农业部职能：（一）研究拟定农业和农村经济发展战略、中长期发展规划，经批准后组织实施；拟定农业开发规划并监督实施。
（二）研究拟定农业的产业政策，引导农业产业结构的合理调整、农业资源的合理配置和产品品质的改善；提出有关农产品及农业生产资料价格、关税调整、大宗农产品流通、农村信贷、税收及农业财政补贴的政策建议；组织起草种植业、畜牧业、渔业、乡镇企业等农业各产业（以下简称农业各产业）的法律、法规草案。
（三）研究提出深化农村经济体制改革的意见；指导农业社会化服务体系建设和乡村集体经济组织、合作经济组织建设；按照中央要求，稳定和完善农村基本经营制度、政策，调节农村经济利益关系，指导、监督减轻农民负担和耕地使用权流转工作。
（四）研究制定农业产业化经营的方针政策和大宗农产品市场体系建设与发展规划，促进农业产前、产中、产后一体化；组织协调菜篮子工程和农业生产资料市场体系建设；研究提出主要农产品、重点农业生产资料的进出口建议；预测并发布农业各产业产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息。
（五）组织农业资源区划、生态农业和农业可持续发展工作；指导农用地、渔业水域、草原、宜农滩涂、宜农湿地、农村可再生能源的开发利用以及农业生物物种资源的保护和管理；负责保护渔业水域生态环境和水生野生动植物工作；维护国家渔业权益，代表国家行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权。
（六）制定农业科研、教育、技术推广及其队伍建设的发展规划和有关政策，实施科教兴农战略；组织重大科研和技术推广项目的遴选及实施；指导农业教育和农业职业技能开发工作。
（七）拟定农业各产业技术标准并组织实施；组织实施农业各产业产品及绿色食品的质量监督、认证和农业植物新品种的保护工作；组织协调种子、农药、兽药等农业投入品质量的监测、鉴定和执法监督管理；组织国内生产及进口种子、农药、兽药、有关肥料等产品的登记和农机安全监理工作。
（八）起草动植物防疫和检疫的法律法规草案，签署政府间协议、协定，制定有关标准；组织兽医医政、兽药药政药检工作；组织、监督对国内动植物的防疫、检疫工作，发布疫情并组织扑灭。
（九）承办政府间农业涉外事务，组织有关国际经济、技术交流与合作。
（十）指导直属事业单位的工作及部属企业改革；监督部属企业国有资产保值增值；按照权限管理直属单位人事、劳动工资、机构编制工作；指导有关社会团体为农业经济发展服务。
（十一）承办国务院交办的其他事项。
职能部门根据职责，财政部内设19个职能机构：办公厅主要职责负责协调部机关政务工作；负责部党组会、部务会、部常务会及全国性农业重要会议的组织服务工作；负责部系统全国性会议计划的管理工作；负责部党组和部领导的秘书工作；负责拟定部重大工作计划、工作要点并组织实施；负责组织有关重要综合性报告、文件、讲话的起草工作；负责部政务信息、政务值班工作。
内设机构(一)综合处(二)部长办公室(三)秘书处(四)文电处(五)信访处(六)保卫处(七)新闻宣传处(八)台湾事务办公室(九)行政审批综合办公室人事司主要职责：负责农业和农村人才工作的政策研究、规划制定、宏观指导和综合协调；牵头负责农村实用人才队伍建设工作；协调组织农业部门开展农村党员干部现代远程教育工作。
负责管理部机关和部属单位人事劳动工作；研究拟定部机关和部属单位人事劳动管理和干部人事制度改革的有关政策规定，并组织、监督实施。
研究拟定部机关和部属单位领导班子及人才队伍建设规划，拟定有关政策规定，并组织、监督实施。
承办部机关和部属单位领导班子建设工作，研究拟定干部教育培训规划、计划并组织实施；按照干部管理权限，负责部机关公务员和部属单位领导干部考察、任免、调配、待遇、奖惩、辞职、辞退、监督和后备干部队伍建设工作。
设机构：(一)综合处(二)机构编制处(三)干部处(四)人才工作处(五)教育监督处(六)劳动工资处政法司主要职责：组织开展农业产业政策研究，拟订农业产业政策；组织开展农业产业安全和发展问题研究，提出农业产业保护和发展的政策建议。
提出深化农村经济体制改革的政策建议，指导农村改革试验工作；提出促进农民增收、劳动力转移、农村金融、农业保险、城乡经济社会一体化等的政策建议。
组织开展农业农村经济重大问题调研，承担农业部软科学研究及其成果转化的管理工作。
指导农业法制建设，拟订农业立法规划，组织起草农业农村经济法律法规草案及部门规章；承担机关有关规范性文件的合法性审查工作；组织对有关部门起草的法律法规中涉及农业和农村经济的条款提出意见。
内设机构：(一)综合处(二) 产业政策处(三)体制改革处(四)调研管理处(五)立法协调处(六)执法监督经管司主要职责：研究农村经营体制变革新情况新问题，提出稳定和完善农村基本经营制度的政策建议，经批准后组织实施。
研究起草农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁相关法律、法规、规章，提出相关政策建议，并指导实施；指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理工作。
