综述2008年，全省环保系统认真贯彻落实党的十七大精神，以科学发展观为指导，积极推进“七彩云南保护行动”，深入开展解放思想大讨论和学习实践科学发展观活动，认真接受省委巡视组的巡视检查，有力地促进了各项工作的开展。
主要污染物减排工作成效显著，完成了主要污染物减排年度目标任务；以九大高原湖泊为重点的水污染防治工作全面推进；阳宗海水污染事件得到妥善处置，编制完成了《阳宗海水体砷污染综合治理方案》并组织实施；滇西北生物多样性保护工作全面启动；农村环境保护和生态创建工作成效明显；环境行政管理服务水平进一步提高；环境执法监督管理进一步加强，有效解决了一批突出的环境问题；环境管理基础性工程取得新进展；环境法制、政策、科技、宣教、信息和对外合作积极推进；全省环保队伍能力建设明显增强。
圆满地完成了全年各项工作任务，为全省经济社会环境全面协调可持续发展和生态文明建设做出了积极贡献。
总体上看，全省环境质量状况保持稳定，部分区域环境质量有所改善。
但是，也还存在一些问题和不足：污染减排任务仍然十分艰巨，城乡环境污染问题依然严峻，水污染防治任务繁重，环境监管压力较大。
环境管理还不适应科学发展的要求，环保部门服务科学发展的环境管理体制机制还没有真正建立，综合协调监督管理能力薄弱，环保执法水平、执法能力和队伍素质有待于进一步提高。
要实现全面推进“七彩云南保护行动”，努力争做生态文明建设排头兵的目标，环境保护工作任务依然繁重而艰巨。
全省主要水体水质总体保持稳定，主要河流监测断面的水质总体较上年有所改善。
湖泊、水库水质状况全省开展水质监测的63个湖泊、水库中，Ⅰ～Ⅱ类水质的占31.7%；Ⅲ类水质的占36.6%；Ⅳ类水质的占9.5%；Ⅴ类水质的占9.5%；劣Ⅴ类水质的占12.7%。
水质达到水环境功能要求的占39.7%。
16个湖泊（水库）开展富营养化状况监测，其中贫营养状态的湖库（水体）有2个、处于中营养状态的有6个、处于轻度富营养状态的有5个、处于中度富营养状态的有2个、处于重度富营养状态的有1个。
九大高原湖泊水质状况及变化与上年相比，九大高原湖泊中主要水质指标总磷、总氮、高锰酸盐指数年均值大部分呈下降趋势。
滇池草海滇池草海水环境功能要求为Ⅳ类。
水质重度污染（劣Ⅴ类），未达到水环境功能要求。
主要超标指标为生化需氧量、氨氮、总磷、总氮。
综合污染指数为58.18，营养状态指数为77.9，处于重度富营养状态。
水质类别12个月均为劣Ⅴ类。
湖泊营养状态12个月均为重度富营养。
与上年相比，滇池草海水质仍为劣Ⅴ类，主要超标指标总磷年均值由1.394mg/L下降为1.243mg/L。
滇池外海滇池外海水环境功能要求为Ⅲ类。
水质重度污染（劣Ⅴ类），未达到水环境功能要求。
主要超标指标为总氮。
综合污染指数为9.19，营养状态指数为66.4，处于中度富营养状态。
水质类别2个月为Ⅴ类，10个月为劣Ⅴ类。
湖泊营养状态11个月为中度富营养，1个月为重度富营养。
与上年相比，滇池外海水质仍为劣Ⅴ类，主要超标指标总氮年均值由3.01mg/L下降为2.44mg/L。
阳宗海阳宗海水环境功能要求为Ⅱ类。
水质类别1～5月为Ⅲ类，主要超标指标为总磷；从6月份开始由于砷污染事件的发生，水质下降，6～7月为Ⅴ类，8～12月为劣Ⅴ类，砷浓度在10月份达到最高值。
全年综合水质类别为Ⅴ类，未达到水环境功能要求。
洱海洱海水环境功能要求为Ⅱ类。
水质优（Ⅱ类），达到水环境功能要求。
综合污染指数为3.04，营养状态指数为39.2，处于中营养状态。
水质类别8个月为Ⅱ类，4个月为Ⅲ类。
湖泊营养状态12个月均为中营养。
