VASP表面计算步骤小结(侯博士)一、概述vasp用“slab”模型来模拟表面体系结构。
vasp计算表面的大概步骤是:材料体性质的计算;表面模型的构造;表面结构的优化;表面性质的计算。
二、分步介绍1、材料体性质计算:本步是为了确定表面计算时所需的一些重要参数:ENCUT、SIGMA(smearing 方法为ISMEAR=1 或0时;而通常表面体系结构优化时选择这种smearing方法)、晶格参数。
<一>在计算前,要明确:何种PP;ENCUT;KPOINTS ;SIGMA;PREC;EX-CO,这其实是准备proper input files。
a. 何种PP选择的PP能使计算得到的单个原子能量值在1meV~10meV之间。
[参见P 21]所求得的单原子能量(对称性破缺时)可用来提高结合能的精度。
b. ENCUT [ 参见P 14 ]选择的ENCUT应使得总能变化在0.001eV左右为宜。
注意:试探值最小为POTCAR中的ENMAX(多个时,取最大的),递增间隔50;另外,在进行变体积的结构优化时,最好保证ENCUT=1.3ENMAX,以得到合理精度。
c. PREC [参见P 16]控制计算精度的最重要参数,决定了(未指定时)ENCUT、FFT网格、ROPT取值。
一般计算取NORMAL;当要提高Stress tensor计算精度时,HIGH 或ACCURATE,并手动设置ENCUT。
d. EDIFF & EDIFFG [参见P16]EDIFF 判断电子结构部分自恰迭代时自恰与否,一般取默认值=1E-4;EDIFFG 控制离子部分驰豫e. ISTART & ICHARGE [参见P 16]ISTART = 1, ICHARG = 11:能带结构、电子态密度计算时;ISTART =0, ICHARG = 2:其余计算ISTART = 1,ICHARG = 1(其他所有不改变):断点后续算设置f. GGA & VOSKOWN [参见P 16]GGA=91: Perdew -Wang 91;GGA=PE: Perdew-Burke-ErnzerhofVOSKOWN=1( GGA=91时);VOSKOWN=默认(其余情况)g. ISIF [参见P 16]控制结构参数之优化。
在对原胞进行变形状或者体积的优化时,ENCUT要取大(比如1.3ENMAX或PREC=HIGH),以消除Pulay Stress导致的误差。
h. ISMEAR & SIGMA [参见P 18]进行任何静态计算时,且K点数目大于4,ISMEAR=-5;当原胞太大,导致K点数目小于4时,ISMEAR = 0,并且要设置一个SIGMA;对绝缘体和半导体,不论是静态计算还是结构优化,ISMEAR = -5;对金属体系,SMEAR=1和 2,并且设置一个SIGMA;能带结构计算,用默认值:ISMEAR=1,SIGMA=0.2;一般来说,对于任何体系,任何计算,采用ISMEAR=0,并选择合适的SIGMA都会得到合理结果。
选择的SIGMA应使得entropy T*S EENTRO 绝对值最小。
K 点数目变化后,SIGMA需再优化。
i. RWIGS [参见P 19]一般取POTCAR中以A为单问的RWIGS值。
j. K points [参见P 19]选择的K点应使得总能变化在0.001eV左右即可。
k. 一些重要的参数在默认下的值NSW =0,IBRION=-1,ISIF=2:静态计算。
<二>a. 体材料结合能修正。
[参见P 21]在OUTCAR中energy without entropy之后的那个能量值,就是修正值b. 结构参数优化。
[参见P 22]简单情况(没有内部自由度如晶胞形状、原子位置):静态计算,得出E~V关系,然后用Birch-Murnaghan状态方程拟合。
复杂情况:总思路是先“建立好房子”,再“放好桌子”。
先算一步结构优化(取ISIF=5,只改变“房子”形貌,房间大小不变,家具不予考虑),接着算一步静态自恰计算,从而得到某结构参数下的能量,如此循环得到E~V关系。
用状态方程拟合得到平衡体积。
在该体积下,重复1(取ISIF=2,房子造好后,考虑的是如何放家具。
此处一般是使得每个家具受力达到某中小即可认为达到稳定结构)、2两步,便得到了所有的晶格参数值,如离子坐标。
c. VASP得到的总能即是结合能,不过还要减去前面得到的修正值。
d. 自恰的电荷密度[参见P 26]优化得到晶格参数后,再进行静态的自恰计算,就得到了自恰的电荷密度。
此时的POSCAR为从优化晶格参数时可CONTCAR得到。
