一、主合同作废后补充协议有效吗

应看主合同和补充协议具体约定的内容。一般补充协议和主合同具有同等法律效率。合同的权利义务终止应当符合《中华人民共和国合同法》第六章的规定。第六章合同的权利义务终止。

第九十一条有下列情形之一的，合同的权利义务终止：（一）债务已经按照约定履行；（二）合同解除；（三）债务相互抵销；（四）债务人依法将标的物提存；（五）债权人免除债务；（六）债权债务同归于一人；（七）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。

第九十二条合同的权利义务终止后，当事人应当遵循诚实信用原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

第九十三条当事人协商一致，可以解除合同。当事人可以约定一方解除合同的条件。解除合同的条件成就时，解除权人可以解除合同。

二、主合同与从合同

由于从合同要依赖主合同的存在而存在，所以从合同又被称为"附属合同"。从合同的主要特点在于其附属性，即它不能独立存在，必须以主合同的存在并生效为前提。主合同不能成立，从合同就不能有效成立；主合同转让，从合同也不能单独存在；主合同被宣告无效或被撤销，从合同也将失去效力；主合同终止，从合同亦随之终止。主、从合同是相对而言的，没有主合同就没有从合同，没有从合同，也就无所谓主合同。尽管主合同的存在并生效将直接影响到从合同的成立及效力，但从合同不成立或失效，一般并不影响到主合同的效力。

三、担保合同与主合同

担保法规定，担保合同是主合同的从合同，主合同无效，担保合同无效。主合同是债权人与债务人之间订立的经济合同。担保合同是债权人与债务人或者第三人订立的保证主合同债权实现的合同。因此，担保合同是以主合同的存在为前提、为根据的。有了主合同才有担保合同的必要，没有主合同，就不需要担保合同，正是从这个意义上讲，担保合同与主合同的关系是主从关系。担保合同的性质是从合同的性质。主合同无效，根据民法通则的规定，无效的民事行为，从行为开始起就没有法律约束力。也就是说，当事人在主合同中约定的权利义务关系等于不存在，在这种情况下，担保失去了前提，因此担保合同也归于无效。担保合同无效是否会影响主合同的效力呢?不会的，因为主合同的存在并不以担保合同的存在为前提，因此，担保合同无效并不影响主合同的效力。