综合保税区综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。
着重强调着本岛经济建设的重要性。
1、特点综合保税区和保税港区一样，是我国开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。
与保税区一词之差，却功能更为齐全，它整合原来保税区、保税物流园区、出口加工区等多种外向型功能区后，成为更为开放的一种形态，也更符合国际惯例。
综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。
根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理部门也对保税区实行相对优惠的政策。
企业在综合保税区开展口岸作业业务，海关、商检等部门在园区内查验货物后，可在任何口岸(海港或空港)转关出口，无须再开箱查验。
2、税收政策国外货物入区保税；货物出区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关，并按货物实际状态征税；国内货物入区视同出口，实行退税；区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。
3、国内分布截止2015年2月，经国务院批准设立的综合保税区有38家，分别是：郑州新郑综合保税区、唐山曹妃甸综合保税区、淮安综合保税区、衡阳综合保税区、南通综合保税区、苏州太仓港综合保税区、湘潭综合保税区、盐城综合保税区、无锡高新区综合保税区、济南综合保税区、沈阳综合保税区、南京综合保税区、长春兴隆综合保税区、潍坊综合保税区、成都综合保税区、苏州工业园综合保税区、天津滨海新区综合保税区、北京天竺综合保税区、海南海口综合保税区、广西凭祥综合保税区、黑龙江绥芬河综合保税区、上海浦东机场综合保税区、江苏昆山综合保税区、重庆西永综合保税区、广州白云机场综合保税区、苏州高新技术产业开发区综合保税区、西安综合保税区、西安高新综合保税区、银川综合保税区、新疆阿拉山口综合保税区、新疆喀什综合保税区、武汉东湖综合保税区、太原武宿综合保税区、舟山港综合保税区、贵阳综合保税区、贵州贵安新区综合保税区、兰州新区综合保税区、临沂综合保税区，南阳卧龙综合保税区。
其中，郑州新郑综合保税区、苏州工业园综合保税区、天津滨海新区综合保税区、北京天竺综合保税区、重庆西永综合保税区、广西凭祥综合保税区、昆山综合保税区、苏州高新区综合保税区、沈阳综合保税区、阿拉山口综保区等已封关运行,岳阳城陵矶综合保税区2014年7月正式获得国务院批准,石家庄综合保税区于2014年10月正式获得国务院批准，2015年1月12日，国务院正式批准设立贵安综合保税区。
综合保税区的优惠政策保税加工政策◆免税:从境外进区的设备、原材料、基建物资和自用合理数量的办公用品免征进口关税；制成品及边角料、残次品、余料、废料销往境外免征出口关税；企业出口加工产品不征收增值税、消费税。
◆保税:为加工出口产品所需进境的原材料、包装物件及消耗材料,予以全额保税。
◆退税:从区外进入综合保税区的货物视同出口,可办理出口退税；区内企业使用水、电、气实行退税政策。
◆免证:货物可以在综合保税区和其他国家之间自由进出,除国家另有规定外,不需配额和许可证；海关不实行《登记手册》管理；开展加工贸易业务不实行加工贸易银行保证金台账制度；不实行合同核销,不实行单耗管理。
保税物流仓储及进出口贸易政策◆区内存储货物的品种和仓储时间不受限制,可在不改变物权情况下,根据物权单位的指令,将仓储于保税仓库内的货物直接或进行简单加工后自由配送；销往区内、国内其他特殊监管区或境外,不征收增值税、消费税。
◆区外企业可将多种商品入区获得退税后,根据客户指令集运出口。
◆国内外采购商从境外采购货物,进入综合保税区,按照区外企业需要,分批次办理出库供货。
◆加工贸易企业将采购的国产中间产品出口到综合保税区(国内货物进区可视同出口),再由下游加工贸易企业办理进口手续,以达到出口退税的目的。
◆区内企业可开展研发业务,所用境外和国内的仪器、设备、材料等不受产业限制一律享受免税、保税和退税政策；境外和区外进出的检测货物,享受保税政策；国产出口设备等货物可进入区内保税维修并复运出境。
◆区内与境外间进出的货物,海关实行备案制,不实行进出口配额、许可证管理。
海关监管政策◆海关对综合保税区与境外之间进出口货物实行备案制管理。
◆综合保税区内企业可向海关集中申报手续。
◆经海关批准,区内企业可将其进口料件和生产的半成品委托区外企业加工,经加工后返回综合保税区。
区外企业也可委托区内企业加工,加工后返回区外。
◆海关对于综合保税区与其他海关特殊监管区或者保税区监管场所之间往来的货物,实行保税监管。
◆综合保税区货物不设存储期限。
检验检疫政策◆区内企业从境外入区的仓储物流货物以及自用的办公用品、出口加工所需原材料、零部件免予强制性产品认证。
◆从非保税区进入综合保税区的货物,又输往非保税区的,不实施检验。
◆经综合保税区转口的应检物,在区内短暂仓储,原包装转口出境并且包装密封状况良好,无破损、撒漏的,入境时仅实施外包装检疫。
◆对入区后又复出区进入国内市场的货物,在检验检疫有效期内免予实施检疫。
