y
z
占有率 温度因子
C1 1 0.155832 0.182795 0.318988 11.00000 0.00001
温度因子： 原子是否正确 过大： 偏重 过小： 偏轻
B 进一步精修：
主体结构的确定
各向异性： ANIS 针对温度因子
ANIS 温度因子用六个参数表示，原子的热振动为 取向的三轴椭球
进行这步操作，可以大幅降低R1值和goof值
e 点refine菜单，系统会提示有Q 峰没命名，并 选择所有Q 峰，顺序与原来顺序相同
•删除原子或（Q）峰的方法： a 光标指在欲删除位置（原子或键） ，点K 键
b 光标指在欲删除位置，右手键点Bonds and Angles，再在对话框中点“Delete”
c 光标指在欲删除位置，右手键点“Delete” d 先选择，再点Select菜单中的Kill selected e 在ins文件删除
Most Disagreeable Reflections (* if suppressed or used for Rfree)
m 是一或两位数，指定氢的类型： =1 叔-H， =2 仲-H， =3（或13） 伯-H， =4 芳-H， =8（或14） X-O-H， =9 X=CH2或X-NH2， =15 笼状B-H
n 是一位数，指定固定的类型： =1 坐标、占有率、位移因子固定， =2 占有率、位移因子固定， =3（或7） 坐标固定， =4 同3，但允许修正X-H的键长（方向固定）
4.INS文件的建立和更新
结构解析和精修的过程，是ins文件建立和不 断更新的过程，这主要是下列过程实现的：
xprep、xshell—refine、xl、xp、edit、copy
SHELXTL结构分析的步骤
1、准备反射点文件 .HKL，格式一般为h, k, l, Io, (I) 。 2、使用 XPREP 程序输入晶胞参数，进行数据统计和检查消光规律以确 定空间群，输入分子式等等，程序结束时输出 .INS。该 .INS文件通常设 定了直接法的现行设置。 3、使用 XS 解析结构，读入 .HKL和 .INS文件，结果输出到 .LST 和 .RES文件。 4、使用 XP/XSHELL 读入 .RES文件，建立初始结构模型，结果输出 到 .INS文件，该 .INS文件通常设定了最小二乘法修正和Fourier 合成的 设置。 5、使用 XL 读入 .HKL和 .INS文件，进行结构模型的最小二乘法修正和 Fourier合成（通常为差值Fourier合成），结果输出到 .LST和 .RES文件。 6、重复4，5过程不断扩展完善结构模型和精修，直到结构修正收敛和 偏离因子最低。 7、生成数据CIF表格。
H2WA 2 0.545700 0.680000 0.026600 11.000000 0.050000 H2WB 2 0.233200 0.150000 0.035500 11.000000 0.050000
改为 AFIX 3
H2WA 2 0.545700 0.680000 0.026600 11.000000 H2WB 2 0.233200 0.150000 0.035500 11.000000
尽可能选高对称性的
确定空间群
默认的 可手动输入
判断晶格类型
有心群与非心群判断 接近0.968 有心；接近0.736 非心
空间群选择：
一般选CFOM最小：程序缺省设置，但常需要进行多次选择判断 注意：非心群比有心群的CFOM要小 除非是手性的，大部分都是有心群，选择时可改为有心群
看完整度
空间群越对称，越高，需要点越少 低原因：空间群选低了，找高空间群
然后进行XL精修，完成后进入XSHELL继续精修 • 也可在XSHELL中先点Atoms-Hybridize All 再 点Atoms-Calculate Hydrogens
然后检查H加的是否合理，如不合理，可打开 Edit-Edit Current File修改不合理的部分，再用 Refine继续精修
晶体数据不好
输入分子式：
输入元素种类，尤其是重原子，但数目不重要（原子要大写） CHONBFeCoCl
Input Name 一般都是输入 1
Input Y 之后点回车即可
若选不出空间群，可选 change TOLERANCES
T:参数设置 change TOLERANCES 改[N]值，改大 5 20 改[A]值，i/sigma 改小 改[G]值，降低 改成0.5 保存 之后从新定晶系，空间群，还是不行的 就得 重新收数据了
含有四周期以上重原子，足够强度衍射数据，先找出重原子数据
•XS计算结果的评估
# 直接法，RE越小越好，RE<0.4 可解 CFOM值<0.1 最好；0.1-0.2 可接受；>0.2不好
如果CFOM值不好，可以改ins文件中的TREF,改成TREF 5000 多算几轮
