TV版（加粗文字表示特别篇，带“◆”表示动画原创）001 云霄飞车杀人事件（前期成员第一次到齐）003 偶像密室杀人事件004 大都会暗号地图事件（少年侦探团正式成立并第一次破案）005 新干线大爆破事件006 情人节杀人事件◆012 步美绑架事件（少年侦探团的成员配备阿笠博士制作的臂章）014谜样的讯息狙击事件015 消失的尸体杀人事件017 百货公司挟持事件◆020 鬼屋杀人事件033 侦探团生还事件◆036 周一晚上7：30分杀人事件◆050 图书馆杀人事件059 首次跑腿杀人事件◆063 大怪兽哥美拉杀人事件073 少年侦探队遇难事件◆080 放浪画家杀人事件◆081 当红艺人绑架事件（前篇）082 当红艺人绑架事件（后篇）086 诱拐现场特定事件091 抢匪住院事件107 鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆108 鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆109 侦探团大追踪事件◆112 帝丹小学7大离奇事件119 假面超人杀人事件◆123 天气预报小姐绑架事件◆126 旅行剧团杀人事件（前篇）◆127 旅行剧团杀人事件（后篇）◆129 来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（灰原哀加入少年侦探团）130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）131 竞技场无差别胁迫事件（后篇）135 消失的凶器搜索事件◆136 青色古堡探索事件（前篇）长大后的少年侦探团137 青色古堡探索事件（后篇）138 最后上映的杀人事件（前篇）139 最后上映的杀人事件（后篇）140 SOS！步美传达的讯息◆146 路面电车急刹车事件◆147 本厅刑事恋爱物语（前篇）148 本厅刑事恋爱物语（后篇）156 本厅刑事恋爱物语2（前篇）157 本厅刑事恋爱物语2（后篇）162 飞天密室工藤新一最初的事件163 月与星与太阳的秘密（前篇）164 月与星与太阳的秘密（后篇）165 少年侦探团消失事件◆176 与黑暗组织的再会（灰原篇）179 咖啡店货车闯入事件◆182 九门大搜索◆183 危险的处方笺◆188 危命的复活洞窟中的侦探团189 危命的复活负伤的名侦探192 危命的复活新一回来了194 意味深长的八音盒（前篇）205 本厅刑事恋爱物语3（前篇）206 本厅刑事恋爱物语3（后篇）209 龙神山汽车坠落事件◆212 蘑菇、山熊和侦探队（前篇）213 蘑菇、山熊和侦探队（后篇）225 生意兴隆的秘密◆230 迷一样的乘客（前篇）231 迷一样的乘客（后篇）233 无法消失的证据（前篇）234 无法消失的证据（后篇）242 元太的灾难246 陷入网中的谜团（前篇）247 陷入网中的谜团（后篇）252 图画中的绑架犯◆257 世间奇妙的天罚◆258 来自芝加哥的男人（前篇）259 来自芝加哥的男人（后篇）266 情人节的真相（事件篇）269 犯罪的纪念品（前篇）270 犯罪的纪念品（后篇）273 提问婆婆失踪事件◆276 警察手册丢失事件◆279 迷宫的阴暗（前篇）280 迷宫的阴暗（后篇）281 年幼的目击者◆289 迷途森林的光彦（前篇）290 迷途森林的光彦（后篇）294 爱与决心的粉碎（前篇）◆295 爱与决心的粉碎（后篇）◆301 恶意与圣者的行进（前篇）302 恶意与圣者的行进（后篇）303 回来的受害者304 震动的警视厅 1200万人质312 染上夕阳的布偶（前篇）313 染上夕阳的布偶（后篇）321 消失的绑架逃逸车（前篇）◆322 消失的绑架逃逸车（后篇）◆329 金钱买不到的友情（前篇）330 金钱买不到的友情（后篇）335 东京现影所的秘密（前篇）336 东京现影所的秘密（后篇）346 寻找屁股上的印记（前篇）347 寻找屁股上的印记（后篇）348 爱与幽灵与地球遗产（前篇）◆349 爱与幽灵与地球遗产（后篇）◆352 钓鱼大会的悲剧（前篇）◆353 钓鱼大会的悲剧（后篇）◆358 本厅刑事恋爱物语5（前篇）359 本厅刑事恋爱物语5（后篇）360 不可思议的春甲虫◆363 都市的乌鸦◆366 显而易见的码头惨剧（前编）少年侦探团之足球赛367 显而易见的码头惨剧（后编）369 好运男子的历险◆370 失而复得的游戏软件◆373 剧毒蜘蛛的陷阱◆374 星星和香烟的暗号（前篇）375 星星和香烟的暗号（后篇）376 限时15时◆377 桃太郎解谜之旅（前篇）◆378 桃太郎解谜之旅（后篇）◆390 本厅刑事恋爱物语6（前篇）391 