生物:核质区真核生物:95%在细胞核、5%在线粒体和叶绿体遗传信息的载体RNA tRNA 原核生物:细胞质携带、转移aa mRNA 真核生物:75%在细胞质肽链合成的模板15%在线粒体和叶绿体10%在细胞核rRNA 核糖体主要成分DNA主要分布细胞核,少量在线粒体、叶绿体;RNA主要分布细胞质,少量在线粒体和叶绿体;所有细胞(真核、原核)都含有DNA 和RNA。

病毒只含一种核物质;有DNA病毒和RNA 病毒之分。

一般情况下,真核细胞的核酸与某种特殊蛋白质组合在一起,形成复合物。

DNA:贮存全部生物信息的载体(以核苷酸排列方式,对信息进行多层次、结构复杂的组合贮存)。

通过DNA自我复制进行完整的结构与信息遗传;通过转录,把DNA信息转抄在指导合成的RNA上;通过翻译,将RNA信息转抄在指导合成的蛋白质上;以蛋白质结构与功能形式,表达出DNA生物信息的物质形态、结构特征与生物功能等。

转录翻译DNA RNA 蛋白质合成其他物质mRNA 或行使功能复制tRNArRNA生物遗传的中心法则(1958年提出)1、DNA是生物遗传信息的载体。

2、信息从DNA →RNA(主要指mRNA )→蛋白质的单向传递过程;3、信息从DNA →DNA的单向传递(复制)过程;*4、信息从模板RNA →DNA的单向传递(逆转录)后,再沿联DNA →RNA(mRNA )→蛋白质进行单向传递。

注:* 70年代克瑞克进行了修正。

1、RNA病毒以模板RNA为信息载体,这种RNA与三类RNA在构成上基本相似,但功能不同:只能指导合成对应的DNA,再以DNA为模板,合成mRNA等三类RNA,再指导合成蛋白质。

2、模板RNA具有相应的复制酶,可以进行自我复制。

遗传中心法则复制转录翻译DNA RNA 蛋白质合成其他物质mRNA 或行使功能反转录tRNA模板RNA rRNA复制3.1 核酸化学组成核酸分子的最基本组成单位是核苷酸(Nucloticle 简称Nt)。

它又是由更小的单元所构成。

核糖有脱氧、非脱氧两种核苷核酸核苷酸碱基有四种碱基磷酸一、碱基(base)是核酸的特征性物质。

DNA和RNA均有四种:DNA 腺嘌呤(A)鸟嘌呤(G)胞嘧啶(C)胸腺嘧啶(T)RNA 腺嘌呤(A)鸟嘌呤(G)胞嘧啶(C)尿嘧啶(U)嘌呤由嘧啶环和咪唑环组成。

