其对策有：减少酶量，或调换另一来源的酶。减少dNTP的浓度。适当降低Mg2+浓度。增加模板量，减少循环次数。
不规则DNA带迁移
电泳条件不合适
电泳时电压不应超过20V/CM，温度＜30℃，巨大DNA链电泳，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液的缓冲能力，注意经常更换
DNA变性
电泳前勿加热，用20mM Nacl缓冲液稀释DNA
DNA上样量过多
减少凝胶中DNA上样量
DNA含盐过高
电泳前通过乙醇沉淀去除多余盐分
有蛋白污染
电泳前酚抽提去除蛋白
DNA变性
电泳前勿加热，用20mM Nacl缓冲液稀释DNA
出现片状拖带或涂抹带
PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量差，dNTP浓度过高，Mg2+浓度过高，退火温度过低，循环次数过多引起。
分子大小相近的DNA带不易分辨
增加电泳时间，核准正确凝胶浓度
DNA变性
电泳前勿加热，用20mM Nacl缓冲液稀释DNA
DNA链巨大，常规凝胶电泳不合适
在脉冲凝胶电泳上分析
电泳时Ladder扭曲
配胶的缓冲液和电泳缓冲液不是同时配置
同时配置，电泳缓冲液高出液面1-2mm即可
电泳ห้องสมุดไป่ตู้电压过高
电泳时电压不应超过20V/CM
带弱或无DNA带
DNA上样量不够
增加DNA上样量，聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度高，上样量可适当降低
DNA降解
实验过程避免核酸酶污染
DNA跑出凝胶
缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度
EB染色的DNA，所用光源不合适
应用短波长（254nm）的紫外光源
DNA带缺失
DNA跑出凝胶
缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度
琼脂糖凝胶电泳常见问题
常见问题
原因
对策
DNA条带模糊
DNA降解
实验过程避免核酸酶污染
电泳缓冲液陈旧
电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，PH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。TBE建议使用10次就更换缓冲液
所用电泳条件不合适
电泳时电压不应超过20V/CM，温度＜30℃，巨大DNA链电泳，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液的缓冲能力，注意经常更换