如何在phytozome中找物种同源基因 并用DNAman比对序列
Zakery 2016年5月26日
首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如 水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
点击BLAST search
பைடு நூலகம்
在target type中选择proteome，把氨基酸 序列复制到BLAST框中，点GO
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
这是结果，得分越高说明同源性越高
点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
接下来就是用DNAman分析了
选择输入序列
选择序列文件所 在位置
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项 然后一直点击下一步
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
这是去除后的序 列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单