另外嘌呤和嘧啶还有几种衍生物称为稀有碱基,(如次黄嘌呤和5—甲基胞嘧啶等)均在代谢过程中生产,在代谢及调控方面方面有重要作用。

不同物种还可产生特殊的衍生物,如可可碱、茶碱、咖啡碱等。

二、核糖(ribose)两种核酸的核糖都是戊糖——五碳糖。

DNA C 2上无OH基,称脱氧核糖核酸。

RNA C 2上有OH基,称核糖核酸。

由于分子结构中C 1为手性碳,故构型上有α、β两种,天然核酸中的戊糖均为β型;C 4也为手性碳,则有D、L型之分,天然核酸中均为D型;核糖形成的五元环为呋喃环。

三、核苷(Nucleoside )核糖C 1上的OH与碱基上的N 1 或N 9 脱去一分子水,以β—糖苷键相连(又称N—糖苷键)。

四、核苷酸(nucleotide)戊糖C5上的OH被磷酸化,形成磷酸酯键的即为单核苷酸。

1、三磷酸核苷酸单核苷酸上的磷酸基,一定条件下可再连接一个或二个磷酸基,形成的磷酸酯键具有极高的能量(比一般的磷酸键能量高2—4倍),称为高能磷酸酯键。

是生物代谢中最重要的能量贮存、转换、运输载体,参与很多代谢过程,并直接提供能量。

对应于四种碱基,则有四种类型。

每类有三种。

例AMP含1个磷酸,称腺苷一磷酸;ADP含1个高能磷酸键,称腺苷二磷酸;ATP含2个高能磷酸键,称腺苷三磷酸。

2、环化核苷酸单核苷酸分子内环化形成。

是生物体重要的信息载体。

如cAMP、cGMP 等。

cAMP(环化腺苷酸):5′的磷酸基与3′的OH形成双酯键六元环。

cAMP在细胞内由环化酶合成,二酯酶分解。

A TP 腺苷酸环化酶cAMP 磷酸二酯酶5′—AMPppicAMP是很多激素的信息传递物质,激素称为第一信使,cAMP称为第二信使。

它通过一定机制,将激素信号传递到细胞内,并将信号放大后再传递给胞内其他介质;有些组织中的cAMP还可传递神经信号、遗传信号等不同形式的化学、电子信息等。

五、核酸由核苷酸之间以磷酸二酯键相连排列成线性结构。

并具有严格的5′ 3′方向性。

3.2 DNA分子结构核酸均为无分枝的多核苷酸长链结构。

核苷酸间均以3′5′磷酸二酯键相连,构成长链的主轴。

核酸上的四种碱基,只能A/T、G/C以氢键相配,且物质的总含量符合[A+C]=[G+T]规则,称为碱基当量定律。

一级结构核苷酸以3′5′磷酸二酯键连结成的线性排列结构。

因核酸链5′端有一个P ,3′端有一个OH基,故规定序列写法:5′→3 ′从结构上看,一级结构决定高级结构;从功能上看,一级结构的精确排列决定了遗传信息内容。

1977年英国的桑格首先测出了噬菌体φχ174的单链环状DNA的5386NT的线性排列结构。

90年代中期,开始进行多国合作的人类基因组大规模测序工作。

现在有专门的设备来进行测序,时间短,工作效率极高。

二级结构1953年,美国沃森(Watsosn)和克瑞克(Crick)提出:DNA右手双螺旋模型。

“Right handed B-form DNA Double helix Model ”特征要点:①每条DNA链均由2条平行的多核苷酸链相反平行构成,并围绕同一个中心轴,形成右手螺旋状。

②疏水性碱基层叠于螺旋内侧,亲水性磷酸和戊糖形成DNA骨架主链,位于螺旋的外侧。

③碱基平面间距0.34 nm,并与中心轴垂直;螺旋每周有10对核苷酸;螺距3.4 nm ;相邻碱基转角36º。

④双螺旋直径20 nm,因碱基对所占空间不对称,故在螺旋结构中留下大、小两条沟。

大沟更有利于和专一性蛋白质结合。

⑤两条链的碱基之间互补配对:嘧啶/嘌呤(即A—T,G—C);碱基间以氢键相连,A T,G C。

按此原则,确定单链排列后,就可知另一条互补链序列。

上述特征是天然DNA中最主要的、最稳定的B型结构。

A型:右手螺旋,由B型脱水后形成。

天然态在RNA—DNA杂交链中常出现。

Z型:左手螺旋,生物意义还不很明确,可能与基因信息表达与关闭有关。

三链螺旋体;1957年发现在基因的调控区或染色质的重组部位有DNA的三螺旋结构。

可能的功能有:可阻止调节蛋白与DNA结合,关闭基因转录过程;与基因重组,交换有关;作为分子剪刀(molecular scissors),定点切割DNA分子;加入反义的第三条链(anti-sence polydNt) 终止基因的表达等。

