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细菌纤维素酶研究进展_陈春岚


高亲和性结合位点[6]。然而, 有的 CBD 的作用似乎不在于跟底 物结合, 而是破坏晶体纤维素链间的非共价相互作用; 或者不 仅结合底物, 还提供结合不同底物结构的优先权。杨永彬[7]等通 过 实 验 证 实 家 族Ⅱ的 CBD 能 够 促 使 纤 维 素 中 氢 键 的 断 裂,从 而释放单根纤维素分子链。C.fimi 的 CenA 或 Cex 单独的 CBD 不具备对纤维素的水解活力, 但能破坏棉纤维, 形成短纤维, 具 有疏解结晶纤维素的能力。实验证明, 细菌纤维素酶中的 CBD 对酶的催化活力是非必需的, 但它们具有调节酶对可溶性和非 可溶性底物专一性活力的作用。 6.3 连接桥( 1 in ke r)
【作者简介】陈春岚( 1971- ) , 女, 广西昭平人, 广西贺州学院讲师, 广西大学硕士研究生, 主要从事微生物学细菌端水解切下纤维二糖单 位, BG 则将纤维二糖水解成葡 萄 糖 , 但 对 于 Cen 和 Cex 的 作 用顺序尚未定论。
在已知结构的细菌纤维素酶分子中, 通过在异头碳原子位 通过构型的保留或构型的转化完成催化反应, 其中两个保守的 羧基氨基酸分别作为质子供体和亲核试剂, 如 C . thernmocel- lum 的 内 切 酶 CelC 催 化 域 中 Glu- 280 和 Glu- 140 分 别 作 亲 核 试 剂 和 质 子 供 体 , C .fimi 的 外 切 酶 Cex 的 Glu- 574 和 Glu- 645 分别作亲核试剂和质子供体, 证明了细菌纤维素酶降 解 纤 维 素 的 水 解 双 置 换 机 制 。由 于 纤 维 素 底 物 的 高 度 复 杂 性 以 及底物的多样性, 纤维素水解过程的并没有完全清楚。因此, 纤 维素酶系的降解机理还有待进一步研究和探讨。
3 细菌纤维素酶基因的克隆与表达
细菌中编码纤维素酶的基因在基因组的分布为随机的或 形成基因簇。在基因簇中, 有转录终止子, 没发现有启动子。人 们已从 40 多种细菌中克隆到了纤维素酶基因, 其中一些酶基 因 已 经 在 大 肠 杆 菌 和 酵 母 中 得 到 表 达 。 如 从 Stropyomyces、 Clostridium、Thermoanaer obacter、Themomonspora、Erwinia、 Pseudomonas、Cellvibrio、Ruminococcus、Cellulomonas、Fi- brobacter 和 Bacillus 中成功分离出葡 聚 糖 基 因 , 并 先 后 克 隆 了 瘤 胃 的 Bacteroides、succi nogenes 、Butyrivibrio sp Ru- minococcus albus 等细菌的纤维素酶基因, 同时热梭菌中的 11 种 内 切 纤 维 素 酶( CelA、CelB、CelD、CelE、CelF、CelG、CelH、
1 引言
目前, 纤维素是最丰富的可再生有机资源, 其生物降解主 要 由 微 生 物 — — — 细 菌 和 真 菌 完 成 。细 菌 主 要 产 中 性 纤 维 素 酶 和 碱性纤维素酶, 这类酶制剂对天然纤维素的水解作用较弱, 长 期 以 来 没 有 得 到 足 够 的 重 视 。但 原 核 生 物 的 基 因 一 般 不 含 内 含 子, 可直接从基因组 DNA 中克隆到目的基因用于工程菌的构 建。因此细菌纤维素酶基因的克隆, 既利于研究纤维素酶基因 的多样性, 也利于高效纤维素酶基因工程菌的构建。随着中性 纤维素酶和碱性纤维素酶在棉织品水洗整理工艺及洗涤剂工 业中的成功应用, 以及耐热性纤维素酶在燃料酒精生产中应 用, 细菌纤维素酶制剂已显示出良好的应用性能和巨大的经济 价值。
5 细菌纤维素酶水解机制
好氧细菌的三种纤维素酶是以各自独立的形式分泌到细 胞外水解纤维素的; 厌氧细菌的三种纤维素酶以多酶复合体形 式 结 合 在 细 胞 壁 上 对 纤 维 素 进 行 水 解 。细 菌 纤 维 素 酶 通 过 多 酶 复合体系各组分协同作用彻底有效降解天然纤维素。Cen 负责 进攻纤维素的非结晶区, 随机水解 β- 1, 4 - 糖苷键, 将长键纤 维素分子截短, 产生大量带非还原性末端的小分子纤维素, Cex
纤维素酶分子的催化结构域主要体现酶的催化活性及对 特定水溶性底物的特异性。不同来源纤维素酶分子量差别很 大, 但其催化区的大小却基本一致, 活性位点的三级结构都是 保守区域。Juy M et 等采用 x 光 衍 射 的 方 法 对 热 纤 梭 菌 的 Cel D 的催化域进行了结晶和解析[4]。结果表明, 内切酶的活性位点 位于一个开放的“裂缝”( Cleft) 中, 可与纤维素链的任何部位结 合并切断纤维素链; 外切酶的活性位点位于一个长“环”( 1oop) 所形成的“内部通 道 ”( tunnel) 里 , 它 只 能 从 纤 维 素 链 的 非 还 原 性末端切下纤维二糖。细菌的外切酶有两个酶切位点, 有限酶 切时, 可将 CBD 和连接桥分别 切 去 。Meinke A 等 利 用 蛋 白 质 工 程 的 方 法 将 粪 碱 纤 维 单 胞 菌 的 外 切 酶 Cbh A 分 子 的 Loop 删除后, 发现该酶的内切酶活性提高[5]。根据其氨基酸序列的相 似性已知的纤维素酶的 CD 可分为 70 多个家族, 在同 一 家 族 内具有相似的分子折叠模式和保守的活性位点, 因此在同一家 族内, 其反应机制和对底物的特异性都可能相同, 这已通过实 验得到证实。 6.2 纤维素结合结构域( CBD)
