以下有控制科学与工程各个二级学科的简介（含课程设置）及全国各高校在各个学科的排名情况，你可以参考这两个因素进行合理的选择：控制理论与控制工程课程设置矩阵论，泛函分析，线性系统理论，优化理论与最优控制，非线性控制系统理论，智能控制，自适应控制，鲁棒控制，系统辨识与建模，随机过程与随机控制，离散事件系统理论，控制系统的计算机辅助设计与仿真，机器人控制等。
模式识别与智能系统课程设置随机过程与数理统计，矩阵论，优化理论，近世代数，数理逻辑，数字信号处理，图象处理与分析，模式识别，计算机视觉，人工智能，机器人学，计算智能，非线性理论（如分形、混沌等），控制理论，系统分析与决策，计算机网络理论等。
检测技术与自动化装置课程设置矩阵分析，数学物理方程，误差分析，现代控制理论，近代物理基础，电磁场理论，检测理论，信号处理，传感器与自动检测技术，自动测试与故障诊断技术，仪表智能化技术，仪表可靠性技术，工业计算机网络和集散控制系统，过程模型化与软测量技术等。
系统工程课程设置数理统计及随机过程，矩阵论，最优化理论与方法，系统工程导论，系统工程方法论，管理信息系统与决策支持系统，信息工程，系统建模与仿真，现代控制理论基础，智能控制，计算机网络理论与技术，复杂系统分析，经济系统分析（宏观和微观）等。
导航、制导与控制课程设置矩阵论，泛函分析，数值分析，线性系统理论，随机过程与滤波，系统辨识,计算机控制系统，最优控制，运动体控制与制导系统，导航系统，火力控制技术，传感技术及应用，信息融合技术，系统建模与仿真，人工智能等。
控制理论与控制工程排名学科代码：0811011清华大学A++ 081101控制理论与控制工程2山东大学A++ 081101控制理论与控制工程3北京科技大学A++ 081101控制理论与控制工程4上海交通大学A++ 081101控制理论与控制工程5东北大学A++ 081101控制理论与控制工程6浙江大学A++ 081101控制理论与控制工程7同济大学A+ 081101控制理论与控制工程8西北工业大学A+ 081101控制理论与控制工程9南开大学A+ 081101控制理论与控制工程10华南理工大学 A+ 081101控制理论与控制工程模式识别与智能系统排名学科代码：081104 排名校名等级二级学科一级学科学科门 1清华大学 A++ 081104模式识别与智能系统 2上海交通大学 A++ 081104模式识别与智能系统 3西安电子科技大学 A++ 081104模式识别与智能系统4北京工业大学 A+ 081104模式识别与智能系统 5中国科学技术大学 A+ 081104模式识别与智能系统 6南京理工大学 A+ 081104模式识别与智能系统 7西安交通大学 A 081104模式识别与智能系统8华东理工大学 A 081104模式识别与智能系统9浙江大学 A 081104模式识别与智能系统10同济大学 A 081104模式识别与智能系统北京航空航天大学 A+ 081102检测技术与自动化装置 081100东北大学 A 081102检测技术与自动化装置中国科学技术大学 A 081102检测技术与自动化装置 081100 A 081102 检测技术与自动化装置 081100系统工程排名 学科代码：0811031华中科技大学A++ 081103系统工程 2西北工业大学 A++ 081103系统工程3清华大学 A++ 081103系统工程4浙江大学 A++ 081103系统工程5哈尔滨工业大学 A+ 081103系统工程6东北大学 A+ 081103系统工程7北京航空航天大学A+ 081103系统工程 8北京交通大学A 081103系统工程 9华东理工大学A 081103系统工程 10天津大学 A 081103系统工程导航、制导与控制排名学科代码：081105 1北京航空航天大学A++ 081105导航、制导与控制 2哈尔滨工业大学A++ 081105导航、制导与控制 3西北工业大学A++ 081105导航、制导与控制 4哈尔滨工程大学A+ 081105导航、制导与控制 5清华大学 A+ 081105导航、制导与控制检测技术与自动化装置排名浙江大学天津大学清华大学A++ 081102 A++ 081102 A++ 081102 学科代码：081102 检测技术与自动化装置 检测技术与自动化装置 检测技术与自动化装置 电子科技大学A++ 081102检测技术与自动化装置 哈尔滨工业大学A+ 081102检测技术与自动化装置 华中科技大学 A+ 081102检测技术与自动化装置 081100 081100 081100 910华东理工大学6北京理工大学 A 081105导航、制导与控制7浙江大学 A 081105导航、制导与控制8华中科技大学 A 081105导航、制导与控制9中南大学 A 081105导航、制导与控制10上海交通大学B+ 081105导航、制导与控制在本科阶段叫自动化，研究生阶段叫控制科学与工程，下设五个二级学科：控制理论与控制工程，检测技术与自动化装置，系统工程，模式识别与智能系统，导航、制导与控制。
各二级学科的主要研究范畴及相互联系如下。
1.控制理论与控制工程“控制理论与控制工程”学科以工程领域内的控制系统为主要对象，以数学方法和计算机技术为主要工具，研究各种控制策略及控制系统的建模、分析、综合、设计和实现的理论、技术和方法。
