常用DNA和蛋白质序列数据分析工具：
●序列比对工具：
a)BLAST：
●网络比对，包括基础的Blast比对、参数、特殊Blast如PSI-Blast、Blast2
等；
●本地比对，包括程序下载、安装、数据库的下载及格式化、Blast程序的
运行等。

b)多序列比对ClustalX（Windows系统）
包括程序下载、安装、及程序的运行、结果的输入输出等。

●真核生物基因结构的预测：
a)基因可读框的识别：
Genescan；
CpG岛、转录终止信号和启动子区域预测；
CpGPlot；
POLYAH；
PromoterScan；
b)基因密码子偏好性：
CodonW；
c)采用mRNA序列预测基因：
Spidey；
d)ASTD数据库
●分子进化遗传分析工具
●MEGA；
●Phylip；
●蛋白质结构和功能预测
a)一级结构
ProtParam蛋白质序列理化参数检索；
ProtScale蛋白质疏水性分析；
COILS卷曲螺旋预测；
b)二级结构
PredictProtein蛋白质结构预测；
PSIPRED不同蛋白质结构预测方法；
c)InterProScan: 模式和序列谱研究
Prosite：蛋白质结构域、家族和功能为点数据库；
Pfam：蛋白质家族比对和HMM数据库；
BLOCK：模块搜索数据库；
SMART：简单模块架构搜索工具；
TMHMM：跨膜结构预测工具；
d)三级结构
Swiss-Model Workspace: 同源建模的网络综合服务器；
Phyre：线串法预测蛋白质折叠；
HMMSTR/Rosetta：从头预测蛋白质结构；
Swiss-PdbViewer：分子建模和可视化工具；
序列模体的识别和解析；
MEME程序包；
●蛋白质谱数据分析
软件：X!Tandem、Mascot、Sequest；
蛋白质组学数据统计分析软件：TPP；
●基因芯片数据处理和分析
芯片数据的获取和处理：Express Coverter、MIDAS；
芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选：MeV、Cluster、TreeView；
芯片数据可视化：GenMAPP；
芯片数据的检索：GEO；
●转录组的数据处理和分析
●应用GO注释基因功能和通过KEGG分析代谢途径
●系统生物学网络结构分析
软件：Cytoscape。

●使用Bioperl模块做数据分析
另外，还需要了解的3大数据库网站NCBI、DDBJ、EMBL以及ExPASy网站的使用。