模式种： 在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株（type strain）当其具体代表，此
即该种的模式种（type species ）。
例如：
两歧双歧杆菌的大量菌株中，只有“ATCC29521”菌 株才是模式种
亚种(subspecies）或变种(variety)： ——种内细分时所用单元。 当某一个种内的某一菌株存在少数明显而稳定的变异特征 与模式种不同，而此差异又不足以当作命名新种的依据时， 可以将这些菌株细分成小的分类单元——亚种。 变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆， 从1976年后，已废除使用变种一词。
3、微生物的分类单元和分类学名词
界、门、纲、目、科、属、种——七级单元 种是最基本的分类单元 每一分类单元后可有若干辅助单元，如亚门、亚纲、亚目、亚科等
以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是： 界(Kindom)：真菌界 门(Phyllum)：真菌门 纲(Class)：子囊菌纲 目(Order)：内孢霉目 科(Family)：内孢霉科 属(Genus)：酵母属 种(Species)：啤酒酵母
有人认为，如果把地球年龄比喻为一年的话， 则微生物诞生的时间是在3月20日左右，人 类出现的时间是12月31日下午7时左右，所
以可以毫不夸张地说，微生物是一切生物 （包括人类）的“老前辈”。
2、微生物分类学
经典分类学：按微生物表型特 征分类
表型特征：形态学、生理生化学、生态学等，推 断微生物的系统发育。
种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其 接近，与同属内其他种有明显差别的一大群菌株的总称。
菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后 代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代群）。因此，一种微生物的每一 不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系.
人类对微生物的认识 水平是生物界级
分类的核心
三域学说(three domains theory)及其 生物进化谱系树
微生物的进化地位：
通过放射性元素的计时技术，测得地球年龄约有45-46亿 年。从最古老的微生物化石叠层岩中发现，类似细菌的 生物在约35亿年前就已出现，此时地球开始由化学进化 转入到生物进化阶段（此时为单极生态系，最早出现的 生命形态主要是古生菌）；
所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路线，就形成了三个原界：古细菌 （Archaebacteria）原界、真细菌(Eubacteria)原界、真核生物(Eucaryotes)原界.
内共生学说——主要是L. Margulis的贡献.
L. Margulis 的真核细胞共生起源假说
三 原 界 系 统
三 域 学 说 的 建 立
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese 16S rRNA——分子计时器（molecular chronometers）或分子尺、
或进化钟（evolutionary clock）
三域:
细菌域(Bacteria)
古生菌域 (Archaea)
真核生物域 (Eukarya)
发现蓝细菌类原核生物是在21亿年前,此时已进化到双极 生态系统，并且地球大气开始由无氧变成有氧，并且开 始有了阻挡紫外线的臭氧层，之后出现真核微生物；
大约6亿年前，水圈中出现了后生动物（摄食消费者）， 至此已形成了三极生态系；之后出现由“鱼—陆生生 物—两栖类—爬行类”的进化趋势，人类诞生至今不过 300万年。
以 大肠埃希氏杆菌的2个菌株为例： Escherichia coli K12 和 Escherichia coli ○-157:H7 ★“菌株”的数量是无限的；“种”的数量应该是有限的。 ★菌株名称表示法：紧随学名后，可随意命名。 种是分类学上的基本单位，菌株是实际应用中的基本单位，因为同一菌种的不同菌株 在产酶等代谢物的种类或产量上会有很大的不同和差别！
微生物系统学：按亲缘 关系和进化规律分类
表型特征结合分子水平上的基因型特征（如16S rRNA)，探讨微生物进化地位、系统发育关系并进 行分类鉴定。
★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的哪个分类类群的过程。 ☆命名是根据国际命名法规给每一微生物类群及种类以科学的名称。
第十章
微生物的分类、鉴定 及命名
本章内容提要
1 生物界的分类 2 微生物的分类学 3 分类单元和分类名词 4 微生物的命名 5 进化指针的选择 6 微生物分类鉴定的特征和技术 7 微生物的分类系统
教学提示：
*重和分类系统。
*难点是分类学的名词术语和常见常用微生物的拉丁文学名，但又是必须掌握的。要求 掌握的较重要的常见常用微生物共约30个学名，希望同学们认真领会、记忆，这 是回避不了的，是《微生物学》学习的基本功。
1、生物界的分类
地球上的物种估计大约有200万种，其中微生物超过 10万种，而且其数目还在不断增加。（因已知微生物 仅10%，已开发利用的是已知的1%。）
在生物进化历史过程中演化形成生 物种类和种群的多样性。
生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史，揭 示各类生物的多样性及其系统发生关系，编制分类系统， 还原生物的自然历史位置。
高等动植物分类
化石资料、形态学、比较胚胎学
较正确反映其系统发育
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型特征(phenotype)的相似程度分群归 类，这种表型分类重在应用，不涉及生物进化或 不以反映生物亲缘关系为目标；
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系统 发育的分类系统。
微生物分类的难题：
绝大部分微生物个体小、形态简单、易受环境影 响而变异、缺少有性繁殖过程、缺乏化石资料。
生物的界级分类学说
• 生物的界级分类学说：在认识发展过 程的不同阶段存在对生物分类的不同 观点。
• 如：二界系统、三界系统、四界系统、 五界系统、六界系统和三原界系统直 至三域学说.
• 三原界系统是1978年由R.H.Whittaker和L.Margulis 提出的。