WRFv3.4.1并行版本安装说明中山大学大气科学系刘一鸣 (liuyming@)樊琦 (eesfq@)本说明适用于在ubuntu(64位)linux系统中安装WRFv3.4.1并行版本,内容包括WRF的安装、运行以及可视化。
选取了珠江三角洲从2004年4月5日00时到4月6日00时共24小时的模拟个例。
蓝色部分为下载地址或参考网址,红色部分为在终端输入的命令(“$”为普通用户bash命令提示符,“#”为超级用户bash命令提示符,命令提示符只作提示作用,并不需要输入),深蓝色斜体部分为在文件中修改的代码,紫色部分为在终端上显示的计算机提示。
“HOME”是环境变量,表示用户对应的主目录,超级用户和普通用户的主目录并不一样。
在环境变量前加“$”表示调用该环境变量,如“$HOME”。
本说明重在操作,如需了解理论的部分则需要参考WRF的用户手册,下载网址为:/wrf/users/supports/tutorial.html在安装之前,首先要在主目录下解压wrfdata.tar.gz:$ cd $HOME$ tar -zxvf wrfdata.tar.gz结果在主目录下生成wrfdata文件夹,里面包含了安装所需要的压缩包。
1. 下载并解压WRF安装包1.1 WRF压缩包下载需要下载的压缩包包括WRFV3.4.1.TAR.gz,WPSV3.4.1.TAR.gz,jasper-1.701.0.tar.gz,libpng-1.2.12.tar.gz,zlib-1.2.3.tar.gz,ARWpost_V3.tar.gz和geog.tar.gz(地形数据)。
下载网址为:/wrf/users/download/get_sources.html1.2 解压压缩包$ cd $HOME$ mkdir WRFv3.4.1 (WRF3.4.1主目录)$ cd WRFv3.4.1$ tar -zxvf $HOME/wrfdata/WRF/WRFV3.4.1.TAR.gz解压后在WRFv3.4.1目录下生成文件夹WRFV3$ tar -zxvf $HOME/wrfdata/WRF/WPSV3.4.1.TAR.gz解压后在WRFv3.4.1目录下生成文件夹WPS2. 安装gfortran、g++、等必要的软件或工具$ cd $HOME/wrfdata/packages$ sudo dpkg -i *输入密码后等待一段时间即可安装成功3. 安装intel编译器安装分为icc安装包和fortran安装包,可到intel官方网站免费下载,下载网址为:/en-us/non-commercial-software-development激活需要序列号,icc安装包是l_ccompxe_2011.11.339.tgz,ifort安装包是l_fcompxe_2011.11.339.tgz,默认安装路径为/opt/intel。
(序列号对应为本说明提供的安装包)3.1登录超级用户intel编译器的安装需要在超级用户权限下完成,在安装前登录超级用户:$ sudo su输入密码后按Enter即可登录超级用户,命令提示符变为“#”,此时超级用户仍为bash命令环境3.2 安装icc# mkdir /usr/INTEL# cd /usr/INTEL# tar -zxvf /home/user/wrfdata/INTEL/l_ccompxe_2011.11.339.tgz user为普通用户用户名# cd l_ccompxe_2011.11.339# ./install.sh请务必根据英文提示输入命令来进行安装,安装路径设为默认的。
如果通过输入序列号来激活,序列号为N5D5-59XJ7FC2,需要连接网络。
如果通过输入序列号文件来激活,则不需要联网,序列号文件是/home/user/wrfdata/INTEL/NCOM_L_CMP_CPP_N5D5-59XJ7FC2.lic。
(user为普通用户用户名)3.3 安装ifort# cd /usr/INTEL# tar -zxvf /home/user/wrfdata/INTEL/l_fcompxe_2011.11.339.tgz user为普通用户用户名# cd l_fcompxe_2011.11.339/# ./install.sh请务必根据英文提示输入命令来进行安装,安装路径设为默认的。
如果通过输入序列号来激活,序列号为NR2M-9D5C5CB5,需要连接网络。
如果通过输入序列号文件来激活,则不需要联网,序列号文件是/home/user/wrfdata/INTEL/NCOM_L_CMP_FOR_NR2M-9FMJTRW4.lic。
(user为普通用户用户名)3.4 设置超级用户环境变量# gedit $HOME/.bashrc添加下面的语句:source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.11.339/bin/compilervars.sh intel64# source $HOME/.bashrc退出超级用户:# exit终端的命令提示符变回“$”,即普通用户bash环境3.5设置普通用户环境变量$ gedit $HOME/.bashrc添加下面的语句:source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.11.339/bin/compilervars.sh intel64$ source $HOME/.bashrc参考网站:/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-with-ubuntu/4、安装MPICH2MPICH2版本为1.2.1p1,安装包为mpich2-1.2.1p1.tar.gz,下载网址:/static/downloads/1.2.1p1/4.1登录超级用户MPICH2的安装需要在超级用户权限下完成,在安装前登录超级用户:$ sudo su输入密码后按Enter即可登录超级用户,命令提示符变为“#”,此时超级用户仍为bash命令环境4.2解压安装包# cd /usr# tar -zxvf /home/user/wrfdata/MPICH2/mpich2-1.2.1p1.tar.gz user为普通用户用户名解压后在/usr路径下生成文件夹mpich2-1.2.1p14.3编译# cd /usr/mpich2-1.2.1p1# ./configure --prefix=/usr/mpich2设置/usr/mpich2为安装路径4.4安装# make# make install4.5 退回到普通用户# exit终端的命令提示符变回“$”,即普通用户bash环境4.6新建文件.mpd.conf文件$ cd $HOME$ touch .mpd.conf$ chmod 600 .mpd.conf$ gedit .mpd.conf在文件中输入:MPD_SECRETWORD=mr45-j9z4.7 设置环境变量$ gedit $HOME/.bashrc添加下面的语句:export MPICH2=/usr/mpich2export P ATH=$MPICH2/bin:$P ATH$ source $HOME/.bashrc安装完成后在终端输入which mpif90后会显示mpif90所示的位置/usr/mpich2/bin/mpif90 4.8 打开mpd$ mpd &每次开机需要并行计算都要打开mpd,“&”符号表示命令在后台运行。
