第一章绪论第二章生命及其在地球上的起源第三章细胞的起源与进化第四章生物发展史第五章生物表型的进化第七章生物的微观进化第八章物种与物种的形成第九章分类系统与进化谱系第九章生物的宏观进化第十章生态系统的进化第十一章分子进化和分子系统学1.1生物进化2进化生物学3趋同进化（convergent evolution）4趋异进化（divergent evolution）5用进废退6获得性状遗传：3.1真细菌2古细菌4.1新泛种论2寒武爆发3显生宙4隐生宙5绝对地质时间6相对地质时间7化石（fossil）8硅化木6.1致同进化（concerted evolution）：2、假基因（Pseudogene）3、基因的水平转移：4、蛋白质的结构域（structural domain）：7.1微观进化（小进化，microevolution）：2、适应：3、适合度（fitness）也称适应值（adaptive value），4、选择系数（selective coefficient）5、遗传漂变（genetic drift）：6、先适应（aptation）：7、前适应（preadaptation）8、联适应(exaptation)9、正常化选择normalizing selection：10、平衡选择：11、稳定选择（stable selection）：12、分离选择（diversity selection）:13、定向选择(direction selection):14、多态现象（polymorphism）15、性二型16、性选择（sexual selection）17、集团选择（group selection）18、遗传平衡(哈代温伯格定律)：9.1 Ma＝100万年2、线系、线系进化、线系进化斜率3、时间种4、灭绝、假灭绝5、枝丛或线系丛6、谱系进化、线系进化7、垂直进化8、水平进化 9、停滞进化 10、大进化型式（pattern of macroevolution）13、常规绝灭14、集群绝灭15、生物个体发育的重演16、异时（heterochrony）17、幼态持续（neoteny）29.1系统学（ Systematics ）2系统分类学（phylogeny）3系统发生系统学（phylogenetic systematics）4分支5姊妹群6共祖近度7单源群8近缘群：9多源群：包括亲缘关系较远的表型趋同的类群10祖征11衍征12外群(outgroup13表型特征14基因型特征：15分子特征：11.1分子系统树（molecular phylogenetic tree）：2、分子钟（molecular clock）：12.2、种族（人种）二、问答题1.1试述达尔文进化认的主要思想和形成过程2拉马克的进化学说：3、论述进化生物学与生态学、分子生物学、遗传学、生理学、植物学之间的关系？4、生物进化研究的主要内容。
5、谈谈你对学习进化生物学意义的认识2.1生命的基本特征？2、简述生命活动的十大特征，以及对个人对特征的生物学认识3.1原始细胞起源有哪些假说？2、真核细胞起源的意义3、多细胞化是继真核细胞起源之后的又一重大的进化事件，该事件发生于那个地质年代？简述其生物学意义？5、简述性起源的时期和促因，以及对生物进化进程的影响4.1相对地质年代划分的原则是？地质史划分为哪几个代？中生代和新生代包括哪些纪？2、简述太古宙的绝对和相对地质时间，优势生物是什么？并简述该生物对生物圈生态系统3、简述被子植物、裸子植物、蕨类和藻类植物出现的地质时间和顺序4、生物界系统发展的规律5.1什么是表型特征？2、形态结构特征进化的遗传基础是什么？其进化的方向？3、形态结构进化的途径有哪些？4、从拉马克学说中植物和动物对环境变化产生的变化过程，论述生物功能进化与形态结构、行为特征、发育特征进化之间的关系？5、功能进化有哪几个方面？各方面进化的主要内容？6、依行为的生物学功能将动物行为分为哪几种？7、行为进化的基本环节有哪些？谈谈你对本能行为和学习行为进化的关系？行为进化的基本环节包括趋性、反射、本能和和学习等。
8、什么是进化稳定策略（evolutionarily stable strat，ESS）？举例说明其生物学意义？9、什么是利他行为？简述利他行为的生物学意义及其进化机制。
10、什么是发育特征的进化？举例说明其进化的特点？6.1简述染色体数目、结构和功能进化的特点以及对生物进化的作用？2、什么是内含子？如何起源的？进化的地位？3、基因功能的进化是如何产生的？4、基因组进化的总趋势？5、如何理解基因家族的进化？6、蛋白质和蛋白质组进化有什么特点？7.1为什么说生物微观进化的单位是无性繁殖系和种群？2、理解选择作用于个体、种群和物种的特点，以及现实意义？3、通常认为在隔离状态下的小种群，自体受精的生物，运动能力有限和配子散布的限制以及婚配习性等都可能遗成长期的近亲密殖，长期近交的后果是种群遗传均一化，种群内变异量减少。
这种状况有利于种群保持已获得的适应特征，却不利于适应变化的环境。
但是在新疆干旱、半干旱地区植被分布的第二大科－－十字花科也多为自交种，却表现出良好的适应特点，如何理解？4、什么是自然选择？简述你对自然选择的理解5、简述人工选择与自然选择的区别和联系，以及现实意义6、什么是适应？如何理解适应的普遍性和相对性？参考教科书第169页。