复杂系统的建模、控制、优化、决策与仿真；鲁棒控制与非线性控制；工程系统的综合控制与优化；运动控制系统设计与分析；先进控制理论与方法。
2.模式识别与智能系统“模式识别与智能系统”主要研究信息的采集、处理与特征提取，模式识别与分析，人工智能以及智能系统的设计。
它的研究领域包括信号处理与分析，模式识别，图象处理与计算机视觉，智能控制与智能机器人，智能信息处理，以及认知、自组织与学习理论等。
智能控制与智能系统；专家系统与智能决策；模式识别理论与应用；智能信息处理与计算机视觉；生物信息学。
3•导航、制导与控制“导航、制导与控制”是以数学、力学、控制理论与工程、信息科学与技术、系统科学、计算机技术、传感与测量技术、建模与仿真技术为基础的综合性应用技术学科。
该学科研究航空、航天、航海、陆行各类运动体的位置。
方向、轨迹、姿态的检测、控制及其仿真，是国防武器系统和民用运输系统的重要核心技术之一。
惯性定位导航技术；组合导航及智能导航技术；飞行器制导、控制与仿真技术；惯性器件及系统测试技术；火力控制技术。
4•检测技术与自动化装置“检测技术与自动化装置”是研究被控对象的信息提取、转换、传递与处理的理论、方法和技术的一门学科。
它的理论基础涉及现代物理、控制理论、电子学、计算机科学和计量科学等，主要研究领域包括新的检测理论和方法，新型传感器，自动化仪表和自动检测系统，以及它们的集成化、智能化和可靠性技术。
先进传感与检测技术；新型执行机构与自动化装置；智能仪表及控制器；测控系统集成与网络化；测控系统的故障诊断与容错技术。
5.系统工程“系统工程”是为了解决日益复杂的社会实践问题而形成的从整体出发合理组织、控制和管理各类系统的综合性的工程技术学科。
系统工程以工业、农业、交通、军事、资源。
环境、经济、社会等领域中的各种复杂系统为主要对象，以系统科学、控制科学、信息科学和应用数学为理论基础，以计算机技术为基本工具，以优化为主要目的，采用定量分析为主、定性定量相结合的综合集成方法，研究解决带有一般性的系统分析、设计、控制和管理问题。
系统工程理2 论及应用；系统分析、设计与集成；系统预测、决策、仿真与性能评估；网络信息技术、火控与指控系统技术；复杂系统信息处理、控制与应用技术。
ps：向爱说的是电气工程及其自动化专业的研究生方向，不是自动化。
1）从全国各校的宏观来看国内自动化专业的好地方不少，但研究的方向重点都各有不同，比较好的有（可能不全，望指正）北京：清华大学；中科院自动化研究所；北京理工大学；北京航天航空大学天津：天津大学江浙：上海交通大学；浙江大学；东南大学；华中：国防科技大学；华中科技大学东北：哈尔滨工业大学；东北大学；中科院沈阳自动化研究所；西部：西安交通大学2）以清华为主要介绍对象就各个方向说一下1、控制理论与控制工程：拥有这个方向的国家重点学科的学校有：清华大学北京理工大学东北大学上海交通大学东南大学浙江大学西北工业大学清华大学研究领域广度深,在拥有传统优势的控制理论与控制工程方面极负盛誉清华的控制工程与控制工程，分为了3 个研究所：系统集成研究所，过程控制研究所和控制理论研究所。
毫无疑问，系统集成（也就是CIMS ）研究所实力最强，有院士和CIMS 国家工程中心；控制理论所也很强，而且基本上老师都有项目，很少有搞纯理论的了；过程所也挺强，老师实力也很强，但方向比较明确，就是过程控制，多用于化工厂等地方的生产流程的总体控制，多用到总线、动态控制之类的东西2、检测技术与自动化装置：拥有这个方向的国家重点学科的学校有：天津大学浙江大学这个方向实用性很强，和仪表，测试等方向很接近，也只有这个方向是自动化的几个二级学科里是完全偏硬件（当然也有软件，但很少）的清华的这个方向从表面看来实力一般，其实不然，且不说牛人要靠自己努力，单说导师的情况，也许没有别的所博导多，但是我所知道的检测所导师都非常的负责（尤其是硕导），而且有项目，虽然不像CIMS 有那种很大的横向项目，但是做小项目有效项目的好处，就是能接触到项目的整个过程，再加上老师的负责指导，对能力的提高就不必多言了吧。
所以检测所非常非常的适合读硕士。
当然前提是大家要对单片机，DSP，FPGA 之类的硬件感兴趣，呵呵3、系统工程：拥有这个方向的国家重点学科的学校有：华中科技大学西安交通大学这个方向相对其他几个方向来说比较年轻，但他的作用也不容忽视，系统工程国内搞得比较多的是智能决策、智能交通等，说白了，有点像管理，是研究如何提高效率的。
清华的这个方向老师比较少，但实力却不弱，对于外校的考生来说，最大的缺点是招的比较少，每年也就2~3 个，呵呵4、导航、制导与控制：拥有这个方向的国家重点学科的学校有：北京航空航天大学哈尔滨工业大学哈尔滨工程大学这个方向具体做什么就不用多言了吧。
国内做的比较多的应该是陀螺仪；仿真；和制导控制，要是想从事航天等领域的话，可以说是不二之选但很可惜，清华自动化在这个方向实力一般，隶属于过程所，而且都是老师的一个方向而已，基本没有专门搞这个方向的，但精仪系有导航这个方向，实力不错，但也很可惜，基本上精仪的这个方向都是推研（保送）上的。
这个方向推荐的学校北京航空航天大学，北京理工大学，哈尔滨工业大学；航天科工集团研究院各单位。