可以预见，实施统一登记后，登记机构在办理变更登记过程中，会发现统一前的个别登记可能在登记程序上存在“瑕疵”，或者在权源文件上存在“瑕疵”。

如何处理？我们建议按照以下原则处理瑕疵登记和瑕疵权源：
1、以保障登记公信力和不动产交易安定性为原则，对存在瑕疵的登记，如果没有登记权利人或利害关系人提出瑕疵问题和要求更正，登记机构一般不再过问；但是，如果“瑕疵”明显严重，以致损害国家利益、公共利益或他人合法权益的，登记机构应当报告同级政府，并通报原主管部门，确需依职权办理更正登记的，应以政府名义报告上一级政府获得批准后，在登记簿上予以更正，并予以公告。

同时，《条例》第十八条和第十九条补充规定了登记机构的查验责任与调查权力。

不动产登记机构受理不动产登记申请的，应当对“不动产界址、空间界限、面积等材料与申请登记的不动产状况是否一致”“有关证明材料、文件与申请登记的内容是否一致”等内容进行查验；对房屋等建筑物、构筑物所有权首次登记，在建建筑物抵押权登记，以及因不动产灭失导致的注销登记等申请登记事项，不动产登记机构可以对申请登记的不动产进行实地查看；对可能存在权属争议，或者可能涉及他人利害关系的登记申请，不动产登记机构可以向申请人、利害关系人或者有关单位进行调查。

上述规定明确了登记申请人与登记机构各自在确保登记真实性合法性上的责任分配：１．登记申请人的真实性责任是登记合法性的基础，登记机构行为合法性是建立在申请材料真实性基础上的；２．登记机构对申请材料的查验责任，不是查验其真实性，而是查验材料彼此间的关联性与一致性，并且要按照专业的水准对关联性和一致性进行审查，必要时还可
以展开调查，这就是审慎审查的原则，至于对材料真实性的查验（例如印章是否伪造），无论在技术和人力上，都超出了登记机构的能力范围，各国惯例也不要求登记机构查验材料真实性。