附录1 常用基本词汇表英文名词中文名词解释A（Adenine）腺嘌呤作为碱基的两种嘌呤中的一种。

active site活化位点蛋白质三维表面催化作用发生的区域。

alignment比对为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累计差异而进行的配对称为比对。

alignment of alignments比对的比对即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比对。

alleles等位基因一个基因的不同版本。

alpha carbonα碳在氨基酸中与侧链（R-基团）相连的中心碳原子。

alternative splicing可变剪接从一个单独的hnRNA生成两个或多个mRNA分子的过程。

amino terminus (N-terminal)氨基端（N端）在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应于基因的5’-端。

anti-parallel反向平行表示相反的方向；在双链DNA中，这意味着如果一条链是5' 到3'的，则其互补链方向是3' 到5'的。

backbone (of an aminoacid)（氨基酸的）骨架包含一个氨基，一个α碳和一个羧酸或羧基。

base pair 碱基对（1）在双链DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用（特别指A和T之间，G和C之间）；（2）双链DNA序列长度的基本单位。

beta turnsβ转角在反向平行的β折叠片中，当β链反转方向的时候蛋白质内部形成的U型结构。

Bioinformatics 生物信息学应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。

Biocomputing生物计算本书中特指用计算机技术分析和处理生物分子数据。

Basic Local Alignment Search Tool ( Blast) 基本的局部比对搜索工具（Blast）一种常用的序列数据库搜索工具。

blotting and hybridization印迹和杂交将分子（通常是核酸分子）从凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。

bootstrap test自举检验对置信程度进行量化的检验。

branch and bound method分支约束法一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。

branches 分支在系统发生树中，通过分支连接两个节点。

C (Cytosine)胞嘧啶作为碱基的两种嘧啶中的一种。

CAAT box CAAT盒大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为C-A-A-T，通常出现在转录起始位点上游80个核苷酸的地方。

许多因子可以与CAAT盒结合。

carboxy terminus羧基端在多肽链中，含有羧酸基团(—COOH)的分子端，对应于基因的3'-端。

cDNA ComplementaryDNAcDNA 互补DNA通过逆转录酶从RNA模板合成的DNA。

cDNA library cDNA文库从mRNA序列中产生的所有DNA序列的集合。

这种类型的文库只包含编码蛋白质的DNA（基因）。

central dogma 中心法则从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（DNA→RNA→ protein）。

character 特征在系统发生树中，具有有限状态数的特征。

charged amino acid 带电氨基酸在一定的生物pH值下，带有正电或负电的氨基酸。

chromatin 染色质在真核生物细胞核内部由大量DNA以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。

chromosome 染色体在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称为染色体。

在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。

clone 克隆无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。

cloning 克隆在类染色体载体中插入特定的DNA一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。

coding sequence 编码序列DNA序列中为蛋白质编码的部分。

codon 密码子基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一个特定的氨基酸。

Complementary 互补的（1）通过氢键连接的核苷酸对（G 和C; A 和T;A 和U）；（2）核苷酸链的反向平行对。

Computational Molecular Biology 计算分子生物学主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析工具。

conformation 构象蛋白质的空间构象。

consensus sequence一致序列在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。

conserved sequence 保守序列在进化过程中基本保持不变得核酸与蛋白质序列，它们往往与特定得功能相对应。

contig 连续交叠群基因组测序过程中将许多短的序列片段链接成很长的连续片段。

convergent evolution 趋同进化指相似基因型或表型性状的独立进化。

例如，眼睛在各种生物体（如哺乳动物、软体动物以及昆虫）中独立进化，结构各异。

CpG island CpG岛在哺乳类动物基因组中的一个500bp到3000bp的区域，该区域中的二核苷酸CpG的含量比其他区域的正常水平要高。

通常，与此相关的是真核生物管家基因的启动子区域。

crystal 晶体由分子的规则排列组成的固体结构。

degeneracy 简并性指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编码的特性。

denatured protein 变性蛋白质指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。

deoxyribonucleic acid (DNA) 脱氧核糖核酸（DNA）由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体，其核苷酸含有脱氧糖基。

DNA是遗传的分子基础。

dipeptide 二肽由一个肽键连成的两个氨基酸。

disulfide bond 二硫键二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成的化学键。

DNA DNA参见脱氧核糖核酸。

domain 域（结构域）指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空间区域。

dot plot 点阵图对两条序列进行图形化比较的方法。

图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区域。

dynamic programming 动态规划一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。

enhancer 增强子可以与真核转录因子特异性结合的DNA序列片段。

增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增加转录水平的作用。

enzyme 酶一种生物催化剂（通常是蛋白质），能通过降低活化能使特定的化学反应可以更快地进行。

EST（Expressed sequencetags）EST表达序列标签从cDNA的5' 或3' 端获取的短的DNA片段。

euchromatin 常染色质指真核生物中组蛋白高度甲基化并且DNA低度甲基化的开放染色质。

exhaustive search 穷举搜索对问题所有可能的解进行评估。

exon 外显子一个hnRNA分子的各个部分，它们被剪接后连在一起形成mRNA。

expression profile 表达谱基因在不同时空的表达模式。

family 家族在整个长度范围内有多于50％的氨基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。

fold 折叠通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。

fourfold degenerate site 四重简并位点指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。

G（Guanine）G（鸟嘌呤）两种嘌呤中的一种。

gap penalty 空位罚分为了减少序列比对中出现的空位，对空位进行减分的操作。

gaps 空位在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。

GC content GC含量在DNA序列中，核苷酸G、C的丰度的相对于A、T的度量。

gel electrophoresis 凝胶电泳指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。

gene 基因DNA或RNA中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。

gene content基因内容一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的基因内容。

gene expression 基因表达利用存储在DNA中的信息来合成RNA分子，进而生成相应蛋白质的过程。

gene identification 基因识别利用各种方法识别基因组中的基因序列。

gene ontology 基因本体论关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开展数据挖掘的基础。

gene order基因次序基因在染色体上的排列顺序。

gene tree 基因树基于同源基因分析得到的系统发生树。

genetic map遗传图谱以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。

genome 基因组一个生物体全部遗传物质的总和。

genomics基因组学研究基因组序列，研究序列与功能的关系，研究基因组中所包含的遗传信息。

genomic library 基因文库包含有基因组DNA插入的克隆片断集合。

genotype 基因型一个个体或群体全部或部分的基因组成。

global alignment 全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。

GU-AG rule GU－AG规则这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是RNA内含子序列5' 端的起始两个核苷酸总是5'-GU-3'，并且其3'端的最后两个核苷酸总是5'-AG-3'。

hairpin turn 发夹环在RNA链中自身反转允许形成分子内碱基配对的位置。

Hash table Hash 表一种数据结构，可以存储多个数值；不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数，hash可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。

隐马尔柯夫模型（HMM）在序列分析中常用的一种数学模型。

Hidden Markov Models(HMM)heterochromatin 异染色质指转录停滞、紧密包裹着的染色质；和高度DNA甲基化以及低度的组蛋白甲基化有关。

heuristic methods 启发式方法反复试验，利用经验解决问题的一种方法。

homologs 同源序列具有公共祖先的序列。

horizontal gene transfer 基因水平转移基因从一个物种传递到另一个物种的过程。

虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。