许 多 纤 维 素 酶 主 要 依 靠 在 肽 链 N 端 或 C 端 的 CBD 结 合 底物, 该结构又称纤维素结合模块, 其功能是将相邻的催化结 构 域 传 递 到 晶 体 纤 维 素 底 物 上 。 细 菌 纤 维 素 酶 的 CBD 由 100- 110 个氨基酸组成, 同源性较低。细菌 CBD 平坦的表面只 露出 2 个或 3 个芳香族氨基酸残基和一些形成氢键的残基,多 项研究证实, 这些残基与 CBD 对结晶纤维素的结合有关。一些 细菌的 CBD 结构有一定的共同特点: 带电荷氨基酸含量很低; 羟基氨基酸含量很高; 都含有 Trp、Asn 和 Gly, 而且两个 Cys 在 N、C 末端 的 位 置 完 全 相 同 。 汪 天 虹 等 用 多 维 核 磁 共 振 和 X 射 线 衍 射 技 术 , 证 实 了 族 Ⅱ C. Fimi Cex、Cen 以 及 族 Ⅲ C. thermocelhun Cip 的 CBD 有相似的结 构 : 由 2 个 β 片 层 面 对 面折 叠 在 一 起 , 形 成 一 个 β 三 明 治 结 构 , CBDcex 含 有 一 个 单 一 的 二 硫 桥 连 接 N- 末 端 和 C- 末 端 , CBDcip 有 一 个 Ca2+ 的
4 细菌纤维素酶分类
细菌纤维素酶是多酶复合体系, 根据各酶的功能可分为三 大 类 :( 1) 内 切 葡 聚 糖 酶 ( 1,4- D- glueanohydrolase 或 en- do- 1,4- β- D- glucanase, EC 3.2.1.4) , 简称 Cen。作 用 于 纤 维 素 内 部 的 非 结 晶 区 , 随 机 水 解 β- 1,4- 糖 苷 键 , 将 长 链 纤 维 素 分子截短, 产生大量非还原性末端的小分子纤维素, 其分子量 大 小 约 为 23- 146KD。( 2) 外 切 葡 聚 糖 纤 维 二 糖 水 解 酶 (1,4- β- D- glucan cellobio- hydrolase 或 exo- 1,4- β- D- glucanase,EC3. 2.1.91), 简称 Cex。作用于纤维素线 状 分 子 末 端 , 水 解 β- 1, 4- D- 14 糖 苷 键 , 依 次 切 下 一 个 纤 维 二 糖 分 子 , 故 又 称 为 纤 维 二 糖 水 解 酶 (cellobiohydrolase), 分 子 量 约 38- 118 KD。( 3) β- 葡 萄 糖 苷 酶( β- 1,4- glucosidase, EC3.2.1.21) 简称 BG 或称纤维二糖酶。这类酶一般将纤维二糖 或可溶性的纤维糊精水解成葡萄糖分子, 其分子量约为 76KD。
【摘 要】 概述了细菌纤维素酶的水解机制及其基因的克隆和表达, 总结了近年来纤维素酶结构和功能方面的研究成果,
展望细菌纤维素酶领域的研究前景。
【关键词】 细菌; 纤维素酶; 基因克隆; 结构与功能
【中图分类号】 Q556 【文献标识码】 A
【文章编号】 1003- 2673(2007)01- 0018- 03
CelI、CelJ、CelK、CelS) 的 基 因 已 经 被 克 隆 , 嗜 纤 维 梭 菌 的 5 种 内切纤维素酶( EngA、EngB、EngC、EngD、EngE) 已经测序并在 大 肠 杆 菌 中 得 到 表 达 。杨 智 源 、刘 永 生 、游 银 伟 等 从 不 同 的 细 菌 中克隆了内切葡聚糖酶基因[1,3]。Kim 等 克 隆 了 Aquifex aeoli- cus VF5 编码 EG 的 ce18Y 基因, 在 E.coli XL1 - Blue 中成功 表 达 , Hakamada 等 运 用 盒 式 连 接 介 导 PCR 和 反 向 PCR 克 隆 到了基因 egl- 257。 人 们 将 纤 维 素 酶 、纤 维 二 糖 等 外 源 基 因 转 入运动发酵单胞菌( Zymomonas mobilis) 中并得 到 不 同 程 度 的 表达, 有望将它改造为能将纤维素转化为乙醇的重组菌株并在 工业中广泛应用。细菌葡聚糖酶基因在 S.cerevisiae 的启动子 和信号肽的控制下构建在同一质粒载体上, 然 后 转 入 S.cere- visiae, 重组菌可向培养基分泌保留 70%活 性 的 葡 聚 糖 内 切 酶 和外切酶, 这种酶能够分解滤纸和木浆中的纤维素。
2007 年 1 月 第1期
广西轻工业 GUANGXI JOURNAL OF LIGHT INDUSTRY
细菌纤维素酶研究进展
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