微生物菌种保藏是确保菌种长期存活和保持其遗传特性的重要手段。保藏菌种时应选择休眠体，并创造低温、干燥、缺氧、避光和缺少营养的环境。对于不产孢子的微生物，需使其新陈代谢处于最低水平且不会死亡。常用的菌种保藏方法包括简易保藏法、甘油保藏法、干燥保藏法、真空冷冻干燥保藏法和液氮超低温保藏法。简易保藏法利用低温抑制微生物生命活动，需定期移植。甘油保藏法使用40%左右的甘油作为保护剂，可保藏3-5年。干燥保藏法通过去除水分使细胞休眠，包括砂土管、明胶片、硅胶和麸皮保藏法。真空冷冻干燥保藏法结合了低温、缺氧和干燥等条件，可保藏10-20年。液氮超低温保藏法是当前最理想的方法，可在-196℃至源自150℃下长期保存菌种，降低变异率。