二、微生物的命名
1. 命名法则
双名法
学名=
属名+种名+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份
Carl von Linne
斜体字
正体字（一般省略）
大肠埃希氏菌（大肠杆菌） Escherichia coli （Migula） Castellani et Chalmers 枯草芽孢杆菌 Bacillus subtilis（Ehrenberg） Cohn 1872
1、种（species)
生物分类中基本的分类单元和分类等级。
2、亚种（subspecies）和变种（variety var.）

地位最低的分类等级。 当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特 征或遗传性状，但又不足以区分成新种时，自然界分离的 称为变种，实验室所获得的称为亚种。
3、型（form或type)
指亚种以下的细分。 当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
微生物分类中，常使用的一些非正式的类群术语。
培养物（culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生 长物。 菌株（strain)：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养 物； 用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，为 一个新的菌株。 群或类群（group）：具有某些相同特性的微生物的总称。 大肠菌群：具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。 即需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性 无芽胞杆菌。 包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠 杆菌等。

蛋白质、RNA和DNA序列进化的显著特点是进化速率相对恒定， 分子序列进化的改变量与分子进化的时间成正比。 生物大分子蛋白质、RNA和DNA的结构特征反映了生物基因组 特征的分子序列，作为判断各类微生物乃至所有生物进化关 系的主要特征。

分子计时器（molecular chronometers） 进化钟（evolutionary clock）



有效发表新的细菌名称应在在国际系统细菌学 杂志（IJSB）上发表，或经IJSB审查公布。 在其他杂志或会议论文等均不能视为有效发表， 必须经过新名称的合格化发表。 发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分 类等级的缩写词。 新目“ord.nov.” 新属“gen.nov.” 新种“sp.nov.”
现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新 发现的或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
命名（nomenclature）：根据命名法规，给每一个分类
群一个专有的名称。
一、分类单元及其等级
基本的分类阶元： 界 Kingdom 门 Phylum——亚门 纲 Class——亚纲 sub 目 Order——亚目 科 Family——亚科 属 Genus 种 Species —— 亚种
三名法
学名=属名+种名 + subsp.或var. +亚种或变种加词
斜体字
正体字（一般省略）
斜体字
苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
丁香假单胞烟草致病变种
Pseudomonas syringae var.tabaci
小适中，便于序列分析； ④ 16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中。 （真核生物中其同源分子是18SrRNA）
系统发育树来概括各种（类）生物之间的亲缘关系
古生菌域
细菌域
真核生物域
1978年，美国C.R.Woese等对大量微生物和其他生物进行16S和 18SrRNA的寡核苷酸，并比较其同源性，提出三域学说（Three Domains Theory）
16SrRNA 一把好的谱系分析的“分子尺”
① rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不 可少的，而且在生物进化的漫长历程中，其功能保持不变；
②在16SrRNA分子中，即含有高度保守的序列区域，又有中度保 守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各 类生物亲缘关系的研究；
第二节
微生物分类鉴定的特征和技术
分类的依据
分类特征：
1、形态学特征
个体形态、菌落形态、液体培养
2、生理生化特征
营养、代谢产物、对牛乳的分解利用、和温度/氧的关系
3、血清反应
和已知种、菌株的抗血清反应
4、细胞壁成分分析
放线菌
5、核酸分析
GC百分比
6、红外光谱 7、生态
生物大分子作为进化标尺的依据
第十章 微生物的分类
第一节 微生物分类单位与命名
追溯系统发育，推断进化谱系。
分类（classification）：根据一定的原则（表型特征
相似性或系统发育相关性）对微生物进行分群归类，根据 相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 进行描述，以便考察和对未被分类的微生物进行鉴定。
鉴定（identification或determination）：借助于