行政诉讼法第五条规定，人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。
由此，确立了我国行政诉讼合法性审查的基本原则。
然而，审判实践中如何进行合法性审查？却仍然是一个争议颇多的问题。
这个问题的解决，对于规范行政审判活动，提高行政审判效率，化解社会矛盾，保护公民、法人和其他组织的合法权益，推进社会主义法治进程具有十分重要的作用。
根据行政诉讼法第五十四条的规定，人民法院审查判断被诉具体行政行为是否合法时，不仅要对被诉具体行政行为的有关证据、事实进行审查，同时还要对其主体是否超越权限、适用法律、法规是否正确进行审查。
因此，人民法院审查被诉具体行政行为的合法性应当包括两方面的内容，一是事实审，二是法律审。
将合法性审查理解为单纯的法律审行政诉讼中的事实审是指人民法院对与被诉具体行政行为合法性有关的一切事实的审查。
具体包括以下几个方面内容：一是被诉具体行政行为本身认定的事实；二是被告据以做出被诉具体行政行为的证据事实；三是被告做出具体行政行为适用法律情况的事实；四是被告做出被诉具体行政行为的程序性事实；五是与被诉具体行政行为合法性有关的其他事实。
行政诉讼事实审必须处理好以下几个关系：首先，与被诉具体行政行为合法性相关的事实和被诉具体行政行为认定的事实之间的关系。
审判实践中，有些人把对被诉具体行政行为合法性事实的审查，简单地理解为是对被诉具体行政行为认定事实的审查。
在法庭调查时只审被告认定的事实，不审其他有关事实；在判决书中，仅仅阐明被诉具体行政行为认定事实是否清楚，对其他相关事实不作审查。
这种认识是不全面的。
被诉具体行政行为违反法定程序，被诉具体行政行为未考虑应当考虑的实际存在事实，等等，都不是通过审查具体行政行为认定事实本身所能发现的。
其次，与被诉具体行政行为合法性相关的事实和原、被告双方争议事实之间的关系。
任何一种诉讼制度都不能离开当事人的争议而独立存在。
尽管行政诉讼法规定，行政诉讼是以审查被诉具体行政行为的合法性为目的的，但是，也不能脱离当事人之间的争议，行政诉讼同样也有解决纠纷，化解矛盾的目的。
因此，对行政诉讼中当事人之间的事实争议，人民法院原则上必须予以审查，这样才能更有效地平息矛盾。
当然，如果当事人由于对法律的无知或者其他原因，双方所争议的事实严重偏离了人民法院合法性审查的范围，或者说与被诉具体行政行为合法性审查毫无关联，人民法院可以在说明理由之后，依职权决定不予审查。
相反，如果与被诉具体行政行为合法性相关的事实存在问题，而当事人双方未提出异议，人民法院则也应当依职权适时主动提出审查。
第三，案件事实与证据之间的关系。
在以往的审判实践中，有两种错误的审查方式值得引起注意。
一是重事实，轻证据。
行政诉讼中仅仅对事实之间前后是否连贯，有无矛盾进行审查，忽视对证据本身的审查。
近来，由于证据意识的普遍提高，又出现了另外一种错误倾向，即，重证据，轻事实。
在庭审过程中就证据审查证据，割裂证据与案件事实以及合法性审查之间的联系；在判决书中大量罗列证据，缺乏证据证明效力的分析论证。
要处理好两者的关系，必须将证据与当事人的争议事实以及与被诉具体行政行为合法性有关的事实紧密结合起来。
具体来说，人民法院要审查的证据主要包括两个方面，一是与被诉具体行政行为合法性有关的双方当事人有争议的事实的证据，二是人民法院认为应当审查的事实的证据。
这些证据又包括三部分，一是被告向法庭提供的据以做出具体行政行为的证据；二是原告或者第三人提供的推翻被诉具体行政行为认定事实的证据；三是人民法院在诉讼过程中依职权调取的证据。
无论哪一类证据，人民法院必须在庭审中通过举证、质证，对证据的合法性、关联性和真实性进行审查，做出认证。
认证的过程实际就包含了对证据事实的审查。
第四，全面审查与诉讼效率之间的关系。
人民法院必须对被诉具体行政行为的合法性进行全面审查，不受当事人争议范围的限制，这是行政诉讼与民事诉讼的重要区别。
全面审查是否是要面面俱到，将与被诉具体行政行为合法性有关的事实全部审查一遍？笔者以为完全没有必要。
只要当事人双方无争议，又不存在明显的违法情况的部分，可以不予审查，只有这样才有利于提高行政审判效率。
第五，事实审查与人民法院认定事实之间的关系。
行政诉讼有一个突出的特点在于，多数情况下，在争议之前存在一个由行政主体适用法律的过程。
而行政诉讼的主要目的是审查行政主体适用法律的过程和结果是否合法。
据此，有人提出，行政诉讼中只有审查事实，而不存在认定事实的问题。
笔者以为，这个观点是错误的。
其理由主要有：其一，否定或者肯定被诉具体行政行为认定的事实，本身就要有事实根据，这个事实必须是确定的，可以认定的。
其二，人民法院认定事实与人民法院查明并认定行政争议事实是两个完全不同的概念。
人民法院认定事实是认定与被诉具体行政行为合法性有关的事实，而不是代替行政机关查明争议事实。
行政诉讼合法性审查原则决定了行政诉讼确实不需要彻底查明争议事实，人民法院只要能够证明被诉具体行政行为认定的事实不清，就可以撤销被诉具体行政行为，但是，这里有一个条件，能够证明被诉具体行政行为认定事实不清的事实必须是清楚的，如果现有证据尚不足以推翻具体行政行为认定的事实的，应当尊重行政主体的自由裁量。
