Gblocks使用说明书（by florawz）
1.首先打开软件，进入主页面
2.输入O ，然后回车，对话框显示输入一个文件或路径
此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。

对话框即出现该文件的路径（如图）
按回车，即导入该序列。

对话框上部出现下列信息
3.快速比对：输入G，然后回车。

在原比对文件所在文件夹内即可出现Gblocks 已经处理好的文件
.fas-gb文件可用Bioedit和DNAMAN打开。

打开.htm文件，可查看可视化的处理结果（如图）
4.主菜单：
t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA或者密码子）。

输入一个t，回车。

序列类型改为Condons
再输入一个t，回车。

序列类型改为DNA（如此循环修改）
o. 打开一个文件。

必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式 ，序列长度不限。

打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型
如：
>P1;byflorawz
------MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF
D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA----------------------*
(fas格式则不需要，第一行直接为>byflorawz即可)
注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。

在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。

打开多个文件 ：必须建立一个path文件。

输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个"paths"范例，用word打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图）
多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。

如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理，但是最后不能连接。

b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页).
s. 显示保存菜单(详情见下页).
g. 处理计算
q. 退出
5.限定性参数菜单
1.设置保守区域内的保守序列的至少数量, 必须大于序列个数一半，数值越大，所挑选的保守位点越少
7个序列设置参数为5
7个序列设置参数为4
7个序列设置参数为6
2.设置保守区域两侧位置的保守序列的最少数量，必须大于或等于1所设置的值，这个值越大，所选择的保守位点越少
7个序列设置参数为6
7个序列设置参数为5
3.保守区内一段非保守区的最大范围，数值越大，选择的保守位点越多。

设置为4时（5-6-4-10）
设置为5时（5-5-5-10）
（5-5-6-10）
4. 设置清除空隙后的模块的最小长度。

在去除间隙后，保守模块的长度不能小于这个值，值越大，挑选的保守模块越少
（5-6-4-3）
（5-6-4-10）
5. 3种处理缺口的方式
None: 最后的比对中不能有缺口. 一条序列中出现缺口即被淘汰，相邻的非保守区也会被消除
With Half: 50%或者以上的序列个数有缺口的，会被淘汰。

All: 所有的缺口都会被保留下来
r. 恢复默认设置
g. 进行数据处理
z. 显示其他选项菜单
m. 回到主菜单
选择Z，显示其他选项菜单
6.处理数据时是否使用相似模型
e. 设置文件保存位置，最多5个。

保存菜单
s. 是否保存选择模块，反复输入s来选择保存，不保存
p. 是否输出结果，反复输入p来选择输出，不输出
e. 输入自定义的保存路径，最多5个
z. 显示其他选项
m. 回主菜单
输入Z，显示其他选项
v. 设置输出结果中每一行的字符数
n. 在输出的NBRF/PIR 或 FASTA是否保存为挑选的非保守区 u. 当有一个序列有缺口时，在输出文件中是否保留此缺口 k. 是否保存SeqPup软件格式的文件
d. 是否保存具有图表形式说明的输出文件.、
如果输入的是一个paths路径，包含有多个比对文件的数据包，则会出现另外的几个选项
a.是否保存各个比对文件所挑选保守模块的相连文件“ paths-g
b.seq ”
c. 是否保存所有比对序列的相连后的文件“ paths.seq ”
w. 是否保存所有比对文件相连后，去掉间隙的文件“paths--.seq ”
WARNING. 多个比对文件，批量处理，并连接时，必须保证每个比对文件中所包含的序列条数，和物种顺序相同，否则会使连接后的输出结果混乱，不可靠。

如有描述不当之处欢迎修正与交流
floralin@。