KPOINTS 不变典型的INCAR设置是:ENCUT = 250ISTART = 0; ICHARG = 2ISMEAR = -5PREC = Accurate计算完后,注意保存相关结果,相应命令为:$mkdir scf$tar czvf chg.tgz CHG*$cp INCAR KPOINTS POSCAR OUTCAR chg.tgz scf/.最后,进行面电荷密度分析:先建立rho.vasp,再用VENUS软件打开。
e. 能带结构计算[参见P 28]这是在自恰计算完成后的非自恰计算:准备好产生K 点的syml文件;用gk.x产生KPOINTS;将前面静态自恰得到的chg.tgz解压缩;设置INCAR,注意NBANDS进行非自恰静态计算。
得到EIGENVAL文件。
修改syml,然后用pbnd.x把EIGENVAL转换成bnd.dat 和 highk.dat 。
再用origin画图。
f. 电子态密度[参见P 29]这也是在自恰完成后的非自恰静态计算:准备好K点,增加网络;准备好INCAR,注意RWIGS取值;利用自恰得到的电荷密度,进行非自恰的静态计算;得到DOSCAR;利用split_dos对DOSCAR进行分割。
2、slab模型的构造[参见P31]构建slab模型的要素:体材料的晶格参数;表面特征(米勒指数、二维周期性);真空层以及原子层厚度。
其中二维周期性的选择,对于bared surface,应当取不同的值,以考察是不是有重构现象;而对于有缺陷的,则依据要考察的缺陷浓度选择。
厚度的选取,是依据不同厚度对总能的影响来决定的。
3、表面体系的结构优化[参见P32]在这个优化之前,还要对K-mesh进行优化。
表面体系的优化,主要是对原子位置进行优化,而对超原胞不再优化。
一般采用的是Selective Dynamic。
这是在POSCAR中设置的。
怎样确定该驰豫哪些原子?!!!!!!!!!!!!!!!!!一般是应该将表面的几层放开,固定中间的几层,可以只是放开表面的两层,观察层间距变化,如果固定的层之间还有较大的移位,说明弛豫的层数太少,需要增大弛豫的层数。
这样继续作下去。
直到层间距变化不大。
再层间距变化不大的前提下,尽量减少层数,以节约时间。
即便是再固定的层内的原子在固定方向上的受很大的力,但是受限于 F 的限制,被强制的规定在某一层上。
下面以Al(100)-p(1*1)为例,给出相应的输入文件:####INCAR:没有ISIFSYSTEM = Al(100)-p(1x1)ENCUT = 200ISMEAR = 1; SIGMA = 0.20ISTART = 0; ICHARG = 2EDIFF = 1E-5; EDIFFG = -1.0E-3NSW = 60; IBRION = 2POTIM = 0.1PREC= Accurate####KPOINTS: 注意1autoMonkhorst-Pack1 11 110.0 0.0 0.0#####POSCAR: 比Bulk的多了个Selective dynamicsAl(100)-p(1x1)1.000000.0000000000 2.024******* -2.024*******0.0000000000 2.024******* 2.024*******22.1485000000 0.0000000000 0.00000000007Selective dynamicsDirect0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 F F T0.0000000000 0.0000000000 0.1828340520 F F F0.0000000000 0.0000000000 0.3656681039 F F F0.0000000000 0.0000000000 0.5485021559 F F T0.5000000000 0.5000000000 0.0914170260 F F T0.5000000000 0.5000000000 0.2742510780 F F F0.5000000000 0.5000000000 0.4570851299 F F T优化后的结构在CONTCAR中。
4、表面体系性质的计算[参见P33]在优化后的结构基础之上就可以计算相关性质了。
步骤与体材料性质计算一样。
重要提示:不论是体材料还是表面计算,在结构优化完后,应当继续进行一下静态计算以得到自恰的电荷密度,再进行后面的性质计算。
结构优化完后所得的电荷密度文件不可用。
注:本文是基于候博士的小结性文章整理而成,仅学习之用本文引用地址:/m/user_content.aspx?id=374981。