其三，从行政诉讼解决争议的目的看，为了对被告重新做出具体行政行为给予适当限制，防止出现累诉，人民法院的判决应当对能够认定的争议事实尽可能地做出认定。
行政诉讼中的法律审是指人民法院对与被诉具体行政行为合法性有关的一切法律适用问题的审查。
具体包括以下几个方面：一是对被告行政权限的审查。
主要审查被告对案件所涉及的事项有无管辖权。
二是对被诉具体行政行为所适用法律条文的法律事实要件的认识的审查；三是对案件事实构成和性质的认定的审查；四是对被诉具体行政行为处理结果与适用法律之间的一致性认识的审查；五是对法律规范性文件或者条款的选择适用以及法律冲突解决方式认识的审查；六是对与被诉具体行政行为法定程序相关的法律适用问题的审查；七是对与被诉具体行政行为合法性有关的其他法律适用问题的审查。
行政诉讼法律审应当处理好以下几个关系：第一，法律审与事实审之间的关系。
任何法律审都必须以一定的事实审为基础，法律审所要求的事实查清之后，才能进入事实审，否则，不能进行法律审。
例如，要对案件性质进行审查，其前提是案件事实已经全部查清；要对行政程序是否合法进行法律审，就必须首先查清被告做出具体行政行为的程序过程；要审查被告是否符合法定权限，必须先要搞清楚被告的上下隶属关系以及其权力来源。
当然，法律审以事实审为基础，并不是要求必须在查清与被诉具体行政行为合法性有关的案件全部事实的基础上才能进行法律审，只要每一个具体问题的事实要件已经清楚，该问题的法律审就可以进行；同时，也不是每一个问题都要求必须先有一个事实审，之后才能进行法律审，如果法律审所要求的事实要件是无需证明或者双方无争议人民法院亦认可的事实，则可以直接进入法律审。
第二，案件事实构成与法律事实要件之间的关系。
法律事实要件是抽象的，体现为法律的普遍性、规范性特点。
案件事实构成则是具体的，体现为法律的特殊性、个案性特点。
法律适用的过程是由一般到特殊的过程。
适用法律的过程中，在一个基本事实确定之后，首先应当确定事实的性质，搜索可能适用的法律条款，之后对选定的法律条款进行法律事实要件的分解，用法律事实要件和案件事实构成相对照，案件事实构成完全满足法律事实要件，则可以适用该条款，否则，不能适用。
到了行政诉讼阶段，人民法院则只需要对被诉具体行政行为所适用法律条款的法律事实要件进行分解，与被告认定事实逐项对照，完全相符，适用法律正确；只要有一项不符，就属适用法律错误。
实践中，某些情况下，由于行政主体做出的法律文书表述过于简单，造成部分案件事实表述不全面，与法律事实要件相对照时，表面上案件事实与法律事实构成不完全相符。
此时，不能简单地否定被诉具体行政行为适用法律的正确性，只要被告有证据能够证明在做出被诉具体行政行为之前已经认定了相关的事实，仅仅是文字表述不全面，也应当认定被诉具体行政行为认定的事实与法律事实要件基本相符。
第三，行政主体对法律适用问题的认识与人民法院对法律适用问题的认识之间的关系。
行政法上有一条不成文的规则：在事实问题上，法院应当尊重行政机关的裁量；在法律问题上，行政机关应当服从法院的权威。
也就是说，行政诉讼中，根据被告负举证责任原则，被告已经能够证明案件事实存在的，法院不能轻易地否定行政机关对案件事实的认定，尤其是对诸如是否构成商标图形相似等技术性事实问题的认定，原则上法院更应当尊重行政机关的自由裁量。
但是，对于法律适用问题，法官是专家，法院更有发言权。
因此，在法律适用问题上，如果人民法院的认识和行政机关的认识不一致，人民法院应当根据自己的审判权限，有理有据地、独立地做出正确的审查判断，而不必考虑该种理解系某行政机关的一致认识、长期做法或者上级指示等因素。
第四，法律原则和具体条文之间的关系问题。
法律原则是指法律规范所明确规定的基本原则。
法律原则是一部法律的灵魂，应当贯穿于该法律的始终。
因此，在审查被诉具体行政行为适用法律是否正确的时候，必须同时考虑法律的基本原则，而不能单独就条文理解条文。
要从法律原则出发，结合上下文全面正确地理解法律条文。
法律原则不同于法学原理、法治理念。
法学原理是一种科学的逻辑思维方式。
法治理念是一种法律精神。
两者有时并非法律的明确规定，但是，它们却是当代法律的精髓。
在当前我国法律对某些问题的规定还不是十分具体、明确的情况下，为了推进中国的法治化，可以根据法学原理和法治理念对有争议的法律条款做出合理解释。
此外，与合法性审查相关的问题是，行政诉讼中，人民法院除了对与被具体行政行为合法性相关的事实和法律适用问题做出审查之外，还应当对相关的诉讼程序中的事实和法律问题做出审查。
这些事实和法律问题主要包括：与原告诉权直接相联系的，诸如：原、被告资格、以及诉讼时效等有关的事实和法律适用问题；涉及案件终止审理、终结审理有关的事实和法律适用问题；涉及需要采取诉讼保全、先予执行、证据保全以及回避、采取排除妨害诉讼强制措施等诉讼程序处理内容的事实和法律适用问题，等等。
应当强调的是，在行政诉讼审查过程中，凡是遇到诉讼程序问题需要处理的，诉讼程序问题优先于案件实体问题处理。