2011-12-22 blast软件及常用数据库介绍 18
具体步骤 1.将所需比对的序列转化为fasta格式
2.执行比对命令
3.对比对结果分析
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比对结果
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STEP2
用Blast程序包提供的 formatdb工具格式化序列 数据成数据库
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为什么要进行格式化？
因为构建的fasta格式的数据库文件必须被formatdb格式 formatdb.exe是所用的程序名 化后，才能被BLAST中的blastall、blastpgp、 -i （input file）参数用于指定需要格式化的数据库 MegaBLAST等程序使用。 month.nt是一个blast格式的数据库名
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图形结果
匹配序列列表
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输入的序列
Blast 结 果 的 详 细 比 对 结 果
在库里比对到的序列
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3.对比对结果分析
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序列的fasta格式是最经常看到的格式之一。 Fasta格式开始于一个标识符：“>”，然后是一行描述，下面是 一行行的序列。每行最好不要超过80个字母。 新建一个名为 “text”的文本文档 打开，输入序列，如
>Text AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTG TGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTAT TGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTAC ACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCG GGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAG GTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCT GCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCG CCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAG CGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT
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BLAST资源
NCBI主站点： /BLAST/ ftp:///blast/ 其他站点： /blast/ /ncbi_blast.html /blast/ …… （网络版） （单机版）
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如何在windows操作系统下安装使用单 操作系统下安装使用单 如何在 机版BLAST软件？ 软件？ 机版 软件
下载ＢＬ-22
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Blast程序的下载地址: ftp:///blast/executables/release/2.2. 9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe
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BLAST的种类
Blast是一个集成的程序 是一个集成的程序 包，通过调用不同的比 对程序，blast实现了五 对程序， 实现了五 种可能的序列比对方式
白库做比对。 白库做比对。 Blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接比较核酸序列的同源性。 核酸序列对核酸库的比对 直接比较核酸序列的同源性。 的比对， Tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列， 蛋白序列对核酸库的比对 将库中的核酸序列翻译成蛋白序列， 的比对， 比对蛋白序列的同源性。 比对蛋白序列的同源性。 Tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成 核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对 在蛋白级别的比对， 蛋白序列，然后对蛋白序。 蛋白序列，然后对蛋白序。
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blast常用的一些参数
-p: 执行的程序名称 -d: 检索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名 -o :查询结果输出文件名 -m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另 外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。 -I :在描述行中显示gi号[T/F]，缺省值F -v :单行描述（one-line description）的最大数目，缺省值500 -b :显示的比对结果的最大数目，缺省值250 -a:运行BLAST程序所使用的处理器的数目，缺省值1 -T: 产生HTML格式的输出[T/F]，缺省值F -n: 使用MegaBlast搜索[T/F]，缺省值F -G: 打开一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0 -E: 扩展一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0 -q: 一个核酸碱基的错配(mismatch)的罚分（只对blastn有效）， 缺省值-3 -r : 一个核酸碱基的正确匹配(match)的奖分（只对blastn有效）， 缺省值1 -M: 所使用的打分矩阵，缺省值BLOSUM62
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原数据库文件
formatdb格式化数据库后，创建三个主要的文 库索引(indices)，序列 序列(sequences)和 件——库索引 库索引 序列 头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别 是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列） 或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。
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Formatdb 命 令 的 参 数 说 明 表
一个单独的blast数据库最大只能为4G，如果格式的数据库大 于4G，在“-v ”参数未设置的情况下，farmatdb程序会自动对 数 据库分卷 ，每卷最大为4G。也可以使用“-v ”参数设置卷 的大小，比如下面命令将卷的大小设置为2G : formatdb –i month.nt –p F –v 2000000000
保存在程序 目录下
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2.执行比对命令
3.对比对结果分析
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在DOS窗口中，执行 blastall –p blastn –d month.nt –i text.txt –o out.txt
blastall:通用检索命令 -p（program name）：为需要使用的程序名 blastn：为核酸序列对比搜索程序 -d（database name）：指定所使用的数据库 的名称 -i （input file）：待搜索的序列文件 -o（output file）：指定保存结果的文件
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-p (type of file)参数用于指定文件类型，T为蛋白 质，F为核酸，默认为T 格式化的步骤： -o (parse options)参数用于指定是否解析序列ID并 1.打开MS-DOS （开始→附件→命令提示符） 创建索引，T为创建，F为不创建，默认为F 2.进入数据库所在的硬盘 3.输入formatdb.exe -i month.nt -p F -o T 再回车
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GeneBank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以 库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，
及与它们相关的文献著作和生物学注释 ,它是由美国国立生物技 它是由美国国立生物技 术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工 建立和维护的。 术信息中心 建立和维护的 作者提交的序列 。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室 每天都会与欧洲分子生物学实验室 (EMBL)的数据库，和日本的 的数据库， 数据库(DDBJ)交换数据，使这 交换数据， 的数据库 和日本的DNA数据库 数据库 交换数据 三个数据库的数据同步。 的数据可以从NCBI的FTP服 三个数据库的数据同步。Genbank的数据可以从 的数据可以从 的 服 务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。 务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。NCBI还提供 还提供 广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务， 广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可以 从NCBI的主页上找到这些服务 。 的主页上找到这些服务
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nr.gz为非冗余数据库 nt.gz为核酸数据库
BLAST数据库
Month.nt.gz为最近一个月 的核酸数据库
右击需要下载的数据库，点击另
存为
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如何在windows操作系统下安装使用本 操作系统下安装使用本 如何在 软件？ 地BLAST软件？ 软件