◆转口应检物出境时,除法律法规另有规定和输入国家或地区政府要求入境时出具我国检验检疫机构签发的检疫证书或检疫处理证书的以外,一般不再实施检验和检疫处理。
◆区内企业之间销售、转移进出口应检物,免予实施检验检疫。
外汇管理政策◆企业可开设经常项目外汇账户及资本项目外汇专用账户,经常项目外汇账户限额需核定。
◆进出综合保税区的免税、保税货物,以外币计价结算,其他物品进出综合保税区可以外币计价结算,也可以人民币计价结算。
◆企业不实行合同核销制度,与境外之间的进出境贸易项下的外汇收支,无需向外汇管理局办理收付汇的核销手续,外汇凭相关单证从银行支付。
◆企业有条件购汇,允许人民币资金注册企业,以不超过其注册资本中实际到位的人民币部分购汇。
◆中外资企业均可开立外汇现汇账户,企业经营所得外汇实行意愿结汇,外汇收入可以全额留存。
其他方面政策◆启运港退税:从国内其他港口启运经潍坊综合保税区中转的货物,在离开启运地时即可办理出口退税。
◆离岸账户:综合保税区内允许开设离岸账户,为企业开展境外业务提供资金结算便利,跨国公司可在区内设立财务中心和结算中心。
◆自由流转:综合保税区内货物可以在区内企业之间自由流转。
区内企业之间在转让货物时,只需向海关报送货物品名、数量、金额等电子数据信息,不需要报关办进出区手续。
解读：综合保税区的优惠政策根据海关总署于2007年8月29日颁布的《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》(海关总署第164号令)，以及检验检疫总局、税务总局、外汇管理总局制定的有关海关特殊监管区域政策，综合保税区政策体系主要涵盖海关监管政策、税收政策、加工贸易政策、检验检疫政策、外汇管理政策五个方面。
税收政策：从境外进入综合保税区的货物予以保税;从保税港区运往境外的货物免征出口关税;对国内运入综合保税区的货物视同出口，由海关办理出口报关手续，并依照国家有关出口退税规定实行退税;保税港区与其他海关特殊监管区域或者保税监管场所之间的流转货物，不征收进出口环节的有关税收;综合保税区内企业之间的货物交易不征收增值税和消费税。
海关监管政策：海关对综合保税区与境外之间进出口货物实行备案制管理，货物的备案、报关、查验、放行、核销手续一律在区内办理;综合保税区内企业可向海关集中申报手续;保税港区内获取可以自由流转;海关对于保税港区与其他海关特殊监管区或者保税区监管场所之间往来的货物，实行保税监管;保税港区货物不设存储期限。
但存储期限超过2年的，区内企业应当每年向海关备案。
加工贸易政策：综合保税区内企业不实行加工贸易银行保证金台帐和合同核销制度，不实行单耗标准管理;综合保税区与境外进出口的货物，不实行进出口配额、许可证管理;综合保税区内企业在加工生产过程中产生的边角料、废品，以及加工生产、储存、运输等过程中产生的包装材料，经海关批准，可以运往区外;综合保税区内企业在加工生产过程中产生的残次品、副产品出区内销售的，海关按内销时的实际状态征税;经海关批准，综合保税区内企业可以将其进口料件和生产的半成品委托区外企业加工，经加工后返回综合保税区。
检验检疫政策：税区内企业从境外进入保税区的仓储物流货物以及自用的办公用品、出口加工所需原材料、零部件免予强制性产品认证;从非保税区进入保税区的货物，又输往非保税区的，不实施检验;经保税区转口的应检物，在保税区短暂仓储，原包装转口出境并且包装密封状况良好，无破损、撒漏的，入境时仅实施外包装检疫;对入区后又复出区进入国内市场的货物，在检验检疫有效期内免予实施检疫;转口应检物出境时，除法律法规另有规定和输入国家或地区政府要求入境时出具我国检验检疫机构签发的检疫证书或检疫处理证书的以外，一般不在实施检疫和检疫处理;保税区内企业之间销售、转移进出口应检物，免予实施检验检疫。
外汇管理政策：区内与境外之间的经济往来，除另有规定外，应当以外币计价结算;区内与境内保税监管区域外(以下简称境内区外)之间货物贸易项下交易，可以以人民币计价结算，也可以以外币计价结算;区内机构之间的交易，可以以人民币计价结算，也可以以外币计价结算;区内企业对境外支付货款，除本法另有规定外，无须办理进口付汇核销;区内企业向境外出口货物，在海关办理保税货物出境备案的，收汇后无需办理出口收汇核销;在海关办理非保税货物出口报关的，区内企业应当按照境内区外相关规定到外汇局办理出口收汇核销;境内区外企业购买区内货物，凭有效凭证和商业单据可以向区内企业支付，可以直接向境外支付，也可以向其他境内区外货权企业支付。
境内区外货权企业收到前述境内区外企业的外汇后，按规定凭入账通知活着结汇水单等凭证办理核销手续。
案例解析：案例：绥芬河综保区维嘉耐火材料有限公司：该企业由德国、香港、中国三方出资，在综保区内建厂，在德国和国内采购设备，从朝鲜和中国辽宁大石桥将75%镁含量的镁砂运入综保区，在区内生产成镁含量95%以上的耐火材料，出口至俄罗斯、乌克兰、德国及印度等国。
分析：第一，在区内投资建厂，国内基建物资和生产设备入区退税，比在区外建厂节约固定资产投资大约10%左右。
第二，由于该企业产品出口，用于出口产品生产的水、电、气退税13%，增加利润。
第三，国内(辽宁大石桥)原材料入区，先行退税，缩短退税时间(如不在综保区是离岸退税，时间长。