如果RE值太大，可以改格子类型LATT 1，有+1变成-1 将有心群变成非心群。（+：有心群；-：非心群）
一套好的数据精修出正确结构之后，wR2<0.15， R1<0.05。R1最大不能超过0.12 这样会有A级错误。
如果精修很难收敛，或某些参数不好，可用删除 一些坏点的方法来解决。
•删除坏点的方法：
每次精修完后，程序都 会自动产生50个坏点，
写在lst文件中，查到后可把它们的h、k、l 值加上
OMIT指令写在ins文件中，继续精修即可，如：
• 恢复删错的原子或（Q）峰的方法：
点“Edit>Restore Killed Atom”，先选择要恢 复的原子（或Q峰），再点“Restore”
• 命名（标记）原子或（Q）峰的方法： a 先选择，再用Lablels菜单中的Group label
b 光标指在要命名的位置，用右手键的Edit
c 光标指在欲命名位置，右手键点Bonds and Angles，再在对话框中点“Rename”
AFIX 0 保存ins 之后再XL计算 在进入XP中 fmol info kill $q himp (O-H键自动固定为0.85) File？？ XL
-1.200000 -1.200000
检查cif若是报错的话 可以通过 命名水分子周围其它方向的 氢键来解决，但是不是绝对能解决
E 收敛 （指精修结果收敛）
一、SHELXTL文件
1. 文件名 一般，同一结构，所有文件都用相同的名（不
能超过８个字符），只是扩展名不同 2. 两个必要文件(由XPREP程序产生) *.hkl文件:所有的衍射点，每一点一行 *.p4p:矩阵文件，包含单胞参数
.raw:CCD最原始文件，为校正而保留 ._ls:记录数据处理文件，包含数据完成度及最后
Patterson法：
TITL 1 in C2/c CELL 0.710730 30.1927 8.5175 13.9108 90.0000 95.1300 90.0000 ZERR 8.00 0.0146 0.0042 0.0071 0.0000 0.0100 0.0000 LATT 7 SYMM -X, Y, 0.5-Z SFAC C H N O Cr UNIT 144 112 24 56 8 TEMP 25 PATT HKLF 4 END
• 还可在XSHELL中先选择同类原子，再用 Select > Atoms > Set HFIX分别进行加氢
D 水分子加氢
H2O上的H一般从差值电子密度上获得，用限制O-H 距 离和H-O-H 来修正：
直接在Xshell中 uniq O1W 直接看它周围的残峰,将合适角度的残峰命名为h1wa h1wb 若没有 可以将残峰数加大 直到有为止 edit→Kill all Q-peaks 先不要计算 打开ins 找到刚才命令的h1wa h1wb 例如
SHELXTL的主要子程序和文件
XS
XP
XPREP
*.plt *.sav *.ps
*.hkl *.ins
*.res
XL XSHELL
*.pcf XCIF
*.lst
*.cif
*.tex
*.fcf
Running XPREP
基本数据：看衍射点强度
mean (I/sigma)< 1 :基本不可解： 1~3 弱： 大空腔结构化合物 3~10：有机晶体 10：配合物，无机晶体
* 结构精修的典型步骤
A 在XSHELL中用Refine精修各向同性的非氢原子
定出基本正确的结构模型后，在前几轮精修 （各向同性）中，可以通过检查R1和U值，来检查 原子确定的是否正确，并逐步指认出非氢原子
R1应小于0.4（wR2为0.5~0.7），越小越好
温度因子 U应在0.1以下
原子 序号 x
2) 用XS进行初始套运算 点生成的1.hkl文件，再点XS进行运算，会生成一个 ins文件，系统默认直接法
直接法：
TITL 1 in C2/c CELL 0.710730 30.1927 8.5175 13.9108 90.0000 95.1300 90.0000 ZERR 8.00 0.0146 0.0042 0.0071 0.0000 0.0100 0.0000 LATT 7 SYMM -X, Y, 0.5-Z SFAC C H N O Cr UNIT 144 112 24 56 8 TEMP 25 TREF HKLF 4 END
即精修到原子坐标、位移参数、占有率等参 数至目 value of the shift)的值不再变化，并且在 0.01（甚至0.001）以下
平均漂移值(Mean shift)几乎为零 Max.dU<0.02
GOOF值接近于1（可通过调整WGHT值来实现）
C 计算/指认并精修氢原子
对于具有确定立体结构的有机基团，可采用 理论加氢；对于无法理论加氢的，如水分子，可 从差值Fourier图中找出氢原子，参加精修的情况 视 数据的质量而定