本厅刑事恋爱物语6（后篇）394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）395 奇异屋宇的大冒险（机关篇）396 奇异屋宇的大冒险（解决篇）401 宝石强盗现行犯（前篇）402 宝石强盗现行犯（后篇）403 不可思议的天使之馆（前篇）◆404 不可思议的天使之馆（后篇）◆409 同时进行的舞台表演和诱拐行动（前篇）◆410 同时进行的舞台表演和诱拐行动（后篇）◆411 神社鸟居的惊人暗号（前篇）412 神社鸟居的惊人暗号（后篇）414 追逐青鸟的侦探团◆418 糀町阁楼的房屋◆421 银杏叶色的初恋（前篇）422 银杏叶色的初恋（后篇）423 侦探团与青虫4兄弟◆425黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间（这集在开始片花里出现了一下）427 充满神秘的上学之路（前篇）428 充满神秘的上学之路（后篇）435 以侦探团为焦点的专访（前篇）436 以侦探团为焦点的专访（后篇）（班主任小林澄子老师申请成为侦探团的顾问）440 极限赛车表演◆442 被钢筋阻止的男人◆443 叹气拾潮（前篇）444 叹气拾潮（后篇）453 因缘与友情的试映会454 颠倒的结尾（前篇）455 颠倒的结尾（后篇）459 怪人循规蹈矩的男人◆460 1年B班大作战461 消失的一页◆466 坚不可摧的雪人（前篇）467 坚不可摧的雪人（后篇）468 池塘边的奇怪事件◆472 工藤新一少年时的冒险（前篇）473 工藤新一少年时的冒险（后篇）476 元太的必杀射门（前篇）477 元太的必杀射门（后篇）481 山妖婆婆的利刃（前篇）482 山妖婆婆的利刃（后篇）483 消失的巡警◆488 电视台的恶魔501 红与黑的碰撞嫌疑502 红与黑的碰撞洁白503 红与黑的碰撞决死507 KTV包房的死角（前篇）509 红白黄色与侦探团510 柯南vsW暗号之谜515 怪盗KID的瞬间移动魔术518 明治维新神秘之旅（探索篇）◆519 明治维新神秘之旅（解读篇）◆524 讨厌的蓝色火花（前篇）525 讨厌的蓝色火花（后篇）533 呼唤过去的伤痕534 新的伤痕与吹口哨的男人535 旧伤痕与刑警之魂536 消失的名画的秘密◆542 让鱼儿消失的一角岩（前篇）543 让鱼儿消失的一角岩（后篇）549 回转寿司之谜（前篇）550 回转寿司之谜（后篇）551 犯人是元太的父亲（前篇）552 犯人是元太的父亲（后篇)554 鹳的探索之旅(兰追踪篇)◆555 鹳的探索之旅(阳菜追踪篇)◆563 侦探团VS强盗团(骚乱)564 侦探团VS强盗团(沉默)565 没有看见的目击者◆568 白鸟警部，樱花的回忆(前篇)569 白鸟警部，樱花的回忆(后篇)571 妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇)572 妖怪仓库中的夺宝战斗(后篇)577 萤火虫点亮的真相◆578 召唤危机的红色凶兆(前面部分）583 小林老师之恋584 白鸟警部的失恋585 跨越时空的樱花之恋586 黑暗中消失的麒麟之角587 基德vs四神侦探团591 水族馆之家597 蒸汽密室的剧本(前篇)598 蒸汽密室的剧本(后篇)606 法庭的对决Ⅳ审判员是小林澄子（前篇）◆607 法庭的对决Ⅳ审判员是小林澄子（后篇）◆614日记演奏的秘密（前篇）615日记演奏的秘密（后篇）622 紧急事态252（前篇）（2011年7月2日播出）623 紧急事态252（后篇）（2011年7月9日播出）OVA版OVA1- 柯南 VS 基德 VS 阿剑！宝刀争夺大作战!OVA2-16个嫌疑犯OVA3-柯南与平次与消失的少年OVA5-目标是小五郎!少年侦探团秘密报告OVA7-来自阿笠的挑战书!阿笠vs柯南vs少年侦探团OVA8-女子高中生侦探·铃木园子的事件簿OVA9-十年后的陌生人OVA10-怪盗基德孤岛决战OVA11-来自伦敦的绝密指令剧场版Movie1-引爆摩天楼Movie2-第十四个目标Movie3-世纪末的魔术师Movie4-瞳孔中的暗杀者Movie5-通往天国的倒计时Movie6-贝克街的亡灵Movie7-迷宫的十字路口Movie8-银翼的魔术师Movie9-水平线上的阴谋Movie10-侦探们的镇魂歌Movie11-绀碧之棺Movie12-战栗的乐谱Movie13-漆黑的追踪者Movie14-天空的遇难船Movie15-沉默的15分剧场版特典M09特典－水平线上的毛利小五郎M10特典－柯南感恩十周年M12特典—工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件M13特典—新一与兰七夕节与麻将牌的回忆M14特典—通往大阪什锦煎饼艰险之路（后面一小点）M15特典—新潟东京礼物狂想曲。