4.16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生 物中（真核生物中其同源分子是18SrRNA）。
（三） rRNA序列测定和分析方法
1.寡核苷酸编目分析法 由于只获得了 16SrRNA分子的大约30%的序列资料，加上采用 的是一种简单相似性的计算方法，所以其结果 有可能出现误差，应用上受到一定限制。
2.全序列分析法 最常用的是直接序列分 析法。这种方法用反转录酶和双脱氧序列分析， 可以对未经纯化的rRNA抽提物进行直接的序列 测定。
分类(classification)是把单位(unit)归纳为群 (group)，并严格按顺序加以排列。
命名(nomenclature)是给予在分类中被定义的单 位以名称。
鉴定(identification)是把在分类中未知的生物体 进行定义并加以命名的过程。
微生物分类学：
即对各个微生物进行鉴定，按分类学准则 排列成分类系统，并对已确定的分类单元进行 科学命名的科学。
第一节 分生类概述
科学家估计有分类纪录的各类物种大约 有150万，其中微生物超过10万种，而且其 数目还在不断增加。微生物学工作者要认识、 研究和利用微生物或控制有害微生物，必须 对它们进行分类（classification）。
一、分类的概念
分类学是由三个关系极为密切并交织在一起的 要素组成，这三个要素就是分类、命名和鉴定。
1.rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其 功能是任何生物都必不可少的，而且在生物 进化的漫长历程中，其功能保持不变；
2.在16SrRNA分子中，即含有高度保守 的序列区域，又有中度保守和高度变化的序 列区域，因而它适用于进化距离不同的各类 生物亲缘关系的研究；
3.16SrRNA相对分子质量大小适中，便于 序列分析；
例如：金黄色葡萄球菌的学名为： Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 属名：葡萄球菌 种名：金黄色 命名人的姓 命名年份 又如： Peptostreptococcus foetidus （ Veillon ） Smith 属名：消化链球菌 种名：恶臭 原命名者 改名者 变种的学名：枯草芽孢杆菌黑色变种 Bacillus subtilis var. niger
二. 微生物的命名
（一）分类单元的命名 1.属名 属名用一个单数主格名词或当作 名词用的形容词来表示，可以是阳性、阴性 或中性，首字母要大写。 2.种名 和其他生物一样，细菌的种名也 用双名法命名，即种的学名由属名和种名加 词两部分组合而成。 3.变种的学名 是在种名后加变种名称， 并在变种名称之前加 var 。
二、系统发育树
（一）概念 在研究生物进化和系统分类中，常用一种树 状分枝的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘 关系，这种树状分枝的图型被称为系统发育树 （phylogenetic tree），简称系统树。 通过比较生物大分子序列差异的数值构件的 系统树称为分子系统树。
A
B
A BC Dຫໍສະໝຸດ CD系统树
无根树 有根树
二、分类原则
1.根据表型(phenetic)特征的相似成分分 群归类，这种表型分类重在应用，不涉及生物 进化或不以反映生物亲缘关系为目标；
2.按照生物系统发育相关性水平来分群归 类，其目标是探寻各种生物之间的进化关系， 建立反映生物系统发育的分类系统。
三、分类目的
以进化论为指导思想的分类学，其目的已 经不仅仅是物种的识别和归类，而是通过追溯 系统发育来推断进化谱系，这样的分类学也称 之为生物系统学(syatematics)。
古细菌（Archaebicteria）、 真细菌 （Eubacteria）、真核生物（Eukaryotes）。
1990年，他为了避免把古细菌也看作是 细菌的一类，又把三界（域）改称为：
Bacteria（细菌）、Archaea(古生菌)和 Eukary（真核生物），并构建了三界（域） 生物的系统树。
2.选择在各种生物中功能同源的大分子 3.所选择的分子序列必须能严格线性排 列，以便进行进一步的分析比较 4. 注意根据所比较的各类生物之间的进 化距离来选择适当的分子序列。
（二）rRNA作为进化指征的理由 大量的实验研究表明：在众多的生物大 分子中，最适合于揭示各类生物亲缘关系的是 rRNA，尤其是16SrRNA。16SrRNA所以被 普遍公认是一把好的谱系分析的“分子尺”， 这是因为：
图型中，分枝的末端和分枝的连接点称为结（node），代
表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。
系统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度变
化来表示分子序列的差异数值。
三、三界生物的由来
70年代末美国学者伍（Carl Woese）根据 16SrRNA的序列划分的三界（Kingdom，后改称 三个域）：
第二节 进化的测量指征
一、进化指征的选择 根据形态学特征推断生物之间的亲缘关系 存在两个突出问题： 一是由于微生物可利用的形态特征少，很难 把所有生物放在同一水平上进行比较； 二是形态特征在不同类群中进化速度差异很 大，仅根据形态推断进化关系往往不准确。
（一）挑选大分子的原则：
1.它必须普遍存在于所研究的各个生物 类群中
伯杰氏 (Bergey) 给种的定义是：“凡是 与典型19培86养年菌斯密坦切尔相(同St的an其ie他r) 培给养种菌下统了一定起义来：， “区一分个成19种为87是细年由菌，一的国群一际具个细有种菌高。分度”类表委型员相会似颁性布的，个体
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(Olsen和Woese 1993)
第三节 细 菌 分 类
一、分类单元及其等级 界Kingdom 门Phylum——亚门 纲Class——亚纲 目Order——亚目 科Family——亚科 属Genus 种Species
常用的细菌分类术语
培养物（culture）：是指一定时间一定空 间内微生物的细胞群或生长物。
菌株（strain）：指同种微生物不同来源的 纯培养物。如：枯草芽孢杆菌：(Bacillus subtis ASI 398)和 (Bacillus subtis BF7658 398)分别 为蛋白酶和淀粉酶生产菌。
型（form或type)：常指亚种以下的细分。
种（species)：是生物分类中基本的分类 单元和分类等级。