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曙光集群用户使用手册

1. 登录和文件传输登录方式为ssh,与telnet功能类似,推荐的登录工具为putty或者Secure Shell (/html/download/ser/20070917/35112.html,绿色版无需安装)在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP),点击“打开”,就会出现登录窗口,输入用户名、密码即可。

文件传输为sftp,与传统ftp类似,但其协议更安全可靠,推荐工具为filezilla。

(https:///p/filezilla/download?filename=FileZilla_3.3.2_win32.zip,绿色版无需安装)输入登录地址222.222.21.29,输入用户名和密码,端口填22(本软件支持ftp,端口为21),点击快速连接,即可使用,操作办法与常用ftp工具类似。

2. 图形窗口支持Linux推荐使用vnc。

vnc可以将用户的操作状态保持在服务器端,即使断开连接也不会影响到正在进行的操作、计算等。

登录到linux服务器中,在命令行运行vncserver。

第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码:根据提示输入新的vnc密码。

此密码与用户登录密码无关,将在登录vnc时需要。

此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。

运行vncclient,输入登录服务器地址和端口号,点确定,输入前面设置的密码,即进入了图形窗口。

注意:1、在第一次启动了vncserver之后,vnc的连接一直可用,全部图形窗口保持在Linux 服务器上。

因此,只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可,由于用户较多,请勿启动多个。

2、如果需要使用node2的图形界面,可执行ssh -X node2。

3. 作业提交3.1. Fluent3.1.1. 图形方式运行首先通过VNC登陆到图形界面,如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm,输入以下命令即可运行:此处myhosts为用户指定的host文件,内容如下所示:node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算,分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

在图形界面下导入cas和data文件,修改和设置边界条件等并计算(和在windows下操作单机版Fluent相同,略):注:通过VNC使用图形界面方式运行fluent时,无需保持PC机与服务器的连接,只要vncserver没有重新启动,即可随时连接到原有的窗口。

3.1.2. 命令行方式运行建立script1文件:script1内容如下:(注:其中fl5m1.cas为cas文件名,根据实际进行修改;solve/iterate 25 表示迭代25步,也可根据需要修改步数。

)用命令行进行fluent计算:此处myhosts为用户指定的host文件,内容如下所示:node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算,分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

3.1.3. 作业调度方式运行注:PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交1.编译脚本script1,内容如下(与上面脚本运行方式相同):file/rcd fl5m1.cas.gzsolve/iterate 25/file/wcd fl5m1_final.datparallel/timer/usageexityes2.编辑pbs脚本fluent.pbs,内容如下:#!/bin/bash#PBS -N job1-8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=script1.logcd $PBS_O_WORKDIR## pib.dapl indicate using ib protocal and the udapl way. t8 indicates using# 8 processors#NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`datefluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT >& $OUTPUTdateexit 0提交作业:qsub fluent.pbs用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。

注:红色字体部分需要根据实际情况改动,黑色字体为固定格式的内容。

3.1.4. 获取计算结果1.如果用图形界面的方式运行fluent,可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下,然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。

2.如果用命令行的方式运行fluent,dat文件自动保存到当前目录,文件名由script1文件的内容决定(例如“file/wcd fl5m1_final.dat”则表示dat文件为fl5m1_final.dat),用软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。

3.2. Ansys作业3.2.1. 图形方式运行通过vnc登录以后,运行launcher121,即可进入ansys界面,选择相关的模块点击run 即可。

3.2.2. 命令行方式运行在命令行方式下,不能进行交互的图形操作,所有的命令需要通过命令流来实现。

假设写好的命令流文件为input.inp,运行方式如下:单节点:ansys121 -np 16 -i input.inp >& output.log &多节点运行:ansys121 -dis -machines node1:16:node2:16 -i input.inp >& output.log &3.2.3. 作业调度方式运行编写一个pbs脚本ansys.pbs如下所示:#PBS -j oe###################what you just need and could edit are between the two lines#######################PBS -N my_ansys_test#PBS -l nodes=1:ppn=16INPUTFILE=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log###############################################theend##############################################cd $PBS_O_WORKDIRnp=1for NODE in `cat $PBS_NODEFILE`; dohost=$NODEif [ ! -z $lasthost ]; thenif [ $host = $lasthost ]; thennp=`expr $np + 1`elseif [ -z $mList ]; thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npnp=1fifilasthost=$hostdoneif [ -z $mList ]; thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfiansys121 -dis -machines $mList -i $INPUTFILE -o $OUTPUTFILE写完以后提交方式与fluent相同,qsub ansys.pbs即可。

3.3. CFX作业3.3.1. 图形方式运行在图形窗口中运行cfx5即可。

3.3.2. 命令行方式运行CFX支持PVM和MPI两种方式的并行,通常MPI的性能更好一些,建议采用。

同时还有Local和Distributed两种运行模式,单机上建议采用Local模式,而跨节点时只能采用Distributed模式。

cfx5solve命令可直接进入求解模式。

cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist 'node1*8'在本机上用8个核心并行cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist 'node1*8,node2*8'采用2个节点各8个核心进行分布式并行计算3.3.3. 作业调度方式运行[test@node34 cfxbm]$ cat pbs_cfx.ib#!/bin/bash#PBS -N CFX_8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8INPUTFILE=Benchmark.defOUTPUTFILE=Benchmark.log############################################################## ########## You don't need to modify the lines below ######################################################################## PeHostfile2MachineFile(){cat $1 | while read line; do# echo $linehost=`echo $line`# add here code to map regular hostnames into ATM hostnamesif [ -z $mList ]; thenmList=$host"*1"elsemList=$mList,$host"*1"fiecho $mListdone}CFX_PBS_NODEFILE="/tmp/cfx_`whoami`_$PBS_JOBID"PeHostfile2MachineFile $PBS_NODEFILE | sed "s#bnode#node#g" >$CFX_PBS_NODEFILENPROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE`cd $PBS_O_WORKDIRcfx5solve -def $INPUTFILE -par-dist `tail -n1 $CFX_PBS_NODEFILE`写完脚本就可以按如下方式提交作业:[test@node34 cfxbm]$ qsub cfx.pbs3.4. ABAQUS作业3.4.1. 图形方式运行在图形窗口中运行abaqus cae即可。

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