与上年相比，洱海水质类别由Ⅲ类上升为Ⅱ类，水质好转。
抚仙湖抚仙湖水环境功能要求为Ⅰ类。
水质优（Ⅰ类），达到水环境功能要求。
综合污染指数为2.60，营养状态指数为18.8，处于贫营养状态。
水质类别12个月均为Ⅰ类。
湖泊营养状态12个月均为贫营养。
与上年相比，抚仙湖水质保持Ⅰ类，水质稳定。
星云湖星云湖水环境功能要求为Ⅲ类。
水质重度污染（劣Ⅴ类），未达到水环境功能要求，主要超标指标为总氮。
综合污染指数为9.52，营养状态指数为58.7，处于轻度富营养状态。
水质类别3个月为Ⅴ类，9个月为劣Ⅴ类。
湖泊营养状态1个月为中营养，5个月为轻度富营养，6个月为中度富营养。
与上年相比，星云湖水质仍为劣Ⅴ类，主要超标指标总氮年均值由2.13mg/L下降为2.08mg/L。
杞麓湖杞麓湖水环境功能要求为Ⅲ类。
水质重度污染（劣Ⅴ类），未达到水环境功能要求，主要超标指标为总氮。
综合污染指数为9.92，营养状态指数为58.3，处于轻度富营养状态。
水质类别12个月均为劣Ⅴ类。
湖泊营养状态，1个月为中营养，4个月为轻度富营养，7个月为中度富营养。
与上年相比，杞麓湖水质仍为劣Ⅴ类，主要超标指标总氮年均值由3.40mg/L下降为2.99mg/L。
程海程海水环境功能要求为Ⅲ类。
水质良好（Ⅲ类），达到水环境功能要求。
综合污染指数为5.97。
营养状态指数为34.9，处于中营养状态。
水质类别3个月为Ⅱ类，8个月为Ⅲ类，1个月为Ⅳ类。
湖泊营养状态12个月均为中营养。
与上年相比，程海水质保持Ⅲ类，水质稳定。
泸沽湖泸沽湖水环境功能要求为Ⅰ类。
水质优（Ⅰ类），达到水环境功能要求。
综合污染指数为3.00。
营养状态指数为11.4，处于贫营养状态。
水质类别11个月为Ⅰ类，1个月为Ⅱ类。
湖泊营养状态12个月均为贫营养。
与上年相比，泸沽湖水质保持Ⅰ类，水质稳定。
异龙湖异龙湖水环境功能要求为Ⅲ类。
水质重度污染（劣Ⅴ类），未达到水环境功能要求，主要超标指标为总氮。
综合污染指数为7.46，营养状态指数为56.5，处于轻度富营养状态。
水质类别1个月为Ⅳ类，4个月为Ⅴ类，7个月为劣Ⅴ类。
湖泊营养状态1个月为中营养，9个月为轻度富营养，2个月为中度富营养。
与上年相比，异龙湖水质仍为劣Ⅴ类，主要超标指标总氮年均值由2.65mg/L下降为2.07mg/L。
其它湖泊水质状况其它13个开展监测的湖泊中，浴仙湖、茈碧湖、海西海、北海为Ⅱ类；普者黑、西湖、青海、蜀都湖、碧塔海为Ⅲ类；个旧湖、长桥海为Ⅴ类；大屯海、南湖为劣Ⅴ类。
主要河流水质六大水系主要河流受污染程度由大到小排序依次为：珠江水系、金沙江水系、红河水系、澜沧江水系、怒江水系和伊洛瓦底江水系。
在77条主要河流的151个监测断面中，水质优达到Ⅰ～Ⅱ类标准的断面占27.2%；水质良好达到Ⅲ类标准的断面占31.1%；水质已受轻度污染达到Ⅳ类标准的断面占14.6%；水质已受中度污染达到Ⅴ类标准的断面占4.6%;水质已重度污染劣于Ⅴ类标准的断面占22.5%。
151个断面中，水环境功能达标的断面有98个，占64.9%，其中，Ⅰ类功能达标的断面有1个，占应达标断面的50.0%；Ⅱ类功能达标的断面有10个，占应达标断面的62.5%；Ⅲ类功能达标的断面有55个，占应达标断面的72.4%；Ⅳ类功能达标的断面有28个，占应达标断面的58.3%；Ⅴ类功能达标的断面有4个，占应达标断面的44.4%。
全省河流水质的主要污染指标为总磷、生化需氧量、氨氮、镉和高锰酸盐指数。
污染严重的河流主要是新河、沘江、三家河、螳螂川和泸江。
