Windows 下R 软件及程序包packages 安装使用必读—R.2.13.1 版（2011.7.8）前言：高效、开源的统计计算及图形软件—R 软件，在多门学科中有着重要的、广泛的应用，但由于其使用平台过多于Linux 系统，虽然目前的版本（2.13.1 版upto2011.7.8）已经兼容了Windows 和苹果机，但是使用起来还是不太方便，特别是中文的使用，存在一些小问题，本人经过自己摸索和上网查找资料，获取了一下的使用心得，分享给大家。
From marybr66@一、下载和安装R 客户端1、下载：从R 官网：/ 下载最新的R 版本（2.13.1 版until 2011.7.8）。
官网上还有大量的资源和资料可以查看，不过都是英文版，需要花点功夫去看。
2、安装：直接默认安装，基本上没有什么问题。
如果是自定义安装，注意选择使用Internet2，否则安装后的客户端不能使用网络下载和更新安装包，注意看安装后的桌面图标，右键属性，后面会有--internet2 的命令选项，而选择Standard 安装后，生产的桌面图标没有--internet2 的命令选项。
二、下载和安装R 程序包（packages）1、使用R 图形界面的菜单栏安装（zip 格式的安装包）：1．1 选择镜像安装安装好R 之后，打开Rgui.exe 程序窗口->程序包->安装程序包，注意需要使用网络（默认的安装使用了Internet2，可以查看桌面的R 图标，命令中带--internet2）在弹出的镜像中选择一个，镜像的连接与官网一致，然后下一个窗口会弹出packages 的选择框，选中你所需的包，最后就会连接下载安装，信息会在Rgui 窗口中显示。
1．2 选择本地安装需要从网上下载安装包，注意类型必须是.zip 格式，关于格式会在后面说明。
还是从官网上/mirrors/CRAN/下载packages，然后打开Rgui.exe 程序窗口->程序包->从本地zip 文件安装程序包，就ok 了，信息会在Rgui 窗口中显示。
2、使用R 客户端的install.packages()函数安装（zip 格式的安装包）：可以使用？install.packages()查看帮助，具体命令为install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),contriburl = contrib.url(repos, type),method, available = NULL, destdir = NULL,dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),configure.args = getOption("configure.args"),configure.vars = getOption("configure.vars"),clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),libs_only = FALSE, INSTALL_opts, ...)pkgs 为安装包名称，如果repos = NULL，就是本地安装，需要写成全路径的.Zip 文件安装包，lib 表示安装的位置，缺省则为客户端中的系统包的位置，如果需要更改位置，则需要自定义，repos 表示程序库的URL(s)，CRAN 如镜像的安装连接的是""，本地文件安装的时候，可以将repos = NULL，后续的参量一般缺省即可。
注意，R 中可能对路径符―\‖敏感，可以使用―/‖或者―\\‖代替。
注意，这个安装包可以在R 脚本程序中使用，因为这是一个R 的函数。
另外，据说linux 下可以安装.tar.gz 格式的源程序，不过在windows 下好像只能安装zip 格式，windows 下好像不方便source 的安装，如果有人知道window 下的tar.gz 格式的安装方法，请联系本人marybr66@。
3、使用R 程序的命令方式安装（Rcmd INSTALL）（zip 或者tar.gz 格式均可）：首先，需要将R 程序的路径添加到系统的环境变量PATH，如本人就将C:\Program Files\R\R-2.13.1\bin\i386 这个添加到PATH 里面了。
这样在开始-> 运行->cmd 后，就可以直接使用Rcmd 命令了。
检查环境变量添加是否正确的方式，就是在命令提示符中输入r，如果进入Rgui.exe 类似的文字显示时，表示进入了R 系统，可以使用R 中的函数比如ls()等。
Rcmd 命令，（老版本是R cmd，现在更新后改了），其实是刚添加的路径下的EXE 程序，其功能是支持类似linux 系统中的命令行操作，比如INSTALL，REMOVE，check，build 等，可输入Rcmd 查看提示的功能。
这里的安装同样需要自己下载的程序包，或者自己开发的包，或者从Linux 系统上build 的文件，其格式应该为.tar.gz （源程序，source）或者为.ZIP ，格式（程序，binary）。
可以在命令后加入-L 自定义安装包路径，不用全部安装到系统路径中，方便管理，对应的删除命令就是REMOVE。
