在自然水体中，鞭毛虫喜在多污带和α-中污带生活。

在污水生物处理系统中，活性污泥培养初期或在处理效果差时鞭毛虫大量出现，可作污水处理效果差时的指示生物。

变形虫喜在α-中污带或β-中污带的自然水体生活。

在污水生物处理系统中，则在活性污泥培养中期出现。

纤毛纲中的游泳型纤毛虫多数是在α-中污带和β-中污带，少数在寡污带中生活。

在污水生物处理中，在活性污泥培养中期或在处理效果差时出现。

扭头虫、草履虫等在缺氧或厌氧环境中生活，它们耐污能力极强，而漫游虫则喜在较清洁水中生活。

固着型纤毛虫，尤其是钟虫，喜在寡污带中生活。

钟虫类在β-中污带中也能生活，如累枝虫耐污能力极强。

它们是水体自净程度高、污水生物处理效果好的指示生物。

吸管虫多数在β-中污带，有的也能耐α-中污带和多污带。

在污水生物处理效果一般时出现。

在一般的淡水水体中出现的轮虫有旋轮虫属、轮虫属和间盘轮虫属，轮虫要求较高的溶解氧量。

轮虫是寡污带和污水生物处理效果好的指示生物。

由于它们吞食游离细菌，所以可起到提高处理效果的作用。

但在污水生物处理过程中，有时候会出现猪吻轮虫大量生长繁殖的现象，一旦它们大量繁殖会将活性污泥蚕食光，造成污水处理失败。

为避免此类现象发生，当镜检到猪吻轮虫有大量繁殖的趋势时，为了保持正常运行，可暂时停止曝气，制造厌氧环境抑制猪吻轮虫生长。

线虫是水净化程度差的指示生物。

在生活污水生物处理脱氮工艺中，在20℃左右，供氧充分的条件下，红斑颤体虫大量生长，把活性污泥蚕食光，使出水的水质急剧下降。

为了恢复处理效果，必须停止曝气，继续连续进污水，使处于缺氧状态，可有效抑制红斑颤体虫的生长。

浮游甲壳动物是水体污染和自净的指示生物。

剑水蚤和水蚤。

水体中含氧量低，水蚤的血红素含量高；水体中含氧量高，水蚤的血红素含氧量低。

由于在污染水体中溶解氧含量低，清水中氧的含量高，所以，在污染水中水蚤颜色比在清水中的红些。