华中农业大学研究生课程考试试卷（B）
考试科目名称：生物信息学考试时间：2011年6月15日备注：所有答案均要写在答题纸上，否则，一律无效。

提示：（1）2小时答题时间；（2）课堂开卷，独立完成；（3）答题简明扼要
1．请查询序列AK101913（GenBank注册号）的相关信息并回答下列问题：（1）若用限制性内切酶PstΙ消化这条序列，可以得到几个片段？（4分）
（2）该序列编码的蛋白质有多少个氨基酸？哪种氨基酸所占比例最高？等电点是多少？是否糖蛋白质？如果是糖蛋白，请给出具体类型及糖基化位点。

（10分）（3）请分析该序列编码蛋白的保守结构域，根据你的分析，该蛋白可能具有什么样的生物学功能？（6分）
2．任选一种基因结构分析工具，预测序列J04982（GenBank注册号）的基因结构及其编码产物的理化性质。

请注明分析工具的名称，以及是否采用某一物种的数据作为参照。

（1）根据你所选用的分析方法，这条序列编码多少个基因？分别包含有多少个exon？预测基因（如有多个基因请注明是第几个基因）是否有转录起点和PolyA加尾信号？
分析结果是否与GenBank提供的注释信息相符合？（10分）
（2）预测的第一个基因编码的蛋白质是否包含有信号肽（注明切割位点）和跨膜区域（注明跨膜区）？预测该蛋白的亚细胞定位。

（10分）
注：3a、3b任选一题
3a．RZ220是水稻分子标记遗传连锁图上的一个分子标记，请回答下列有关问题：（1）这个分子标记/位点被定位于水稻的第几号染色体？在你检索的网站（请注明网址）多少水稻的遗传连锁图使用了该分子标记？请列出分子标记遗传连锁图的名称及
其类型（Map Type）（10分）
（2）RZ220属于什么类型的分子标记？指出一个与该标记连锁或附近的QTL（注明其编号），并说明该QTL控制什么性状，列出定位该QTL的研究的相关文献。

（10分）
3b．BM6506是羊分子标记遗传连锁图上的一个分子标记或位点，请回答下列有关问题：（请注明分析方法名称）
（1）这个分子标记/位点被定位于羊的第几号染色体？（4分）
（2）在SM1分子标记遗传连锁图上与这个分子标记/位点紧密连锁（两侧）的分子标记/位点的名称是什么？这个分子标记/位点在SM1分子标记遗传连锁图上的遗传位置
是多少？（8分）
（3）列出一篇与该标记相关的文献及其在PubMed中的PMID号。

（8分）
4．分析六条蛋白质序列（BAF63641、ABO31104、ACO11338、ABH07379、AAF65254、AAB38498）的同源性并回答下列问题（请注明分析方法名称）：
（1）哪两条序列的进化关系最近，一致性（Identity）是多少？相似度（Similarity/Positive）是多少？（10分）
（2）哪两条序列的进化关系最远，一致性是多少？相似度是多少？（10分）
5．请回答下列有关鼠Clca5基因（AY161007）的问题（注：1、2小题任选一题）：（1）从数据库中可检测到多少与Clca5基因高度同源（E-value<1e-10）的人类mRNA序列？你是用什么分析方法检索的？检索的什么数据库？与其同源程度最高的
“NM_”开头的人类mRNA序列的注册号是多少？（8分）
（2）从数据库中可检测到多少与Clca5基因高度同源（E-value<1e-10）的人类蛋白质序列？你是用什么分析方法检索的？检索的什么数据库？与其同源程度最高的人类
蛋白质序列的注册号是多少？（8分）
（3）在UniProt中查找该基因，对应的蛋白质的注册号是多少？该蛋白有实验证据支持吗？何种实验证据？亚细胞定位情况如何？属于什么基因家族？含何种保守结构
域？（12分）。