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环介导等温扩增技术原理ppt课件

域中任何区域与引物不匹配均不能进行核酸扩增。故其特异 性极高。 高灵敏度,对于病毒扩增模板可达几个拷贝,比PCR高出数量 级的差异。 缺点:由于LAMP扩增是链置换合成,靶序列长度最好在 300 bp以内。>500 bp则较难扩增。故不能进行长链DNA的扩增。 灵敏度高易造成假阳性结果。
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环介导等温扩增核酸技术
Principle of Loop-mediated isothermal amplification
环介导等温扩增技术原理
烟雨莫问
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主要内容
等温扩增技术简介 等温扩增技术的应用前景 几种等温扩增技术比较 环介导的等温扩增技术原理 环介导的等温扩增演示 环介导的等温扩增检测
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等温扩增的概念
温度循环。
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环介导等温扩增引物设计
针对靶基因的六个不同的区域,基于靶基因3’ 端的F3c、 F2c和Flc区以及5’ 端的Bl、B2和B3区等6个不同的位点设计 4种引物。
LAMP反应的开始阶段四条引物都被使用,但在循环阶段则只 有内引物被使用。
FIP(Forward Inner Primer):上游内部引物,由F2区和F1C 区域组成,F2区与靶基因3’端的F2c区域互补,F1C区与靶基 因5’端的Flc区域序列相同。
环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification ,简称LAMP)是利用4个特殊设计 的引物和具有链置换活性的Bst DNA聚合酶,在 恒温条件下特异、高效、快速地扩增DNA的新技 术。
LAMP技术以其特异性强、灵敏度高、快速、准 确和操作简便等优点在核酸的科学研究、疾病 的诊断和转基因食品检测等领域得到了日益广 泛的应用。
B3引物:下游外部引物(Backward Outer Primer ),由B3区 域组成,和靶基因的B3c区AMP反应引物与对应模板区域
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环介导的等温扩增技术原理
内引物FIP的F2与其模板的互补序列F2c结合,在Bst DNA聚合酶作用下,从F2的3’末端开始启动DNA合成, 合成一条以FIP为新的DNA单链并与模板链结合形成新 的双链DNA。
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各类等温扩增技术的比较
温度 ℃ 引物 模板
NASBA 42
需要2条 RNA
SPIA 42
1条
RNA
HDA
37/65 需要2条 DNA
SDA LAMP RCA Qβ
37/65 63 37-65 37
不需要 4条 需要 不需要
DNA DNA DNA RNA
其他 反转录酶,RNA酶 H,T7RNA聚合酶 反转录酶,T7RNA 聚合酶 解旋酶,扩增片段 小
构形 成
基 础 结
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LAMP
环介导的等温扩增技术原理
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环介导等温扩增过程演示
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反应时间对LAMP的影响
Effect of reaction time on the LAMP nes1,D NA marker(DL2000) with2000,1000,750 ,500,250 and 100bP:lanes2一 5,LAMP amPlification Produets for 15 min,30min,45min,6 0min,respectively :lane6,without DNA template in the reaction. 乔岩梅. 炭疽芽孢杆菌特征基因恒温扩增检测方法的研究[D]. 中国科学院研究生院(武汉病毒研究所) 2007
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环介导等温扩增检测
反应结束后对扩增产物的检测常使用焦磷酸酶沉淀检测 (浊度检测)、荧光检测、凝胶电泳检测等。
焦磷酸酶沉淀的检测(浊度检测):在LAMP反应过程中, dNTP析出的焦磷酸根离子与反应溶液中的Mg2+结合,产生 副产物焦磷酸酶白色沉淀,研究者发现LAMP反应中焦磷酸 镁沉淀的形成与所产生的DNA量之间的关系,发现两者生 成量之间呈线性关系,并且焦磷酸镁沉淀在400 nm处有吸 收峰,从而进行LAMP的定量检测。
F3引物:上游外部引物(Forward Outer Primer),由F3区组 成,并与靶基因的F3c区域互补。
BIP引物:下游内部引物(Backward Inner Primer ),由B1C 和B2区域组成,B2区与靶基因3’端的B2c区域互补,B1C域与 靶基因5’端的Blc区域序列相同。
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等温扩增的优势应用
特异性高 分析速度快 成本低 突变率低 不需要升温降温过程,一台的加热器即可操作 检测核酸成分比检测微生物本身危险性小 方便诊断
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等温扩增的种类
环介导核酸等温扩增技术(LAMP) 滚环扩增技术 RCA 单引物等温扩增 SPIA 依赖解旋酶的等温扩增技术 HAD 链替代扩增 SDA 交叉引物扩增技术 CPA 核酸依赖性扩增检测技术 NASBA Qβ复制酶反应
等温扩增技术(Isothermal Amplification Technology)是核酸体外扩增技术,其反应过程 始终维持在恒定的温度下,通过添加不同活性 的酶和各自特异性引物(或不加)来达到快速 核酸扩增的目的。
与PCR技术相比核酸等温扩增对仪器的要求 大大简化,反应时间大大缩短,更能满足快 速简便的需求。
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环介导的等温扩增技术原理
以F3为起始合成的新链与模板链形成双链。而原合成的以FIP 为起始的DNA单链被置换而脱离产生一单链DNA,其在5’末端 F1c和F1区发生自我碱基配对,形成茎环状结构。
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环介导的等温扩增技术原理
引物BIP的B2与模板链B2c区互补配对,合成以BIP为起始的新链,并 与模板链互补形成DNA双链。同时,F端的环状结构将被打开,外引 物B3与模板上B3c杂交后,以其3’末端为起点也开始合成新链,并 使以BIP为起始的DNA单链从模板链上脱离下来,形成以FIP和BIP为 两端的单链。因为B1C与B1互补,F1C与F1互补,两端自然发生碱基 配对,这条游离于液体中的DNA单链分别在F和B末端形成两个茎环状 结构,于是整条链呈现哑铃状结构,此结构即为LAMP的基础结构。
荧光检测:LAMP有极高的扩增效率,可在一小时内将靶序 列扩增至109~l010倍,所以当反应液中加入核酸染料 SYBR Green I后,在紫外灯或日光下通过肉眼即可进行判 定,如果含有扩增产物,反应混合物变绿;反之,则保持 SYBR Green I的橙色不变。
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检测流程图
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DNA聚合酶
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环介导等温扩增核酸技术优势
LAMP克服了传统PCR反应需要通过反复热变性获得单链模板的 缺点,避免了反复升降温的过程,实现了恒温条件下的连续 快速扩增,具有更高的灵敏度和扩增效率。
操作简单:只需一个水浴锅 快速高效:不需要预先的双链DNA热变性.避免了温度循环而
造成 的时间损失 特异性强:针对靶序列6个区域设计的4种特异性引物。6个区
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环介导等温扩增原理
60—65℃是双链DNA复性及延伸的中间温度, DNA在65℃左右处于动态平衡状态。利用引物合 成的DNA链取代模板互补链。
①扩增目的片段时依赖的是一种具有链置换特 性的Bst DNA聚合酶
②需四条能够识别靶序列六个特异区域的引物 ③LAMP法并不需要对双链DNA进行预变性及进行
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