2.切片染苏木精后，分色这一步是关键，应在显微镜下控制进行，一般以细胞核染色清楚（晰）而细胞质基本无色为佳。如果过分延长分色时间将导致染色太浅，应重新染色后再行分色。
3.切片经酒精脱水后，入二甲苯时可出现白色不透明状态，此为脱水不彻底，应将切片退回无水酒精，更换酒精、二甲苯，以求彻底脱水与透明。
4.在染色过程中不要让切片干燥，以免切片收缩、变形，影响神经元形态。
5.切片从二甲苯取出或进入二甲苯前，切片周边均应擦干净或吸干多余水要选大于组织块的面积，如漏出一部分不久将会褪色，所用树脂浓度要适当，树脂封固时不能有气泡。
苏木精—伊红染色法简称HE染色法，它是最常用的普通染色方法。苏木精（hematoxylin）是阳离子染料，将细胞核内的嗜碱性物质染成蓝紫色。伊红（eosin）是阴离子染料，将细胞质和胶原纤维等染成粉红色。
12、80%乙醇5min
13、伊红液（95%乙醇溶液）3~30seconds
14、95%乙醇Ⅰ1min
Ⅱ5min
15、无水乙醇Ⅰ5min
Ⅱ5min
16、二甲苯+乙醇（1：1）5min
17、二甲苯Ⅰ5min
Ⅱ5min
Ⅲ5min
18、中性树胶封片。
HE染色注意事项：
1.染色时调节pH值很重要。如果组织块在福尔马林中固定时间长，组织酸化而影响细胞核着色。因此，要在自来水中冲洗时间长一些或在饱和碳酸锂水溶液中处理10-30min，这样可以使细胞核着色较深。染伊红时胞浆着色不佳，可在伊红溶液中滴加1-2滴冰醋酸。
Ⅱ5min
3、95%乙醇Ⅰ5min
Ⅱ5mn
4、80%乙醇5min
5、70%乙醇5min
6、D．W．3~5min
7、Harris苏木素液5min（冬天可适当延长，eg.20min）
8、水洗
9、0.5%盐酸酒精分色3~10seconds，镜下观察
10、水洗蓝化15~30min（注意换水）
11、70%乙醇5min
（注：脱水透明esp.透明时间可适当延长）Ⅱ10min
5、浸软蜡（50~52℃）（二道）Ⅰ30min
Ⅱ1h
6、浸硬蜡（58~60℃）（二道）Ⅰ30min
Ⅱ30min
7、包埋：注意温度、切面。
三切片
修、切、展、贴、烤（烤片55~60℃）3~10h
四HE染色
1、二甲苯脱蜡五道，每道5~10分钟
2、无水乙醇Ⅰ5min
组织石蜡包埋切片和HE染色的基本流程
一取材和固定
取材后经固定24小时（4%PA灌注取材的后固定6~8小时）以后，流水冲洗24小时，置于70%~80%乙醇中，可长期保存。
二脱水和包埋
1、95%ALC（二道）Ⅰ2~4h
Ⅱ2h
2、无水ALC（二道）Ⅰ1.5h
Ⅱ1h
3、二甲苯+无水乙醇（1：1）20min
4、二甲苯（二道）Ⅰ10min