5. 安装netcdf安装包可到官方网站下载,成功运行的版本为4.0,安装包是netcdf-4.0.tar.gz下载网址:ftp:///pub/netcdf/netcdf-4.0.tar.gz5.1 解压压缩包$ cd $HOME$ tar -zxvf $HOME/wrfdata/WRF/netcdf-4.0.tar.gz5.2 编译congifure$ cd $HOME/netcdf-4.0$ ./configure CC='icc' CXX='icpc' CFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel' CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel' F77='ifort' FC='ifort' F90='ifort' FFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel' CPP='icc -E' CXXCPP='icpc -E' --prefix=$HOME/netcdf$ make5.3 安装$ make install安装完成后在主目录生成文件夹netcdf5.4 设置环境变量$ gedit $HOME/.bashrc在文件后添加语句:export NETCDF=$HOME/netcdfexport P ATH=$NETCDF/bin:$P ATH$ source $HOME/.bashrc参考网址:/support/performancetools/sb/CS-027812.htm6. 安装NCARG安装包下载网址为/search?Type=Software,安装包为ncl_ncarg-6.0.0.Linux_Debian_x86_64_gcc445.tar.gz6.1 解压压缩包$ cd $HOME$ mkdir ncarg$ cd $HOME/ncarg$ tar -zxvf $HOME/wrfdata/WRF/ncl_ncarg-6.0.0.Linux_Debian_x86_64_gcc445.tar.gz (这两行是连在一起的,实际为同一行)6.2 创建.hluresfile文件$ gedit $HOME/.hluresfile添加下面的内容:!=========================================! This is a sample .hluresfile. It should! go in your home directory.!! Comments for ".res" files are preceded by a "!".! Remember quotations are not used in .res files.! White background/black foreground, these are the default in V6.1.0*wkForegroundColor : (/0.,0.,0./)*wkBackgroundColor : (/1.,1.,1./)! Have a favorite colormap that you use for everything? You can! make it your default here (note the name is NOT in quotes).!! In Version 6.1.0, the default is "ncl_default":! /Document/Graphics/ColorTables/ncl_default.shtml!! For all available color maps, see! /Document/Graphics/color_table_gallery.shtml*wkColorMap : BlueWhiteOrangeRed! Font - this is the default in V6.1.0.! Use times-roman to get the pre-V6.1.0 default.*Font : helvetica! Function code - this is the default in V6.1.0.! Use ':' to get the pre-V6.1.0 default.*TextFuncCode : ~! Make default X11 window larger (the default is 500x500)*wkWidth : 800*wkHeight : 800! Increase the default (16mb) contour memory.! The default is 100000000.! For example, if you have gridded data that! is larger than 500 x 500, you may need this.! *wsMaximumSize: 300000000!==========================================修改文件权限:$ chmod 600 $HOME/.hluresfile6.3 设置环境变量$ gedit $HOME/.bashrc在文件后添加语句:export NCARG_ROOT=$HOME/ncargexport P ATH=$NCARG_ROOT/bin:$P ATHexport DISPLAY=:0.0$ source $HOME/.bashrc参考网址:/Document/Graphics/hlures.shtml/Download/install.shtml#CopyHLURESFILE7. 安装lib for wps为了更好的使WPS模块支持GRIB2数据格式文件,需要安装三个library,他们是jasper、libpng和zlib。