3.排序：
蛋白质相互作用能量， 如范德华、H建、疏 水……
分子对接AutoDock
蛋白质
活性位点参数
蛋白质活性位点
蛋白质活性位点
小分子
小分子构象采样
打分排序：
topN 小分子构象
AutoDock和AutoDock Vina
相同：grid；type 不同：sampling ； scoring
精度
速度
1.方法相差不大（薛定谔Glide略好），没有一种方法适用于所有体系 ； 2.除了方法，人工视觉分析很重要（并非要取得分最高，而是经验上成药性最强）； 3.精度之外，保证筛选速度（虚拟筛选是初步过程，分子动力学、结构改造）
J. Med. Chem. 2019, 49, 5912-5931
反向虚拟筛选平台构建
反向虚拟筛选比较（结果）
我们的结果： 1.给出PDB ID，靶标名称，score，uniprot，EC，Drugbank，CAS编号 2.根据得分排序 3.根据靶标排序
反向虚拟筛选比较（结果）
数据库 PDB 靶标 Score 靶标_Score Uniprot_ID 结合亲和力、 可视化 Pubmed 分类 EC
缺点： ➢无可视化； ➢数据库数据量少； ➢筛选方法有待提高
分子对接比较
no single program performed well for all of the targets. For prediction of compound affinity, none of the docking programs or scoring functions made a useful prediction of ligand binding affinity.
分子对接比较
➢不同体系不同结果； ➢DS（ligandfit），SYBYL（flexx，surflex），AUTODOCK结果相差不大
测试集：1300 protein–ligands complexes from PDBbind 2019 database
J Comput Chem 32: 742–755, 2019
编号 名称 排序
排序 Uniprot_
有
有
有
7606个口袋
无
无
有
有
有
idTarget 整个PDB 有
有
有
有
无
数据库
无
有
无
无
无
墨灵格 2000多个靶 有
有
有
无
有
标9000多个
口袋
有
无
无
无
无
反向虚拟筛选平台构建
优点： ➢数据库疾病相关，针对性更强； ➢结果更丰富
反向虚拟筛选
Whole Part
靶标数 140 506
PDB数 960 2767
口袋数 2119 5487
小分子化合物 蛋白质数据库
Whole：5~6小时； Part：13~16小时
蛋白质-小分子对接
基于Autodock Vina
小分子的 潜在靶标
反向虚拟筛选比较
反向虚拟筛选 idTarget
广州市墨灵格 我们
idTarget：
广州市墨灵格： 我们：
反向虚拟筛选比较（结果）
idTarget：
1.给出PDB ID，靶标名称，score，可视化pose，PDB链接 2.根据得分排序 3.根据靶标排序
反向虚拟筛选比较（结果）
广州市墨灵格： 1.给出PDB ID ，靶标名称，score，uniprot编号 2.根据得分排序
分子对接比较
DS SYBYL AUTODOCK
测试集：100 protein-ligand complexes
J. Med. Chem. 2019, 46, 2287-2303
分子对接比较
AUTODOCK DS
SYBYL
➢Glide 略好
测试集： 10 complex
Proteins 2019; 69:160–176.
反向虚拟筛选
蛋白质靶标
用户提供
小分子化合物
小分子数据库 ……
内部提供
蛋白质-小分子对接
蛋白质数据库 ……
(C) 结果文件:
作用于靶标的 小分子
基于Autodock Vina
小分子的 潜在靶标
分子对接
1. 准备：
靶标蛋白质结构；
小分子化合物结构
2.对接：
采样蛋白质的构象空间； 采样小分子的构象空间
薛定谔公司
2019.05.11
背景
创新药物研发流程
计算机辅助技术可涉及的流程
经济
高效
省力
功能基因 研究
靶标识别 与验证
先导化合 物发现
先导化合 物优化
临床前 研究
临床研究
市场
反向虚拟筛选 虚拟筛选 分子对接
反向药效团匹配 药效团
QSAR
相似性搜索
ADMET预测
(A) 准备工作: (B) 筛选工作:
虚拟筛选
方法 改进的AutoDock AutoDock Vina AutoDock Vina
数据库 是否疾病相关
否
数据库大小 所有PDB
服务 免费
否
2900
100元/次
是
646
100元/次
（140+506）
疾病相关的、更加准确的靶标数据库
可治疗性
活性位点信息更精确
（技术过滤、文献调研）
反向虚拟筛选比较（页面）