维持双螺旋结构稳定的主要因素:碱基堆积力、疏水力、氢键、离子键、范氏引力等次级键。

高级结构在二级结构的基础上进一步形成高级结构。

线性DNA 指常见的双螺旋结构,也是行使功能的基本结构;它的分子张力最小。

环形DNA 当线性结构的2个端口,呈开放的互补状时(称粘性末端),末端可以发生碱基配对,并共价连接成闭环形态。

且分子张力增大。

这是线粒体、叶绿体以及多数原核生物DNA 的主要存在方式。

超螺旋DNA(Superhelix or Supercoil DNA)在环形链基础形成。

左手超螺旋称负超螺旋(缠松),右手称正超螺旋(缠紧),天然态以负超为主。

这种结构在DNA复制、转录控制过程中,具有非常重要的作用。

超螺旋又称拓扑结构,形成或解除这一复杂结构有专一性很强的拓扑异构酶(Top I 与Top II )完成。

Top I 对负超螺旋处的单链亲合力极高,主要起切链解旋作用;Top II 对非超螺旋有亲合力,起切链加螺旋作用。

真核细胞中核DNA的高级结构是一种极为复杂的特殊超螺旋。

核←染色体←单染色体←染色丝←核小体组蛋白核小体(nucleosome) 由DNA双螺旋以负超螺旋方式,盘绕在组蛋白球上(八聚体共有5种)1又1/3圈构成。

盘绕部分的DNA长140个碱基对,间链约60个碱基对,共200个碱基对。

核小体结构相当于超螺旋。

是染色体最基本的结构单位。

3.3 RNA特点与结构1、主要特点RNA主要有三类:mRNA(信使)、tRNA(转运)、rRNA(核糖),另一类特殊的模板RNA,存在于RNA型病毒中。

mRNA :合成蛋白质的模板;占RNA总量3—5%,但种类很多;分子大小不一(均一性差);分子活跃但不稳定。

真核生物:在核内合成,进入胞质后,需修饰加工才有活性并保持稳定;寿命长,从几小时到几十天(卵细胞);5′加“帽子”:RNA的5′端接一个7—甲基鸟苷酸(m7G)3′长“尾巴”:RNA的3′端接一段polyA,由专一聚合酶完成原核生物:在胞质中合成,无需修饰就有活性(无帽子和尾巴结构),但分子稳定性差,寿命短,从几秒到几分钟。

rRNA:是核糖体重要组成之一(占其质量60%)。

核糖体是合成蛋白质的场所,分布在胞浆中;rRNA占RNA总量80%;代谢稳定,分子量大,一般由大小两个亚基组成。

tRNA:在合成蛋白质时,是氨基酸的运输载体;每种tRNA可带至少一种氨基酸进入核糖体;分子量小,含75—90个核苷酸组成;占RNA总量15%。

模板RNA:功能上相当于DNA;可以是双链(多为分子内双链)也可以是单链;主要存在于RNA型病毒。

2、结构一级结构核苷酸以3′5′磷酸二酯键连结成的线性排列结构。

主要有AGCU四种碱基;部分RNA中含有少量稀有碱基,(碱基衍生物),与RNA 特殊功能有关。

链的书写方向为5′→3′。

二级结构RNA分子一般为单链,局部可以相互配对形成双链区(配对原则与DNA同,A/U,C/G),并可能产生右螺旋,而非配对区为直链或开环状如:“发夹”结构、“三叶草”结构等。

三叶草结构是tRNA的典型结构,主要特征有:①氨基酸臂:分子3′端由4个单链碱基和7个配对碱基对臂组成;CCA为携带活化氨基酸的活性位点。

②D环(二氢尿嘧啶环):由8—12个核苷酸组成,含有二氢尿嘧啶碱基(稀有碱基。

③反密码环:由7个碱基组成,含反密码子序列(由3个核苷酸组成);能识别mRNA 上密码子信号的位点。

④TψC环:由7个核苷酸构成,含有稀有修饰碱基T、ψ;识别结合核糖体的功能位点。

⑤可变环:核苷酸数目不详,功能也不明;是tRNA分类的重要指标。

高级结构:因RNA链内局部双链螺旋、直链和环化结构共存,使整个分子的空间结构发生变形、强行扭曲;进而形成特定高级结构。

分子高级结构中,均以稳定分子、提高活性为目的,最大限度的暴露和利用活性位点的功能。

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