日常操作步骤：准备UPLC 设置样品表 运行样品 定量 打印报告 注：如果一个星期内不运行样品请不要关质谱仪，使其保持真空。

建立新方法和project 的操作步骤：准备UPLC 建立新的project 用标准品调谐 编辑质谱方法 编辑UPLC 方法 设置样品表 运行样品 定量 打印报告 1. 开机1.1. 打开电脑，打开质谱电源和UPLC 各电源，各部件通过自检后，点击进入工作站。

1.2. 选择Instrument > MS Tune 进入调谐页面。

1.3. 从调谐页面选择Vacuum> pump ，打开真空泵，开始抽真空。

机械泵和分子涡轮泵开始工作。

1.4. 质谱上的真空灯开始闪烁，当系统达到真空状态，灯变为绿色，不再闪烁。

如果达到实验状态大约要抽真空12小时 1.5. 气源压力设置氮气：90 – 120 psi 氩气：7 psi2. 准备UPLC 系统2.1. 准备流动相 用0.22um 的膜过滤缓冲液，所有的缓冲液和超纯水都要新配制，超纯水和缓冲液使用不得超过二天。

2.2. 所有样品都要用流动相初始梯度比例的溶剂来溶解，并用0.22um 的膜过滤。

2.3. 初始化UPLC 泵 在Masslynx 主页面上选择 将 出现下面的画面。

MassLynx V4.0.lnk2.4.点击 进入UPLC控制台，见下图。

2.5.湿灌注UPLC泵 选择CONTROL>Prime A/B solvent2.6.选择A1/B1或A2/B2 输入时间1min，如果更换了流动相则输入3min,按star.2.7.初始化UPLC自动进样器 在UPLC控制台上选择Sample Manager2.8.选择Control >> Prime syringes2.9.灌注进样器和洗针系统。

选择Sample syringe and wash syringes2.10.参数 Number of cycles 平时选1，但在更换洗针溶液时选5。

2.11.点击OK 开始。

2.12.完成后，UPLC可以正常的工作。

3.建立一个新的Project如果在已有的Project下进行试验，此步可以不做。

3.1.从Masslynx主窗口选择File>Project Wizard3.2.当出现以下窗口时，点击Yes3.3.输入Project Name3.4.选择Create using existing project as template,点击Browse选择新建project的模版4.ESI调谐 调出目标化合物的最佳质谱参数4.1.母离子调谐4.1.1.从Masslynx的主画面选择，打开调谐页面。

选择离子模式。

4.1.2.按以下画面在ES+ source页面，输入Desolvation Gas Flow, DesolvationTemp ，Source Temp。

4.1.3.等去溶剂气和源温度稳定。

在ES+ source页面下输入参数。

4.1.4.在调谐页面下，设置去溶剂气流量为650L/hr,按“Gas”按扭，打开氮气。

4.1.5.在质量分析器（Analyser）中选择MS。

如下图：并按图中输入其它的参数。

4.1.6.打开高压，使质谱进入Operate状态。

4.1.7.在Masslynx主画面点击MS Console 进入MS控制台，点击Interactive Display.出现以下画面：MS控制台4.1.8.在A瓶中放入需要调谐用的标准溶液(0.2--1ppm 不少于1ml)，在Flow State 中选择“Combined”：4.1.9.在Reservoir中选择A，下图中点击 冲洗和置换 A流路。

4.1.10.设置UPLC的流速（通常为0.3ml/min）和流动相的比例（通常有机相：水相=50：50）。

4.1.11.设置Infusion Flow Rate 为5--20ul/min，点击开始注入调谐液到质谱里。

4.1.12.在ES+ source页面Function下拉菜单中选择MS scan，输入化合物M+H（正离子）的质量数。

输入合适的Cone等参数，把图中质谱峰的信号调到最强。

典型的离子源参数设置调谐时质量分析器的设置：z 在Analyser 页面可以调节高、低质量端的分辨率。

注：降低分辨率可以增加信号强度。

z 调节离子能量Ion Energy 使信号强度增加并得到一个好的峰型。

z 记录M/Z 峰的峰顶值，此例中为苏丹红I 的M+H 值248.7。

z 注：峰顶的M/Z 值从调谐页面中得到，而不要从MS Scan 中得到。

这种方式得到的值更加准确，可以提高的灵敏度。

4.2. 子离子调谐母离子的参数调节好后，源的参数不要改动。

在Analyser 中进行其它的参数调节：Capillary (kV) 0.50 – 3.75ES + Capillary (kV)0.50 – 3.0ES -Cone (V) 10 – 100Extractor (V) 1 - 5 RF Lens (V) 0 - 5Source Temperature(°C)110Desolvation Temp (°C) 350 HPLC (100 to 300uL/min)Desolvation Gas Flow(L/hr)300 - 1000Cone Gas Flow (L/hr) 50 to 1500.8 – 1.0Da FWHMPeak Apex = 248.74.2.1. 在Analyser 中选择MSMS。

