GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。
∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE 实验的cDNA序列。
∙GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
∙HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。
（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。
）∙STSs - 序列标签位点。
短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
∙注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。
国际核苷酸序列数据库合作组织∙GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。
GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。
即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。
∙DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily Updates∙GenBank普通文件格式—参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
∙ASN.1格式—摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
∙FASTA格式—定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme文件，包括nt.Z （每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览核酸序列∙Entrez核酸—用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
∙RefSeq — NCBI数据库的参考序列。
校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
∙dbEST —表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
∙dbGSS —基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
∙dbSTS —序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
∙dbSNP —单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。
完整的基因组∙参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
∙UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。
序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。
o人类UniGeneo小鼠UniGeneo大鼠UniGeneo斑马鱼UniGene∙BLAST —将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。
（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）蛋白序列∙Entrez蛋白—用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
∙RefSeq —NCBI数据库的参考序列。
Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
∙FTPGenPept —下载“genpept.fsa.Z”文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。
完整基因组∙参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
∙Entrez基因组—提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。
编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。
分类表总结了蛋白BLAST 分析的结果，建议他们的可能功能，并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系（参见下面'Genomes和Maps,'部分Entrez基因组的一般描述）∙FTP基因组蛋白—从ftp站点的genbank/genomes目录下下载各种物种的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。
参见readme文件。
蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。
∙PROW — Web上的蛋白资源，关于大约200种人类的CD细胞表面分子的简短官方向导。
互相检索，为每个CD抗原提供大约20中标准信息的分类（生化功能，配体，等等）∙BLAST —将你的序列同蛋白库中的的序列比较，检索相似的序列。
（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）结构∙结构主页—关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
∙MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库（PDB）三维结构的一部分，排除了那些理论模型。
MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。
数据的说明书包括生物多聚体的空间结构，这个分子在化学上是如何组织的，以及联系两者的一套指针。
利用将化学，序列，和结构信息整合在一起，MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。
MMDB的记录以ASN.1格式存储，可以用Cn3D, Rasmol, 或Kinemage来显示。
另外，数据库中类似的结构已经被用VAST确认，新的结构可以用VASTsearch 来同数据库进行比较。
∙Cn3D —“See in 3-D”，一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列—结构或结构—结构同源比较。
Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。
∙VAST —矢量同源比较搜索工具—一个在NCBI开发的计算算法，用于确定相似的蛋白三维结构。
每一个结构的“结构邻居”都是预先计算好的，而且可以通过MMDB的结构概要页面的链接访问。
这些邻居可以用来确认那些不能被序列比较识别的远的同源性。
∙VAST 搜索—结构—结构相似搜索服务。
比较一个新解出的蛋白结构和在MMDB/PDB数据库中的结构的三维坐标。
VAST搜索计算一系列可能会被交互浏览的结构邻居，用分子图形来观察重叠和同源相似。
分类学∙NCBI的分类数据库主页—关于分类计划的一般信息，包括分类资源和同NCBI分类学家合作的外部管理者的列表。