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Chemoffice_2008_使用教程

C hemoffice2008使用教程ChembioOffice简介ChembioOffice是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。

该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。

同时,这个产品又可以共享解决方案,给研究机构的所有科技工作者带来效益。

利用ChemBioOffice你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦;也可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名。

目前最新的版本为Chemoffice 2010。

Chemoffice2008包括以下几个部分:1.ChemDraw Ultra11.0:化学结构绘图。

2.Chem3D Ultra11.0:分子模型及仿真。

3.ChemFinder Ultra11.0:化学信息搜寻整合系统4.E-Notebook11.0:整理化学信息、文件和数据,并从中取得所要的结果。

Chemoffice安装方法:1.运行setup.exe2.输入证书时输入:Name:lZ0email:lz0@Serial:011-256104-71993.然后点击"Activate Later"4.复制crack.reg文件到C:\Program Files\CambridgeSoft\ChemOffice2008\Common\DLLs 双击确定即可ChemDraw的使用方法:1.绘制结构式以水杨酸(salicylic acid)为例步骤:1.打开ChemDraw2.单击垂直工具栏右下角的图标,鼠标变成苯环的样子,在绘图区单击鼠标出现一个苯环3.单击图标,将鼠标移至苯环的一个角上,出现深色的正方形连接点4.自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为109°,其余类推。

5.选中垂直工具栏中的文本工具,分别将鼠标移至应该出现羟基或氧原子的位置,待出现连接点后,点击键盘上的O键。

即可得如图所示图形:2.根据化合物名称得到结构式【Structure】/【Convert Name to Structure】,弹出对话框在输入框中输入化合物的英文名,点击OK即可出现结构式即可得如图所示图形:ChemDraw可以根据结构式预测分子的1H和13C核磁共振化学位移。

选中此结构,【Structure】/【Predict1H-NMR-Shifts】,出现该化合物的1H核磁共振化学位移值及图谱,如下图:ChemNMR1H Estimation11.06.98salicylic acidEstimation quality is indicated by color:good,medium,rough10812624PPMProtocol of the H-1NMR Prediction:Node Shift Base+ment(ppm rel.to TMS)OH 5.35 5.00aromatic C-OH0.35general correctionsOH11.011.00carboxylic acidCH 6.987.261-benzene-0.531-O0.211-C(=O)O0.04general correctionsCH8.047.261-benzene-0.171-O0.871-C(=O)O0.08general correctionsCH7.627.261-benzene-0.171-O0.341-C(=O)O0.19general correctionsCH7.517.261-benzene-0.441-O同理可得C13谱图。

ChemDraw可以对化合物结构进行分析计算。

选中化合物结构式,【View】/【Show Analysis Window】,弹出分析窗口,包含该化合物的分子简式、摩尔质量、同位素分布图,元素分析组成比例等数据。

【View】/【Show Chemical Properties Window】,弹出化学性质窗口,包含该化合物的沸点、熔点、临界温度、临界压力、临街体积、Gibbs自由能、LogP、MR、Herry’s Law、生成热、ClogP、CMR等。

可得:Chemical Formula:C7H6O3Exact Mass:138.03Molecular Weight:138.12m/z:138.03(100.0%),139.04(7.8%)Elemental Analysis:C,60.87;H,4.38;O,34.75ChemDraw提供了一张使用起来十分方便的元素周期表。

【View】/【Show Periodic Table Window】即可打开元素周期表窗口。

单击周期表上的元素符号,就可以得到该元素的物理性质。

单击表中的按钮,可以打开或关闭周期表下方的物理性质详细列表。

绘制实验装置ChemDraw可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭建化学反应装置。

以简单的蒸馏装置为例:【View】/【Other ToolBars】/【Clipware,Part1】或【Clipware,Part2】打开玻璃仪器模板窗口(或从垂直工具栏中打开)Chem3D的使用Chem3D是ChemOffice的组成部分,它能很好地同ChemDraw一起协同工作,ChemDraw 上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。

Chem3D Ultra版还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC,还可以与著名的从头计算程序Gaussian连接,作为它的输入、输出界面,能够以三维的方式显示量子化学计算结果,如分子轨道、电荷密度分布等。

