临床数据解读
CDE：Common Data Elements https:///docs/dictionary/
/
Quantified association across classes of samples
Summary/Regio Associations based on two or more
4
ns of Interest
(ROI)
Molecular abnormalities
Sample characteristics
目前已有的癌症种类
癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average
详细见： TCGA publication guideline, /publications/publicationguidel nes
数据下载及解读
/
最简单的方法： https:///tcga/tcgaHome2.jsp
Step4
第1封邮件通知下载申请已经提交 第2封给出下载链接
Step 4 文件内容
File_manifest.txt，对所下载文件的说明
barcode解读
/
DaTA TYPES AND LEVELS
/
DATA TYPES
DATA LEVLES
Data Level 1
2
Level Type Raw
Processed
/abouttcga/overview
TCGA数据的产生历程： 1. 组织样本和临床数据来源网站
(TSS)收集的数据发送到 Biospecimen核心资源 (BCRs)。 2. BCRs提交临床数据和元数据到 数据协调中心(DCC)和测序 中心(GSCs),获取组织变异 数据,然后提交给DCC。 3. GSCs提交跟踪文件,序列比对 后文件到癌症基因组学中心 (CGHub)。 4. 提交给DCC和CGHub的数据可 供研究团队和基因组数据分 析中心(GDACs)使用。 5. 分析pipeline以及由GDACs产
TCGA癌症数据 库介绍专题医学
知识讲解
目录
前言
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TCGA- the Cancer genome ATLAS
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数据产生历程
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Aggregate of processed data from single sample
单个样本整合在了一起
3
Segmented/ Interpreted
Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases) 根据probe的位置分组
Description Low-level data for single sample Not normalized Normalized single sample data
单个样本的低级数据 未标准化 标准化的单个样本
Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalitieses
量化关联类的样本
两个或多个的关联 分子水平的异常 样本特性 临床变异
• 注意： • 低水平的测序数据存储在CGHub
https:///, 申请下载时 需要DUNS number. • The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing,