第一章1.蛋白质氨基酸构成氨基羧基H原子R2.碱性赖精组酸性天谷Asp Glu3.肽键是有刚性的酰胺键部分双键防止肽键自由旋转4.N-末端正电荷C-末端负电荷5.多肽肽键连接起来的聚合物6.一级结构氨基酸顺序7.二级结构多肽中的区域通过折叠产生8.三级结构由不同二级结构组成9.四级结构几条多肽链组成的蛋白质形状10.二级结构a螺旋b折叠helix and sheet11.疏水相互作用非极性分子远离水分子而互相聚集在一起第二章1.核酸长的小分子聚合物2.核苷酸含氮碱基糖三磷酸3.一环嘧啶2N4.二环嘌呤4N5.大小沟major minor 蛋白质大多结合在大沟6.一圈3.4nm 10bp 宽度大约2nm7.变性260nm 单链DNA吸收很多光复性了解一下8. 1.DNA链中的碱基序列可以用来保存生产蛋白质的氨基酸序列信息9. 2.提供了作为遗传物质需要的稳定性10.3.对某些类型的损伤进行修复11.4.一定的脆弱性第三章1.原核生物转录2.起始：闭合启动子复合体开放启动子复合体取得立足点启动子清空3.延伸：局部分开两条链，RNA聚合酶创造了一个开口转录泡4.终止在型重视和ρ依赖型终止结合到RNA上形成发夹5.对基因的表达进行调控何时该表达什么蛋白特殊时期特殊表达。

6.操纵子：被协同调控的基因组织起来的结构包含一个启动子和操纵基因（operator）7.乳糖操纵子：没有乳糖时乳糖会与lac阻遏蛋白结合别构调控8.正调控CAP能感应葡萄糖水平低->激活lac基因的转录不与葡萄糖直接结合与CAMP 这样的小分子结合而发挥作用成反比（CAMP和葡萄糖）9.乳糖诱导物诱导了转录10.色氨酸操纵子trp阻遏蛋白辅阻遏物11.衰减作用：确保转录被彻底阻遏12.边转录边翻译偶联转录-翻译第四章1.RNA聚合酶I rRNA2.III tRNA 5S rRNA U6 RNA3. II SRNA MRNA1.通用转录因子与RNA聚合酶II在启动子位置形成的组合称为RNA前起始复合体2.TF II D 8-10 subunits 其中一个TATA结合蛋白（TBP）必须作为组织中心3.TAF IIs TBP相关因子取名就不能取得有意思一点一看就不是合格的程序员可读性极差不是必须的4.原核生物DNA结合基序HTH5.真核生物DNA结合基序同源异型域三个a螺旋6.Zinc fingers a+b+zn2+7.亮氨酸拉链识别不同的DNA序列异源二聚化作用8.HLH9.Trp阻遏蛋白两个蛋白的二聚体10.激活蛋白也通过改变基因中DNA的高级包装情况来促进转录第五章1.真核生物mRNA 的修饰7-甲基鸟嘌呤核苷the CTD第六章看问题第七章1. 组蛋白尾对组蛋白发挥调控作用是十分重要的，因为它上面的一些氨基酸残基可以发生改变乙酰基甲基磷酸等基团可以共价连接上去2.赖氨酸乙酰化正电->中3.甲基化激活转录也可阻遏转录4.染色质重塑蛋白能对组蛋白密码发生相应响应4.小RNA调控Mrna稳定性RISC的蛋白复合体这一复合体选用小RNA两条链中的一条并用它来与目标mRNA结合极度匹配切片不是很匹配干涉翻译5.miRNa 源自于细胞基因转录出的RNA长链中切割出来的问题1.问题1：生物学家知道染色体早在他们知道遗传物质是DNA之前就携带了遗传物质。

你为什么认为花了这么长时间才发现DNA的重要性？1）。

染色体由DNA和蛋白质组成。

所以结构上DNA和蛋白质组分都可能是遗传物质;2）DNA的结构仍然是未知的，因此很难让人们容易地接受DNA作为遗传物质;3）人们还没有找到一种好的或适当的方法来验证DNA或蛋白质是否是遗传物质。

