IQTL 7.0简易操作指南1D Gel Analysis************************************************************ # 点击【1D gel analysis】，点击【OPEN】打开图像；# 在【一维凝胶分析】中，一共可分为5个步骤，它们分别是创建泳道【Lane Creation】、消减背景【Background Subtraction】、蛋白条带检测【Band Detection】、分子量计算【Molecular Size Calibration】以及含量校正【Quantity Calibration】或者含量归一化【Normalisation】；# 在图像分析之前，首先需要对图像进行一些调整，去除无需分析的凝胶部分如上样孔和边缘，对图像进行旋转、调节图像对比度等。
点击【常用工具栏】上的【Edit Image】图标，进入图像编辑界面。
【Invert display】从而使图像变为【反色】效果（即黑变白、白变黑效果），从而增加图像的反差。
自动分析#只要点击左侧的【Automatic】按钮，程序便自动完成三步的分析：【创建泳道】、【消减背景】以及【蛋白条带检测】；#自动分析完成后，程序的左侧便自动的切换至【快速分析工具栏】；可以对每个步骤进行更详细的调整和修改；手动分析#【Stepwise】进入手动分析步骤，首先是【创建泳道】。
选择【Automatic】模式并点击【Create】按钮，程序会自动创建出合适数量的泳道，点击【Accept】接受该结果，点击【Clear】可以清楚创建泳道的结果；如果选择【Manual】模式，可以在【导航箭头】下面的【Parameters】中设置相关的参数，如泳道数量【Number of Lanes】等，在图像上拖动鼠标就可以按照设置创建出所需的泳道；# 如果需要对已经创建的泳道进行调整，可以在【编辑模式】下来框中选择【Edit Multiple Lanes】或者【Edit Single Lanes】进行调整；# 选择【Edit Single Lanes】，点击【Bend/Resize】可以调整泳道宽窄；同时，如果电泳泳道弯曲，我们可以在电泳泳道上点击【鼠标左键】为泳道增加一个或多个弯曲节点，拖动该节点可以弯曲【泳道检测线】使之符合实际泳道的形状；如果设定的节点不合适，也可以通过【右键】单击该节点进行删除；# 点击【Move】并拖动泳道移动该泳道；选择【Add Grimaces】可以调整泳道的弯曲效果；调整完毕后，点击【Accept】对接受所做的修改；************************************************************* # 完成创建泳道后，点击【导航栏】上的【Next】按钮进入到【消减背景】步骤；# 在【Image Window】中，选中的泳道显示为绿色，同时在右侧的【Lane】泳道窗口中可以看到以实线表示的该泳道的峰形图，峰型图下的紫色实线为背景基线，在此背景基线之下的部分都被程序认为是背景；# 在【导航栏】下面的【Parameters】中有多种背景消减的算法，其中在99% 以上的情况下，我们都使用【Rolling Ball】滚球算法作为背景消减的方法；# 选中【Rolling Ball】，可以通过上面的滑动块调节滚球的半径【Radius】使背景基线（紫色实线）能够尽可能的与背景重合，不同的图像设置的【Radius】的值有所不同。
点击【Subtract】按钮就完成了对图像背景的消减操作；# 【Minimum Profile】方法是以峰形图灰度最低值做一条平行于底边的实线作为背景值；【Image Rectangle】方法是在图像上选择一定区域并以该区域中像素灰度的平均值作为背景值，这一方法要求图像背景灰度分布均一；【Manual Baseline】是通过手动调节背景基线，这些方法都不能保证条带比较时的平行性，因此，一般情况下不建议使用；# 进行完【消减背景】操作后，点击【Next】进入下一步【条带检测】。
************************************************************* # 在【条带检测】步骤中，点击【Detect】进行自动条带检测。
滑动【Minimum slope】下的滑动块，可以调节条带检测的最小斜率。
该值越小，检测到的条带数量越多；反之，该值越大，检测到的条带数量越少；# 还可以通过【Parameters】中的参数对条带检测做一些精细的调节，包括噪音消减【Noise reduction】及最高峰百分比【%Max.Peak】。
改变【Noise reduction】的数值可以调整噪音的阈值，随着数值的增大，检测到的条带数量逐渐减少；改变【%Max. Peak】的数值可以调整条带强弱的阈值，随着数值的增大，检测到的弱带数量逐渐减少。
