适用于Ruby编程语言的生物信息学软件
BioWarehouse
一个生物信息学数据仓库整合工具包
birgHPC
为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版
Biskit
python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）
BisoGenet
一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件
一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架
ESBTL
用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构
Expander
一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据
分析的所有阶段
ExpressionPlot
一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架
EZ-Viz
用标签和按钮简化PyMOL中分子查看
ChIPpeakAnno
一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包
ChIPseqR
核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析
Chipster
用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件
CisGenome
一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统
病毒的传播和重组事件
J-Express
使用Java来探索基因表达数据
Jalview
Java多重序列比对编辑器
Java Treeview
微阵列数据可视化，树状图查看
JBrowse
下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释
jClust
一个聚类和可视化工具箱
JColorGrid
生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等
NTAP
NimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析
OBO Explorer
一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器
OMERO
灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理
OMPC
一个开源的MATLAB到Python编译器
OpenStructure
一个C++编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口
graph2tab
一个转换实验流程图为表格格式的程序库
GReEn
一个基因组重测序数据高效压缩工具
GRiP
一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具
GSEA
基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法
HilbertVis
用希尔伯特曲线来可视化基因组数据
i-cite
一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到
DBChIP
用ChIP-seq检测转录因子的差异结合
Dendroscope
一个交互式大型系统发生树查看器
DIME
基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包
DendroPy
一个系统发生计算Python库
DrugViz
一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件
dsrc
FASTQ格式中DNA序列片段的压缩
相应的非文本数据
IGB
整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化
Interpol
一个蛋白质序列预处理R程序包
interPopula
一个访问HapMap计划数据集的Python API
IntervalStats
ChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估
IVEE
用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感
可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式
KGML-ED
KEGG通路图的动态浏览和编辑
LeARN
检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台
limmaGUI
一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面
LogoBar
带有空位的蛋白质logos柱状图可视化
MACS
基于模型的ChIP-Seq峰识别软件
BALL
生物化学算法库
BALLView
用于分子建模研究和教育的一个工具
BamTools
分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包
Batch Blast
Extractor
批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序
BayesPeak
分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别
BEDTools
Cerebral
一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件
ChemmineR
一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架
ChIPDiff
从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别
的一种HMM方法
ChIPMunk
ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘
GenPlay
一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式
GEOquery
基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁
GIMP
一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件
GLITR
基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq
数据中提取转录因子靶点
GO::TermFinder
BioCoder
一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言
BioJava
Java语言编写的一个生物信息学开源框架
biomaRt
生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析
（bioconductor）间的强力连接
Biopython
适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具
BioRuby
名称
简介
参考文献
备注
ALINE
一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器
AMDA
用于自动微阵列数据分析的一个R包
AmiGO
访问本体论和注释数据
AnnotationSketch
基因组注释绘图库，基因组特征可视化
Arcadia
代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示
ArchTEx
Conscript
RasMol到PyMOL的脚本转换器
CoXpress
基因表达数据中的差异共表达分析（R包）
Cytoscape ESP
使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物
网络的Cytoscape插件
Cytoscape Web
一个交互式基于网络的网络浏览器
DAnTE
一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具
ClutrFree
聚类树可视化与解释
COBrA
一个生物本体论编辑器
Cobweb
一个网络浏览和可视化Java小程序
ComBat
使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响
coMOTIF
一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架
ContEst
评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染
比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，
GFF格式文件
BEST
结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序
BIGpre
一个下一代测序数据质量评估程序包
BiNGO
一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件
Bio++
用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库
Jetset
挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因
JSBML
一个处理SBML的灵活Java库
jSquid
一个图形化在线网络浏览Java小程序
JViz.Rna
一个RNA二级结构可视化Java工具
KEGGgraph
一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法
KEGGtranslator
FIMO
扫描一个给定motif的出现
Flapjack
图示的基因型可视化
flowViz
一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包
FPV
使用Java 3D进行快速蛋白质可视化
FunNet
一个探索转录相互作用的整合工具
FX
一个云端RNA-Seq分析工具
GaggleBridge
协作的数据分析
Gap5
一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器
PeakRanger
一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器
Phybase
一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包
BSMAP
全基因组重亚硫酸盐测序比对程序
BugView
用于比较基因组的一个浏览器，Java编写
Caryoscope
在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个
开源Java应用程序
CEAS
顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释
CentiLib
网络中心性的综合分析和探索
EagleView
一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器
EASE
在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释
Easyfig
基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形
EMBOSS
欧洲分子生物学序列分析开放软件套件
EnzymeTracker
一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统