2.问题2：许多生物学家认为，在早期的生命形式中，DNA和蛋白质非常少。

什么分子可以代替？为什么这些功能很好的候选人？答：RNA可能已经出现了。

因为1）像DNA一样，RNA可以在早期生活中用作遗传物质，如病毒;2）使用RNA还可以使病毒的早期生命直接从遗传物质中制备蛋白质，而不必像转录一样协调中间步骤。

3）RNA的相对不稳定性在其作为遗传物质的拷贝的作用中非常重要，因为这些拷贝需要被降解以使细胞具有动态生理学;4）RNA可折叠成各种复杂的三维形状，与肽类似。

这意味着RNA可以起到酶的作用，可以具有远远超出其遗传物质作用的其他功能。

核糖体是制造蛋白质的高度结构化复合物，主要由RNA组成。

3.问题3：James Watson和Francis Crick发现DNA的结构被认为是生物学史上最重要的发现之一。

你为什么认为这可能是这种情况？答：因为1）这意味着DNA分子的结构已被证明2）它也提示DNA的复制机制，揭示生命的奥秘。

3）它被认为是分子生物学诞生的象征4.问题4：“基因”的概念并不简单，我们才刚刚开始发现基因是或可能是什么。

你目前对什么是基因的理解？答：1）基因是DNA分子的一个片段。

2）大多数基因含有制造一种多肽的信息，其中一些含有制造多肽或RNA的信息。

3）基因是控制生物学特性的遗传物质的功能单位，结构单位和突变单位。

4）该单元片段中的许多核苷酸不是任意排列，而是排列成具有代码序列的含义。

5.问：DNA复制如此复杂的一些约束条件是什么？6.答案：DNA复制是复杂的，因为没有步骤可以在没有蛋白质帮助的情况下快速或自发地发生。

一些所需的蛋白质含有在的限制，例如DNA聚合酶只能在5'-3'方向合成新的DNA，DNA聚合酶由10个亚基组成，每个亚基具有独特的功能，DNA聚合酶也具有校对功能-3'-5'和5'-3'外切酶活性，等等。

7.问题：真核细胞在DNA复制过程中面临的问题是什么，原核生物不需要处理？答：1）真核生物基因组比原核生物基因组大得多;2）由于真核生物DNA与组蛋白相关，真核复制叉比原核叉更慢地移动;3）真核生物复制在细胞的生命周期是协调的，并且所有的DNA只在S期复制一次。

4）真核生物复制必须处理引物问题染色体的末端。

8.问题：滞后股是否比领先股更真实地合成？为什么或者为什么不？答案是肯定的，滞后股的合成速度比领先股慢得多。

原因如下：首先，与连续合成的前导链不同，滞后链不是合成为一条长链，而是由DNA聚合酶III 跳回叉中引起的小片段合成，合成一段时间，然后再跳回来。

其次，如果没有引物合成的引物，DNA聚合酶III不能合成DNA。

在引导链合成中，除复制起点外很少需要引物。

然而，在滞后链合成中，每个冈崎片段必须以新引物开始。

因此，首先必须为每个（1-2）kb的滞后链合成（1kb = 1000bp）添加引物。

并且在DNA复制完成之前，RNA引物必须被DNA聚合酶I替换为具有5'3'外切核酸酶活性的DNA。

最后，RNA引物降解和DNA聚合酶I合成DNA后滞后链中的空位将被连接酶密封。

所有这些步骤都需要时间。

9.问题：为什么真核基因在它们的调控DNA区域可能有许多不同的元件是重要的？答：这是因为真核生物有更多的基因，需要更复杂的基因表达调控。

真核生物启动子包含核心启动子元件，TATA盒，启动子，TF II B识别元件（BRE）和下游启动子元件（DPE）以及上游启动子元件，多种保守序列，包括GC盒和CCAAT盒。