在一般情况下，使用软件的默认值；# 通过选择【Edge parameters】中的【Automatic detection】选项可以让软件自动寻找条带的边缘；# 也可以手动增加或减少条带，在【Image Window】中，检测到的条带中心是用【蓝色小菱形】显示的，【右键】单击该菱形可以取消该条带，【左键】单击可以增加条带；# 在进行完条带检测后，我们就可以进入到下一步【分子量计算】；************************************************************ # 点击【Next】进入到【分子量计算】界面，在【Parameters】中的【Standard】下拉框中可以选择程序内置的分子量Marker，也可以点击【Edit】按钮进入【编辑Standard】对话框编辑或新建自己的Standards；# 点击左下角第一个【编辑/新建Standard】按钮，输入新建Standard的名字，并在右侧的下拉菜单中选择分子量Maker的种类，如【Molecular Weight (KD) 】，在下面的【Mapping List】中双击【鼠标左键】，从高分子量至低分子量依次输入Standards的具体数值，点击【Done】完成Standards的创建或编辑；#根据分子量Marker的类别选择【Curve Type】的种类，并选中【Use Rf to propagate】。
这时在图像中跑有分子量Marker的泳道上单击左键，会出现几条黄色Marker线，通过调整Marker线的位置使Marker 线与真正的Marker重合，点击【Compute】按钮，计算结果显示在下方的【Measurement Window】的MW列中，点击【Selected Lane】、【All Lanes】与【Comparison】来查看不同泳道及条带的分子量详细信息；************************************************************* #条带的含量进行计算，含量校正【Quantity Calibration】及归一化【Normalization】。
【Quantity Calibraiton】是利用多个已知含量的条带创建一条拟合的标准曲线，并根据该标准曲线计算出其他条带的含量；而【Normalization】是设定一个条带的含量为100，其他条带根据与该条带的比例计算出相对含量。
这里需要特别说明的是，含量校正与归一化是两种不同的含量计算方法，不能同时使用！# 在【Quantity Calibration】步骤中，【左键】单击已知含量的条带，在弹出的空白框中输入含量的数值，如200，这时在【导航栏】下面的列表中就会显示该条带的含量，依次类推可以输入其他已知条带的含量。
选择【Force through Origin】使校正曲线通过原点，在该选项下的下拉列表中可以选择含量的单位。
# 设置完所有参数后，点击界面左上角的【Calibrate】可根据校正曲线对其他蛋白条带的含量进行计算，计算后的结果会显示在【Measurement Window】中的【Calib Vol (ug) 】项目中；************************************************************* # 归一化【Normalization】操作。
在【导航栏】下面的【Parameter】中设置标准含量蛋白的数值及单位，默认为100 microgram，选择【Normalization】的方式，根据average vol. 或者 collective vol. 完成设置后，【左键】单击标准化的蛋白，这时条带上的菱形由蓝色变成了黄色。
点击左上角的【Normalise】按钮，就可以对所有条带进行含量的归一化。
# 归一化的结果会显示在【Measurements Window】中的【Norm Vol (ug) 】项目中；************************************************************* # 在【一维凝胶分析】的各个步骤，我可以通过点击【常用工具栏】上的【Options】按钮进入设置选项，在不同的标签页中，如【Image】、【Analysis】、【Table】、【Lance Selection】、【Reporting】，设置需要显示的内容和偏好；# 同时，对于在分析过程中的所有结果，可以通过点击【Edit】菜单下的【Export to Excel】就可以直接将数据如【Measurements Window】中的数据导出至Excel电子表格。
Array Analysis*********************************************************************** # 对于微阵列（Microarray）、酶标板或者点杂交（Dot Blotting）的实验结果，可以使用【阵列分析】Array Analysis来进行分析；# 在IQTL【控制中心】点击【Array Analysis】，选择要分析的图像，点击【Open】就进入到【阵列分析】的界面；# 阵列分析一般包括定义点【Spot Definition】、消减背景【Background Subtraction】、含量归一化【Normalisation】和存在性判别【Presence Flagging】四个步骤。
#【Spot Definition】。
点击【Create & Strecth Grids】，在【Parameters】中选择网格类型【Grid Type】。