与上年相比，主要河流监测断面中，水质达到Ⅰ～Ⅱ类标准的增加28.13%，水质达到Ⅲ类标准的减少2.1%，水质达到Ⅳ类标准的减少4.3%，水质达到Ⅴ类标准的增加16.7%，水质为劣Ⅴ类的减少20.9%。
达到地表水环境功能要求的断面增加7.7%。
金沙江水系金沙江水系水质总体为中度污染。
22条主要河流39个监测断面中，达到Ⅰ～Ⅱ类标准水质优的断面占25.6%；达到Ⅲ类标准水质良好的断面占28.2%；达到Ⅳ类标准水质轻度污染的断面占12.8%；达到Ⅴ类标准水质中度污染的断面占2.6%；劣Ⅴ类标准水质重度污染的断面占30.8%。
23个断面水质达到地表水水环境功能要求，断面达标率59.0%。
其中，Ⅱ类功能达标的断面4个，Ⅲ类功能达标的断面10个，Ⅳ类功能达标的断面5个，Ⅴ类功能达标的断面4个。
主要污染指标为氨氮、总磷和生化需氧量。
综合污染程度列前5位的河流是新河、螳螂川、柴河、秃尾河、宝象河。
珠江水系总体水质为重度污染。
9条主要河流29个监测断面中，达到Ⅰ～Ⅱ类标准水质优的断面占13.8%；达到Ⅲ类标准水质良好的断面占10.3%；达到Ⅳ类标准水质轻度污染的断面占17.2%；达到Ⅴ类标准水质中度污染的断面占10.3%；劣Ⅴ类标准水质重度污染的断面占48.4%。
8个断面水质达到地表水水环境功能要求，断面达标率27.6%。
其中Ⅰ类功能达标的断面1个，Ⅲ类功能达标的断面3个，Ⅳ类功能达标的断面4个。
主要污染指标为总磷、砷、生化需氧量和氨氮。
综合污染程度列前5位的河流是泸江、北盘江、曲江、南盘江干流、南洞河。
红河水系红河水系总体水质轻度污染。
12条主要河流26个监测断面中，达到Ⅰ～Ⅱ类标准水质优的断面占11.5%；达到Ⅲ类标准水质良好的断面占46.2%；达到Ⅳ类标准水质轻度污染的断面占19.2%；劣Ⅴ类标准水质重度污染的断面占23.1%。
20个断面水质达到地表水水环境功能要求，断面达标率76.9%。
其中，Ⅱ类功能达标的断面1个，Ⅲ类功能达标的断面11个，Ⅳ类功能达标的断面8个。
主要污染指标为铅、高锰酸盐指数和总磷。
综合污染程度列前5位的河流是三家河、藤条江、元江、星宿江、绿汁江。
澜沧江水系总体水质轻度污染。
23条主要河流36个监测断面中，达到Ⅱ类标准水质优的断面占41.7%；达到Ⅲ类标准水质良好的断面占36.1%；达到Ⅳ类水质标准水质轻度污染的断面占13.9%；达到Ⅴ类标准水质中度污染的断面占2.8%；劣Ⅴ类标准水质重度污染的断面占5.5%。
28个断面水质达到地表水水环境功能要求，断面达标率77.8%。
其中，Ⅱ类功能达标的断面3个，Ⅲ类功能达标的断面21个，Ⅳ类功能达标的断面4个。
主要污染指标为镉、生化需氧量和高锰酸盐指数。
综合污染程度列前5位的河流是沘江、思茅河、波罗江、勐勐河、弥苴河。
怒江水系怒江水系总体水质轻度污染。
5条主要河流11个监测断面中，达到Ⅰ～Ⅱ类标准水质优的断面占45.4%；达到Ⅲ类标准水质良好的断面占18.2%；达到Ⅳ类标准水质轻度污染的断面占18.2%；达到Ⅴ类标准水质中度污染的断面占18.2%。
9个断面水质达到地表水水环境功能要求，断面达标率81.8%。
其中，Ⅱ类功能达标的断面2个，Ⅲ类功能达标的断面3个，Ⅳ功能达标的断面4个。
主要污染指标为总磷、高锰酸盐指数和生化需氧量。
综合污染程度列前5位的河流是老窝河、南汀河、枯柯河、怒江干流、南马河。
伊洛瓦底江水系伊洛瓦底江水系总体水质优。
6条主要河流10个监测断面中，达到Ⅱ类标准水质优的断面占40.0%；达到Ⅲ类标准水质良好的断面占60.0%。