然而，真核生物启动子几乎从未包含刚刚列出的所有元素。

不同的启动子包含这些元素的不同组合，从而提供了一种多样性，允许将数以万计的单个基因彼此清晰地区分开来。

10.问题：众所周知，许多增强子可以将数百或数千个碱基对从其正常位置移开并仍能正常工作。

为什么或者为什么不？答：这是因为DNA可以环绕，这使得增强子和附着的特定转录因子与预先起始复合物接触。

因此，虽然增强子位于远离启动子的位置，但它仍然可以正常工作。

11.问题：蛋白质如何识别特定的DNA碱基序列？你会期望什么样的氨基酸对于识别和结合最重要？答：它依赖于DNA的大沟中的结合，其中A，G，T，C的四个碱基是完全可区分的。

然而，如果在小沟中结合，G与C无法区分，且A与T不可区分，这导致蛋白质不能识别特定的DNA碱基序列。

预期可与DNA碱基化学基团相互作用的蛋白质的氨基酸对于识别和结合最重要。

12.问题：您是否期望与RNA结合的蛋白质具有与结合DNA的蛋白质相似的结构？为什么或者为什么不？答：不，我不认为结合RNA的蛋白质具有与结合DNA的蛋白质相似的结构。

这是因为与DNA的单一双链结构不同，即使在分子，RNA也具有双链和单链结构。

事实上，RNA结合蛋白通过识别它们的序列和结构而显示出对其靶RNA的高度特异性识别。

到目前为止，包括RNA识别基序，双链RNA结合基序，锌指基序在的三类RNA结合结构域被广泛研究和记录。

然而，所有这三类RNA结合结构域都与那些与DNA结合的结构不同。

RRM是75-85个氨基酸的小蛋白质结构域，其形成针对两个α-螺旋的四链β-折叠。

dsRBM是通过α-螺旋和β1-β2环结合dsRNA的70-75个氨基酸结构域。

锌指基序不是与DNA结合的CCCH型结构域，而是通过分子间氢键和Watson-Crick RNA边缘之间的相互作用与单链RNA结合的CCHH型结构域。

13.问题：修复DNA损伤的一个重要部分是识别损伤的存在，特别是它是什么样的损伤。

细胞用于识别各种损伤的一些机制是什么？答：对于每种类型的DNA损伤，细胞已经发展出修复损伤或消除破坏性化合物的特定方法。

酶光解酶通过破坏它们之间的共价键特异性识别和修复嘧啶二聚体。

O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶从DNA结构上的鸟嘌呤碱基裂解甲基和乙基加合物。

MMR 酶能够将新合成的链识别为具有未甲基化的GATC序列的链。

大肠杆菌中的NER开始当蛋白质UvrA和UvrB在损伤部位与DNA结合时。

BER开始时，称为DNA糖基化酶的蛋白质结合受损的碱基，并通过切断与脱氧核糖连接的键将其去除。

在NHEJ 中，蛋白质Ku和DNA-PK识别并结合到DNA的每个断裂末端。

14.问题：你认为细胞总是转录DNA损伤修复基因吗？你认为这些基因在某些条件下表达更强烈吗？为什么或者为什么不？答：是的，我认为细胞总是转录DNA损伤修复基因，以确保DNA损伤可以及时修复。

否则，生活会陷入困境。

虽然小的突变率驱动进化，但高的突变率使得不可能忠实地将遗传信息从代代传递到代。

即使在一个有机体的生命周期，这种突变也是灾难性的。

此外，我还认为DNA损伤修复基因在生活不利条件下表达更强烈。

由于这些条件下的DNA损伤率高于正常条件下的DNA损伤率，因此需要更多的蛋白质来修复它，尤其是那些仅适用于一次修复的蛋白质。

15.问题：对于细胞来说，哪种DNA损伤最难检测和修复？答：有两种DNA损伤对细胞来说是最难检测和修复的，例如易位和转位特别不可能逆转16.问：错配修复和核苷酸切除修复有什么区别？答：错配修复和核苷酸切除修复有三个区别。