打开上述文件可得如图所示的界面:1)利用键工具建立模型单击工具栏上的单键按钮将鼠标移动至模型窗口,按住鼠标左键拖出一条直线,放开鼠标即成乙烷的立体模型将鼠标移至C(1)原子上,向外拖出一条直线,放开鼠标即成丙烷立体模型将鼠标移至C(2)原子上,向外拖出一条直线,放开鼠标即成丁烷立体模型2)利用文本工具建立模型单击工具栏文本工具按钮将鼠标移至模型窗口,单击鼠标出现文本输入框,在输入框中输入“C4H10”,按回车键,Chem3D自动将输入的分子式变成丁烷3D模型若化合物带有支链,可将支链用括号括起来。

(注意:CH必须为大写!)回车得如下界面:3)使用子结构建立模型Chem3D提供了子结构库,我们可以选择其中的子结构,然后将他们拼装起来,组成复杂结构。

【View】/【Parameter Table】/【Substructure】菜单命令,弹出【Substructure】窗口如图:单击【Phenyl】(苯基)的【Model】选中之复制粘贴即可。

单击工具栏上的复制按钮,复制该结构在3D模型窗口中,单击粘贴按钮,将子结构粘贴至窗口,使用轨迹球按钮使其处于正面结构,【Structure】/【Reflect Model】/【Invert Through Origin】将图形置于与原来呈镜面对称的位置再次单击粘贴按钮,在窗口中就复制了两个苯环单击工具栏中的虚键按钮,将两个苯环连接起来,即得所要建立的3D模型。

4)使用模板建立模型【File】/【Sample Files】/【Nano】/【Buckminsterfullerene-C60】命令,出现C60的3D 模型。

还可以在此基础上修改模型,例如可以接上一些官能团。

ChemFinderChemFinder是一个智能型的快速化学搜索引擎,所提供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一,包含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX等,并不断有新的数据库加入。

Chem Finder可以从本机或网上搜寻Word、Excel、Power point、ChemDraw、ISIS格式的分子结构文件,还可以与Excel结合。

可连接的关系式数据库包括Oracle及Access,输入的格式包括ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件等。

1)根据结构式检索执行【开始】/【程序】/【ChemOffice】/【Chem Finder Ultra11.0】命令,启动ChemFinder 首先打开的式【ChemFinder】对话框,包含三个选项卡,单击【取消】在左侧Expelor窗口中最下端选择【Favorites】,出现“Favorites”文件夹,点击该文件夹双击选中“CS_DEMO.CFX”数据库,即打开该数据库在【Structure】输入框中已经有了一个苯环结构,这是该数据库的一个结构,【Formula】显示其分子式为“C6H6”,【MolWeight】显示其分子量为“78.1118”,【Molname】显示的是其英文文件名称“Benzene”,【Synonyms】显示苯的所有别名。

单击【Enter Query】清空各窗口双击【Structure】窗口,出现ChemDraw绘制分子式的工具栏【Tools】。

用ChemDraw的【Tools】工具绘制环丁烷,单击【Find】按钮查找。

2)根据分子式检索还可以直接输入分子式紧缩相关资料。

Chem Finder具有模糊检索功能,不必输入准确的分子式。

接前一步操作,单击【Enter Query】清空各窗口单击【Formula】窗口,输“C9H8O4”,按回车键单击【Enter Query】清空各窗口,单击【Formula】窗口,输入“C5-6N2”,按回车键,执行【View】/【Switch Views】命令,显示窗口变成列表,每执行一次,显示形式不同。

3)根据化学名称检索可以直接输入化学名(英文名)检索相关资料。

Chem Finder具有模糊检索功能,检索化学名时可用通配符表示不清楚的字符,我们也不必为分子的名称怎么拼写而发愁了。

以查找尼古丁的分子式为例:接前一步操作,单击【Enter Query】清空各窗口,单击【Molname】窗口,输入“﹡nico ﹡”,按回车键,单击工具栏上的【Next Record】,可以显示出尼古丁分子来4)根据相对分子质量检索可以直接输入相对分子质量来检索相关分子。

相对分子质量也可以模糊检索,只要大致确定一个范围就可以了。

接前一步操作,单击【Enter Query 】清空各窗口,单击【MolWeight 】窗口,输入“160-170”,按回车键。

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