西南交通大学教务处制表
项目名称 项目性质 项目来源 申请经费 姓名 学号
抑癌基因 p53 与 ceRNA 调控通路识别及其在肝癌中的功能实验研究
□发明、设计 □自主立题
基础性研究 教师指导选题
□应用性研究
所属学科 起止时间
□社会调研
生物信息 2016 年 5 月至 2017 年 4 月
5000 元 学院专业 生物工程
2005 年至今 2005 年至今 时间 2012 年至今
导 师
主要科 研工作 简历
2012 年至今
2012 年至今
一、申请理由（包括项目背景及自身具备的知识、素质、能力和已参加过 SRTP 等科研项目的条件） 肝癌的发生是多因素、多阶段进展的结果，其主要致病因素包括乙型肝炎、丙型肝炎、肝硬化、 酗酒、黄曲霉毒素、糖尿病、肥胖和脂肪肝等。近年来国内外肝癌发病越来越呈现出年轻化的趋势。 肝癌年轻化，主要与年轻人越来越多不良生活习惯有着很大关系。 对肝癌的治疗可以使用手术、放疗以及化疗。但所有这些治疗效果都不佳。肝癌的 5 年生存率 为 5%左右，绝大多数病人在确诊后—年内死亡，对肝功能正常、无肿瘤转移的肝癌病人要做剖腹探 查术，以确定肿瘤是否能被切除。统计表明：只有 20%的病人其肝癌能被手术切除。肝癌的化疗也 是一种姑息性疗法，最好的疗效也只是延长病人存活期达九个月至一年左右。治疗肝癌常用的化疗 药物包括 5—氟眠嘧啶、氨甲喋呤、阿霉素以及亚硝基脲类(卡氮芥、罗氮芥)等药物的联合应用。 肝动脉灌注化疗对 50%一 70%的病人有效，可延长病人存活期达十二个月至十六个月。肝癌与肿瘤相 关的疾病迫切的需要我们寻求新的出路。 研究表明 miRNA 在肿瘤中往往表达失调，并受转录因子调控，参与多种肿瘤相关生物学进程， 如细胞凋亡、增殖、分化等。并且，近年，科研人员提出了竞争性内源 RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）的概念。本实验以肝癌为模型，从识别的 p53-ceRNA 调控中选择关键的 p53-ceRNA 调 控通路进行分子生物学实验验证。以期为 p53 与 ceRNA 调控通路在肝癌中的调控作用研究提供一定 的理论与实验基础。 自身具备的知识：生物信息学，生物统计学，遗传学，细胞生物学，分子生物学等。 素质能力：1．设计实验并完成实验的能力。2．运用计算机处理数据并分析的能力。3.获取信 息并利用信息的能力。4．综合与系统分析能力。5. 合理利用与支配各类资源的能力。6. 处理人际 关系的能力
大学生科研训练计划项目申请书
□国创项目、省创项目、□校级 SRTP 项目
项目名称：抑癌基因 p53 与 ceRNA 调控通路识别及其在肝癌中的功能实验研究 负 责 人： 学 号：
生命科学与工程学院 生物工程专业 1560
院系专业： 联系电话： 电子信箱： 指导教师： 联系电话： 填表日期：
2016 年 3 月 29 日
三、特色与创新点（200 字以内）
1. 竞争性内源 RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）是近年才提出的一种理论，但关于转录 因子 p53 与 ceRNA 调控网络的研究还不清楚 2、采用生物信息学方法与实验相结合，通过高通量筛选确定感兴趣的 p53 调控 ceRNA 3、阐明 p53-ceRNA 调控通路，尤其是在肝癌细胞中的调控对于肝肿瘤疾病的研究提供理论与实验 基础。
二、项目简介（300-500 字左右） 抑制因子 p53 被称为 “分子警察” ， 它在维持细胞正常生长及抑制恶性增殖过程中起重要作用。 MicroRNA(miRNA)是一类保守的~22nt 的小非编码 RNA，主要通过其“种子序列”与靶基因序 列 3’非翻译区的 miRNA 反应元件（miRNA response element，MRE）特异性结合，经 Ago2 蛋白引 导组装入诱导沉默复合体（RNA-induced silencing complex, RISC）执行对靶基因降解或阻遏其 翻译功能。研究表明 miRNA 在肿瘤中往往表达失调，并受转录因子调控，参与多种肿瘤相关生物 学进程，如细胞凋亡、增殖、分化等。 lncRNA 是一类 ncRNA，长度可达数万甚至数十万个核苷酸，具有极多复杂的二级结构。它们 可位于细胞核中，也可位于细胞质中，可被选择性剪接或聚腺苷酸化。许多 lncRNA 具有重要的生 物功能，如控制细胞周期、分化以及凋亡等等。 本课题拟通过下一代高通量测序技术对 p53 调控的 microRNA、lncRNA 以及 mRNA 进行分析筛 选，通过生物信息学方法对形成的 p53-ceRNA 网络进行识别，采用超几何检验（hypergeometric test）对找到的 ceRNA 进行统计学分析。以肝癌为模型，从识别的 p53-ceRNA 调控中选择关键的 p53-ceRNA 调控通路进行分子生物学实验验证。 以期为 p53 与 ceRNA 调控通路在肝癌中的调控作用 研究提供一定的理论与实验基础。
五、拟利用资源（实验室、研究所、实训基地、仪器设备、资料等） 实验室：生命科学与工程学院 生物工程实验中心
仪器设备：超净工作台，PCR 仪 ，台式离心机，恒温培养箱，恒温摇床，高压灭菌锅，平板电泳槽，普通 恒压恒流电泳仪、凝胶成像仪等 资料：老师科研小组相关科研资料和网上查询专业期刊文献资料
六、所需经费及使用计划（购置实验材料、试剂、药品、加工测试、图书资料、复印、调研、交通等经费 开支） 支出科目 购买实验低值易耗品 购买分子生物学试剂（胎牛血清，荧光定量试剂盒等） 购买实验药品（Doxorubicin 等抗肿瘤药） 项目所需的图书资料及复印 生物信息学相关软件 论文发表版面费 项目所需的交通费、网费 合计 七、预期研究成果形式： 1.√文献资料综述 5.□设计 8.√其他 2.□调查报告 6.□硬件研制； 名称： 3.√研究论文 7.□申请专利 4.□开发软件 经费预算 1250．00 2200.00 300.00 125.00 250.00 750.00 125.00 5000.00
四、项目进度安排（查阅资料、选题、自主设计项目研究方案、实验研究、数据统计、处理与分析、研制 开发、填写结题表、撰写研究论文和总结报告、参加结题答辩和成果推广等） 起止时间 2016 年 5 月 2016 年 6 月 2016 年 7 月至 2016 年 10 月 2016 年 10 月至 2017 年 2 月 2017 年 3 月 2017 年 4 月 开展内容 查阅资料，学习相关理论知识，完成文献综述。 按实验要求拟定方案。 运用生物信息学分析测序数据，统计与筛选 ceRNA。 进行体外肝癌细胞培养，识别 p53 与 ceRNA 的调控通路，检测其功能。 撰写研究论文。 结题答辩。
项目中主要承担任务 高通量测序数据分析 细胞培养 生物信息学与统计分析 基因与蛋白表达等实验
项 目 组 成 员
生物工程 生物工程 生物工程
姓名 电话 时间 主要教 学工作 简历
单位
生命科学与工程 学院
职务/职称
副教授
E-mail 授课名称 生物Байду номын сангаас息学 分子生物学 项目名称 授课对象 生物信息专业 生物工程专业 获奖情况