合同纠纷原因总的来说有一下的几类：
1．无效合同纠纷
是因合同的无效而引起的合同当事人之间的争议。如合同无效后，合同当事人因各自返还因合同而取得的财产发生的纠纷，合同无效责任应由何方承担，承担多少之纠纷等等。
2．有效合同纠纷
是在合同生效的前提下，合同当事人因履行合同而发生的争议、包括合同订立后合同当事人对合同内容的解释，合同的履行及违约责任，合同的变更、中止、转让、解除、终止等所发生的一切争议，绝大多数合同纠纷为有效合同纠纷。
3．口头合同纠纷
是合同当事人因履行口头合同而发生的所有争议。口头合同虽然简便易行，但因为没有书面的证据，所以，一旦发生纠纷是不易获得解决的。口头合同多是即时清洁的合同，一般来说，发生纠纷的情况较少。
4．书面合同纠纷
是合同当事人因履行书面合同而发生的所有争议。现实生活中，绝大多数合同纠纷是书面合同纠纷。这与书面合同应用之广泛分不开的，解决书面合同纠纷的依据是双方当事人签订的书面合同书或确认书，以及双方当事人协商一致的所有与合同有关的来往函件等。故要求合同当事人注意保存所有的与合同有关的书面证据，以便在发生纠纷时可以举证，此外，有时在一项合同履行过程中，既有因书面协议引起的纠纷，也有因口头协议引起的纠纷，口头协议除非有证据证明，否则法律是不承认其效力的。
5．涉外合同纠纷
是合同当事人因履行涉外合同而发生的所有争议。涉外合同纠纷因为具有涉外因素，解决纠纷时要比国内合同困难得多。所谓涉外因素，是指合同主体一方是外国的公民，法人或其他组织，合同法律关系发生在国外，合同标的位于国外等。解决涉外合同纠纷时，往往会涉及到法律适用问题．合同语言问题，解决纠纷地点问题等等。甚至纠纷解决后的执行问题也很复杂，所以，应尽量避免在涉外合同上发生纠纷。
有无名合同纠纷
6．标准合同纠纷
是固合同中的标准条款而引起的争议。标准条款，根据(合同法)的规定，是指当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时与对方协商的条款。对于因对标准条款的理解发生争议的，应当作出不利于提供标准条款一方的解释。法律对因标准合同纠纷的解决的规定主要从保护被动接受标准合同一方的角度出发的。
在建设工程领域频繁发生合同纠纷的原因有以下几点：
1.规避法律签订“阴阳合同”
法律规定必须通过招投标方式承包工程施工的项目，但承发包双方往往采取签订“阴阳合同”的方式以规避法律。即就同一工程标的签订两份权利义务不完全相同的合同。一份按公开的招投标方式签订，并交招投标办公室登记备案。一份为双方自行约定，并在具体施工过程中依照执行的。两份合同的差异往往对工程总价款的约定不同。订立这样的“阴阳合同”，如果承发包双方在履行合同过程中均无异议，工程按时竣工，工程款按期结算，一般不会发生什么争议。但如果一旦双方在履行合同过程中发生争议无法解决，进入诉讼，就会发生承发包双方对适用哪一份合同产生争议。如双方均坚持主张适用对自己有利的一份合同，而两份合同又均系当事人真实的意思表示的，就会给法院在审理过程中对应当确认适用哪一份合同作为约束承发包双方权利、义务的依据带来难题，确认任何一份合同，都有缺憾，也容易造成当事人不必要的讼累。
2．签订的合同过于简约
承发包双方草率签约，致合同约定的内容及条款过于简单，在具体履行时无章可循。表现在签订合同时，往往对合同中应当明确的条款未能明确，如违约责任条款无具体执行标准，对应该约定的条款未能约定，如对工程质量的罚款约定、工程竣工验收的约定及工程价款决算的期限约定等。
建筑工程合同是一个专业性较强的综合性合同，因此在具体的合同约定中就要求约定明确、周全，以减少歧义的发生。如对工程开工时间的约定，有几种情况：1.建设单位取得施工许可证为准；2.施工单位进入施工现场为准；3.建设单位向施工单位发出开工令为准；4.施工单位开始打桩为准等等。这类约定似是而非，一有变化就容易导致纠纷，故如何确定为合同约定的开工日，双方当事人必须予以特别注释，这样做虽然可能会觉得烦琐，但事实证明这样的约定是应当且必须的。
3. 履行合同不注意收集证据
由于当事人的法律意识谈薄，在履行合同过程中，对工程资料的保管、记录没有引起足够的重视，还有的施工单位在履行合同中，因与建设单位发生争议，离开施工现场，造成工程资料的遗失，使法院在审理该类案件时，难以确定施工单位实施的工作，审计单位也由于没有工程资料或工程资料不全等原因，使审计结构难以客观反映实际，以至与判决确认的工程款与施工单位实际发生的工程量有差距，造成讼累。
4. 质量验收者和使用者脱节
目前，建筑工程的质量验收工作，虽然由业主负责，但仍属政府主管的专业工程质量监督部门负责的范围，由其对工程进行竣工验收后，向发包单位出具验收证明。但在实际运作中，往往会出现一些工程虽然已通过了质量验收，但仍存在不少质量问题影响房屋的使用功能，特别是一些隐蔽工程的验收须即时进行，否则在竣工验收时很难发现问题。而往往由于验收者和使用者非同一人：验收的不使用建筑物，使用者却无权就工程验收问题掌握主动权。造成工程已经验收，却仍存在质量问题或隐患，承发包双方会因质量验收系政府主管部门的职责为由互相推诿，甚至在进行工程款结算时相互扯皮，造成不必要的讼累。