打开氩气（碰撞气），输入气的流量，使气体压力约为3.5e-3.4.2.2. 在ES+ source 页面Function 下拉菜单中选择Daughter Scan ，输入母离子M+H（正离子）的质量数和子离子的质量数，调节适合的Span 和Gain 使子离子的峰易观察。

4.2.3. 输入合适的碰撞能量（Collision）等参数，把图中质谱峰的信号调到最强。

下图中为苏丹红I 的一个子离子M/Z 是92.8。

Analyser 参数的常用设置LM/HM Resolution 1 13 - 15Ion Energy 1 0 - 1MS Scan Daughter Scan Entrance 50 -5 to 10Collision 3 10 to 30Exit 50 0.5 to 5LM/HM Resolution 2 11 - 15Ion Energy 2 1 - 5Multiplier 1Gas Cell Pirani 3e-3 – 4e-34.2.4.在调谐页面下，点击File>Same as 保存调谐文件。

5.编辑质谱方法利用调谐的结果建立质谱方法在Masslynx 主画面中点击，打开MS方法编辑器。

5.1.在masslynx主画面中点击，打开MS方法编辑器。

5.2.选择File>New出现下面的窗口，建立一个MS方法，5.3.点击 编辑MRM方法，输入母离子的质量数（Parent）、子离子的m/z值（Daughter）、驻留时间（Dwell，Secs）以及锥孔电压（Cone，Volts）和碰撞能量（Coll Energy，eV）等参数。

5.4.在Ionization Mode下拉菜单中选择离子化模式，在Retention Windows（mins）中输入质谱数据采集时间。

5.5.如果还有其他离子对，要和上一个MRM采集在同一张色谱图上时，重复上面两步，最后选择OK。

如果要用不同通道采集不同选择离子色谱图，则直接选择OK，再重新点击 开始。

一个质谱方法里可以有多个数据通道，但过多的通道会降低灵敏度。

5.6.从主菜单中选择File> Save As，并输入质谱方法的名称，退出质谱方法编辑界面。

注：图中参数是苏丹红1的参数。

Dwell Time (一般为0.2sec，如果色谱峰很窄，可以设为0.1或0.05)， 较长的Dwell time可以增加信噪比，但会减少信号的采集点数。

以下是MS的时间窗口方法:5.7.从主菜单中选择File> Save As，并输入质谱方法的名称，退出质谱方法编辑界面。

6.编辑UPLC方法点击Inlet Method 进入方法编辑页面Abort 停止UPLC正在运行的方法。

Start/Stop Pump泵流速的开关控制。

Lamp on / off控制UPLC检测器的灯的开或关。

Load Method将编辑好的液相方法传输给液相。

6.1.编辑泵方法 点击Inlet键进入泵方法编辑页面。

选择溶剂、比例、流速、梯度方法、运行时间（应和MS的时间一样）等。

6.2.编辑自动进样器的方法 点击Autosampler按键进入自动进样器方法编辑页面，出现下面页面后，选择或输入相关的参数。

一般弱洗针（weak needle wash）为10%乙氰水溶液，体积为600ul；强洗针（strong needle wash）为90%的乙氰水溶液，洗针的体积为200ul。

柱温一般为40℃。

在满定量环进样时选择Full Loop。

6.3.点击File>Save as，保存UPLC方法。

7.设置样品表7.1.在Masslynx主页面下选择File>New打开一个新的样品表。

7.2.按下列方法调入一个新的样品表格式，7.3.输入样品表中的信息：File Name原始数据的文件名File Text 样品或标样的细节MS File 运行质谱方法的文件名Inlet File 运行UPLC方法的文件名MS Tune File运行时的调谐方法Bottle 样品所在位置Sample Type从下拉菜单中选择样品的类型Conc A 标准品的浓度，如不必要可以不输入如果样品表的表头没有显示要使用的内容，用鼠标右键点击样品表的第一行第一列，然后选中，会出现下面列表，在里面将将所需要用的内容选中。

7.4.选择Sample >Add，设定要添加的样品数量。

7.5.选择，或者在主菜单选择 File > Save As，输入这个样品表的名称 (后缀为.SPL)。

样品表就已经编好等待运行。

样品表的实例8.运行样品8.1.点击状态 图标，确认MS和 LC状态已经 Ready。

8.2.选黑要运行的样品点击 按扭，运行样品。

8.3.如果样品没有开始运行，请确认暂停键 是否被按下。

9.定量（Quanlynx）9.1.从主页面左边选择Quanlynx.9.2.在样品表编辑中选择Samples>Customize>Load并调出“quantify”列9.3.按下图格式输入相关的信息。

9.4.选中中间浓度的标准品，点击Chromatogram，出现总离子流色谱图。