7、简述红皇后假说（the red queen hypothesis）的主要内容？8、什么是物种间的协同进化（coevolution）？8.1什么是物种？生物为什么以物种的形式存在？2、物种形成的三个主要环节？3、什么是生殖隔离？隔离的机制有哪些？4、时向种包括那几类物种概念？简述在现代生物学研究中意义5、简述渐进种和量子种形成的主要论点，试用现代综合进化论观点论述物种形成的原9.1、什么是适应辐射（adaptive radiation）？发生的原因？2、什么是进化速率（单位时间内生物进化的改变量）？简述其度量标准3、论述大进化与小进化之间关系，并提出个人理解？29.1简述进化谱系简约法（parsimony method）推断的原理和假设10.1什么是生态系统的进化？其进化的动力？说明生态系统组织化水平与进化趋势11.1简述分子系统学研究的理论依据和分子系统树构建的简要过程2.简述分子进化中性论的主要论点3、试述分子进化中性论与自然选择理论的异同和联系12.1人类起源分为那几个阶段？简述从猿到人体质形态和行为特征的主要变化2、简述人类起源的三个假说3、简述人种形成的主要因素4、什么是人类的社会文化进化和生物学进化？试述二者在人类进化中的相互关系一、绪论 1.生物进化：是生物与其生存环境相互作用过程中，其遗传系统随时间而发生一系列不可逆的改变，并导致相应的表型改变。
2.进化生物学:研究生物进化的历史过程．进化的原因、机制、速率、趋向及物种的形成和绝灭、系统发生以及适应的起源等方面的学科。
3.趋同进化（convergent evolution）:不同的生物，甚至在进化上相距甚远的生物，如果生活在条件相同的环境中，在同样选择压的作用下，有可能产生功能相同或十分相似的形态结构，以适应相同的条件。
此种现象称为趋同进化。
鲸、海豚等和鱼类的亲缘关系很远，前者是哺乳类，后者是鱼类，但形都和相似。
4.趋异进化:有些生物虽然同出一源，但在进化过程中在不同的环境条件的作用下变得很不相同，这种现象称为趋异进化。
5.用进废退：经常使用的器官就发达，不使用的就退化。
6.获得性状遗传：用进废退的器官变化是可遗传的。
第三章细胞的起源与进化1、真细菌：包括几乎所有的细菌和蓝藻、放线菌、螺旋体、衣原体及支原体等，换言之，真细菌实际上包括我们所知的绝大部分原核生物。
2、古细菌：是一些生长在地球上特殊环境中的细菌，包括甲烷细菌、盐细菌、热原质体及硫氧化菌等。
它与其他原核生物相差十分遥远。
它们生存在极度特殊的、非一般生物能生存的高温、高压或高盐、或极为低温干旱环境中，超出常规生命的范围。
第四章生物发展史1新泛种论：某些学者推断在地球早期演化过程中，星际有机分子可能通过慧星尾部对地球的轰击而大量地进入地球，成为前生命化学进化的基本原料。
这种说法也称之为新泛种论2、寒武爆发：寒武系底部（相当于大约5～5．3亿年前的沉积）多门类的无脊椎动物化石（节肢动物、软体动物、腕足动物和环节动物等）几乎“同时”地、“突然”地出现，而在寒武系底界以下的更老的地层中长期以来却找不到动物化石。
这一现象被古生物学家称为“寒武爆发”，成为古生物学和地质学一大悬案。
3、显生宙：宏观真核生物占优势时期，主要包括古生代、中生代和新生代。
4、隐生宙：微体原核生物占优势时期，占生命史中4/5时间。
5、绝对地质时间：根据同位素测年方法测定的地质时间。
通常以Ma为单位。
6、相对地质时间：地质时代或地层单位所代表的时间。
最大的单位是宙，依次为代、纪、世和阶，通常选择最小的时代单位阶作为相对地质时间单位。
7、化石：埋藏在岩层中的地历史时期的生物遗体或遗迹（硬体、壳、骨、蛋及活动痕迹）。
8、硅化木：保存在岩层中的古植物遗体，植物成分已被矿物质填充取代，发生石化现象。
第六章生物遗传系统的进化1、致同进化：一个基因家族的成员通过遗传上的相互作用，使得所有成员可以作为一个整体一起进化。
2假基因是基因组中与某一功能基因的序列高度同源但却没有功能的DNA片段。
3基因的水平转移：指遗传物质在不同基因组（一般指不同物种的基因组）之间的转移现象4、蛋白质的结构域：是蛋白质分子中稳定且致密的结构区域。
一个结构域是由蛋白质分子中的一段肽链构成，它可与蛋白质分子的其他部分区别开来。
许多蛋白质内的重复单位往往就是相应的一个结构域。
结构域对蛋白质的进化，特别是对新蛋白质的产生有着重要的作用，同时也说明进化过程中存在遗传信息的重新组合，是研究进化的好素材第七章生物的微观进化1、微观进化（小进化，）：是无性繁殖系或种群在遗传组成上的微小差异导致的微小变化。
微观进化是进化的基础，多种微观进化汇集的结果即表现为宏观进化。
2、适应：生物对某种环境表现出的适合状态，也指生物的结构、功能或整个生物体获得适合性的过程。
3、适合度也称适应值，它是指某一基因型个体与其他基因型个体相比能够存活并把它的基因传给下一代的能力。
一般以W表示。
4、选择系数表示某一基因型在群体中不利于生存的程度，是表示相对选择强度的数值，一般以s表示，它与适合度的关系是s=1-W。
5、遗传漂变：由于群体太小引起的基因频率随机增减甚至丢失的现象称为遗传漂变，又称赖特效应。
6、先适应（：指一种结构和功能特征对当前的适应库有所贡献，但它不是通过针对当前功能的自然选择作用而产生的。