• GenBank数据库 –基因组DNA数据库 –对应于表达基因的cDNA数据库 –蛋白质数据库 –表达序列标签(ESTs) –序列标签位点(STS) –基因组测序序列(GSSs) –高通量基因组序列(HTGS)
• 其它核酸数据库
• HIV Database(HIV序列数据库)
/content/index
1.4
生物信息学研究内容
序列比对 (Sequence Alignment) 蛋白质结构预测 计算机辅助基因识别 非编码区分析和ＤＮＡ语言研究
分子进化和比较基因组学
序列重叠群装配 遗传密码的起源 基于结构的药物设计 基因表达谱分析 ,代谢网络分析 ,基因 芯片设计和蛋白质组学数据分析等
• EMBL
（ European Molecular Biology Laboratory欧洲分子生 物学实验室数据库 ，EBI维护）
• GenBank
（ NCBI , National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心数据库）
• DDBJ
TUBIC
网址： /
CHGC
网址：
/
2.
分子数据库及NCBI序列检索
核酸序列数据
2.1 分子数据类型
生 物 分 子 信 息 生物分子功能数据
2.2
分子数据库 核酸数据库
植物分子生物学
生物信息学基础(12学时)
唐玉荣
tangyurong@
主要内容
1. 绪论
2学时(第2周) 4学时(第2周) 2学时(第3周) 2学时(第5周)
2. 分子数据库及NCBI序列检索
3. 双序列比对及BLAST比对工具
4. 多序列比对和分子系统发育
5. 核酸和蛋白质序列分析工具
Sanger
网址： 主要提供基因组研究相关的数 据与分析工具
SIB
网址：
http://www.isb-sib.ch/
ANGIS
网址：
.au/
NIG
网址：
http://www.nig.ac.jp/index-e.html
NCBI
网址： / 包含了公共数据库、生物信 息工具及应用等多种资源。 与很多生物信息软件相关的 站点及资源有链接。
NCBI站点图
EBI
/ 包含了生物数据库、 软件等多种资源，很 多都有相当优秀的使 用指导帮助
• IMGT(ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有
关的核酸序列数据 ) /imgt/
• dbEST (序列表达标记数据库)
/dbEST/index.html
• EPD(真核启动子数据库)
http://www.epd.isb-sib.ch/
国内
北京大学生物信息中心（CBI） 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心 （BioSino） 香港中文大学生物信息中心（HKBIC） 台湾分子生物信息中心（MBC） 天津大学生物信息中心（TUBIC） 国家人类基因组南方研究中心（CHGC）
CBI
网址：
是EMBnet和亚太生物信息网络 （APBioNet）的中国节点。
BioSino
网址： /
HKBIC
网址：
.hk/
MBC
网址：
.tw/index.php
6. 蛋白质结构预测
2学时(第8周)
主要参考书
1.基础生物信息学及应用，蒋彦等，清华大学 出版社
2.生物信息学方法与实践，张成岗、贺福初， 科学出版社
3.生物信息学，赵国屏等，科学出版社
4.生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南， 李衍达，清华大学出版社
5.生物信息学与功能基因组学，孙之荣主译， 化学工业出版社
1.5
国内外生物信息网址
美国国家生物技术与信息中心（NCBI） 欧洲分子生物学网络组织（EMBnet）
专业节点： 欧洲生物信息研究所（英国，EBI） Sanger研究所（英国，Sanger） 国家节点： 瑞士 (SIB) 澳大利亚 (ANGIS)
国外
日本国立遗传学研究所（NIG）
6. Bioinformatics :sequence and genome analysis, David W. Mount, 科学出版社
7. Instant Notes in Bioinformatics (影 印版), 科学出版社
1. 绪论 1.1 生物信息学产生背景
数据和知识的矛盾产生了生物信息学
1.2
生物信息学定义
生物信息学(Bioinformatics): 是一门交叉科学，它包含了生物信息的获 取、处理、存储、分发、分析和解释等在 内的所有方面，它综合运用数学、计算机 科学等工具，来阐明和理解大量生物数据 所包含的生物学意义。
数学
计算机 生物信息学
生物
1.3
生物信息学目标任务
• 收集和管理生物分子数据 • 数据分析和挖掘 • 开发分析工具和实用软件 –生物分子序列比较工具 –基因识别工具 –生物分子结构预测工具 –基因表达数据分析工具
（ NIG, National Institute of Genetics日本国立遗传学研 究所）
NCBI
GenBank
CIB
DNA Databank of Japan
EBI
EMBL Nucleotide Sequence Database
Patent Literature Individual Scientists/Groups Genome Sequencing Centres