完整的package 安装命令就是：Rcmd INSTALL your_download_path\packagename.zip [-l your_lib_path] 值得注意的是，这里可以安装.tar.gz 格式的源程序（这也是windows 下安装.tar.gz 的source 文件最成功的一个方法），但注意，如果程序中有其他语言的代码如C、C++、Fortran 等，则安装时会不通过，因为缺少相应编译器，可能会安装失败，这时候，需要安装另一个在windows 下支持R 的Rtools 软件，可以在/Rtools/上下载到，该软件支持其他语言在R 软件上安装package，其具体作用在后续的创建R 程序包中详细介绍。
4、格式说明：程序包的格式包括四个，例如pls 程序包：Package source: pls_2.1-0.tar.gz MacOS X binary: pls_2.1-0.tgz Windows binary: pls_2.1-0.zip Reference manual: pls.pdf这里主要介绍两种： .tar.gz 格式（源程序，source，一般在linux 系统下生成）； .ZIP 格式（程序，binary，一般windows 环境下很好安装）。
至于如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包，在网上找了很多，发现确实没有很多关于这方面的资料，而有些人则表示这是不行的。
我认为，将源程序source 编译为程序binary，不能直接解压缩然后再压缩，这样是错误的，在第四章中，有关于创建R 程序包（包括.tar.gz 或.zip 格式）这方面的详细介绍。
如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包，可以通过R 语言作为中介，但是该方法不具有通用性，只对一些安装包起作用。
简单来说，就是通过Rcmd INSTALL packagename.tar.gz -l yourpath，然后将yourpath\ packagename 这个文件夹用WinRAR 打包成packagename_版本号.ZIP，这样我们就获得了Zip 格式的安装包。
注意，该zip 格式的安装包安装时只会做解压缩的工作，所以不会有提示安装成功的信息，但实际上是安装成功的。
与上文提到的zip 格式的binary 文件略有不同，上文的binary 格式安装时会检测安装包的完整性和安全性。
三、运行R 程序运行R 程序，或者说R 脚本，可以打开Rgui.exe 程序窗口->文件->运行r 脚本文件，或者输入命令source(― filepath\script.R ‖)同样执行R 程序。
注意，如果程序中引用了部分程序包packages，要获取这些程序包的支持，首先要加载该程序包，使用命令library （packagename），如果缺省路径则表示系统lib 的路径，否则需要自定义路径，例如library('pls',lib.loc='D:/ lib') 关于library，有两个意思，一个是指package 的安装路径，另一个是加载package 的函数命令。
下面给出一些windows 下R 的使用心得：1、工作空间文件.Rdata 文件，会随着文件夹的地址改变而自动改变工作空间，十分方便。
2、只要在工作开始前，一次性装好packages，只要能正确加载程序包，多次（开多个相同的R 程序）重复（开多个不同的程序）使用，都不受路径的影响。
3、程序包只要是正确安装后生成的文件夹，可以在不同的路径下使用和移动。
对于系统默认的路径，比如C:\Program Files\R\R-2.13.1\library 和C:\Documents and Settings\Administrator\My Documents\R\win-library\2.13，在这中间加入或者相互移动正确的安装包文件夹，无论加载或者调用安装包，完全没有任何影响。
对于自定义的安装包路径，需要在使用library() 加载时，加入lib.loc='package_path'。
这样就可以使用了。
4、对于服务器或者Win7 来说，由于权限问题或者用户账户的使用问题，可能导致package 安装路径无权限而不能安装到系统默认路径，此时，可以安装到自定义的路径，通过library(packagename,lib.loc='package_path')解决。
四、创建R 程序包创建R 程序包，在linux 系统，只需要build 就行，输出为.tar.gz，在输出时加入–binary，则输出为.zip，方便实用。
那么，在Windows 环境下如何编写R 程序包？也就是生成供linux 环境编译运行的tar.gz 文件，也生成供windows 下使用的.zip 文件？这一过程并不复杂，但要下载一些工具软件，按照相应的步骤填写相应的―表格‖ ，继而在控制台中输入一些指令。
(以下内容来自网上，微做修改，仅供学习参考) 在Windows 下编写R 程序包通常包括以下几步：（1）工具软件Rtools 的安装和备选软件的安装。
（2）r 脚本的准备，也就是用来生成程序包的函数脚本。