拟订有关减轻农民负担的法律、法规、规章，研究提出相关政策建议，并监督实施；承担监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理工作；参与审核中央和国家机关涉及农民负担的文件、项目和标准；协助有关部门查处涉及农民负担的重大案(事)件。
内设机构：(一)综合处(二)经营体制处(三)农民负担管理处(四)集体资产管理市场司主要职责组织拟定农产品市场和农业生产资料市场建设和管理方面的法律、法规和政策建议；拟定农产品和农业生产资料市场体系建设规划、项目计划并组织实施；研究提出“菜篮子”工程建设的政策建议，组织实施“菜篮子”工程建设。
研究拟定农产品营销促销发展规划并组织实施；研究提出促进农产品流通及新型业态发展的政策措施；研究提出主要农产品和农业生产资料价格及流通政策建议。
组织起草整顿和规范有关农产品和农业生产资料市场秩序的政策法规；研究拟定整顿和规范农业各行业农产品和农资市场秩序工作方案，组织开展打假工作，督办重大案件的查处；指导农产品市场准入管理和农业信用体系建设。
内设机构(一)综合处(二)市场发展处(三)市场秩序处(四)信息统计处(五)质量监督处(六)质量标准处计划司主要职责:研究提出农业和农村经济发展战略并拟定具体实施方案；组织编制农业和农村经济发展、农业可持续发展中长期规划及农业区域发展规划。
指导农业各产业间的协调发展与结构调整工作；组织编制农业和农村经济发展年度计划；研究分析国内外农业、农村经济形势和发展情况，提出政策措施和建议。
负责农业部固定资产投资工作；组织编制农业行业固定资产投资和重点建设项目规划，提出年度固定资产投资总体安排方案，编制、下达预算内固定资产投资年度计划。
负责组织制定农业建设项目管理的规章制度；负责组织农业建设项目审批、监督检查和竣工验收工作；负责农业行业工程建设招标、投标管理工作。
内设机构:(一)综合处(二)发展规划处(三)投资处(四)行业发展一处(五)行业发展二处(六)资源区划与开发处(七)建设项目监督管理处财务司主要职责研究提出有关农业和农村经济发展的财政、税收和金融政策建议。
组织拟定财政支农项目中长期规划；研究提出财政改革的实施意见并组织实施。
研究提出农业部部门预算管理的指导意见；组织编报农业部部门预算和决算；承办预算、决算批复工作；组织部门预算执行并监督管理。
研究提出农业行业财务管理工作的指导意见。
组织编报中央财政专项转移支付等财政支农项目预算建议，并对资金使用情况进行监督检查。
负责农业财政专项资金的项目审定和资金管理工作；负责农业部利用外资、外汇额度的财务管理与监督。
内设机构(一)综合处(二)预算处(三)专项资金处(四)财务会计处(五)资产管理处(六)审计处国际司主要职责：组织制定农业国际合作与交流中长期发展规划，指导实施农业“走出去”战略。
组织政府间、部门间农业合作谅解备忘录、议定书、协议、协定的起草、谈判和签署工作。
协调管理我国与有关国际组织或机构的农业交流与合作事务；组织有关国际公约的履约和协定的执行工作。
负责农业贸易谈判、产业损害调查、贸易救济及贸易争端解决的相关工作，提出农产品和重要农业生产资料国际贸易政策建议；负责农业国际贸易促进工作。
编制有关农业国际经济、技术交流与合作规划计划，并组织实施；参与农业对外援助政策和规划制定，协助有关部门组织实施农业援外项目；负责部管外资外援项目(不含国外贷款项目)管理工作。
内设机构及职责任务：(一)综合处(二)国际处(三)贸易处(四)亚非处(五)欧洲处(六)美大处科教司主要职责组织拟定农业科技、教育、生态环境和农村可再生能源的发展战略、政策措施、规划计划，起草有关法律、法规、规章并组织实施；承办实施科教兴农与农业可持续发展战略的有关工作。
指导农业科研、农民培训和农业生态环境保护、农村可再生能源工作体系的建设工作；负责编制农业科研、教育、能源环境基本建设项目和重大专项资金项目的规划计划，并组织实施。
负责重大科研项目的遴选、实施和监督管理工作。
负责重大科技推广项目、农业重大技术引进和科技产业化项目的遴选、实施和监督管理工作。
负责农业转基因生物安全的管理与监督；研究提出农业生物技术发展的相关政策建议。
内设机构(一)综合处(二)政策体系处(三)引进开发处(四)科研计划处(五)农业转基因生物安全管理办公室(六)科技推广处(七)知识产权处(八)教育处(九)资源环境处(十)能源生态处种植业司主要职责:负责种植业(粮食、棉花、油料、糖料、水果、蔬菜、茶叶、蚕桑、花卉、麻类、中药材、烟叶、食用菌)的行业管理。
拟订种植业发展战略、政策、规划、计划并指导实施；起草有关种植业的法律、法规、规章并监督实施。
指导种植业结构和布局调整及种植业标准化生产；拟订种植业有关标准和技术规范并组织实施。
提出粮食、棉花、油料、糖料等主要农产品产需调控和品质改善建议。
提出种植业科研、技术推广项目建议，承担重大科研、推广项目的遴选及组织实施工作；负责主要农作物高产创建工作，指导种植业技术推广体系改革与建设。
内设机构及职责任务:根据以上职责，种植业管理司(植物保护办公室)设9个内设机构：(一)综合处(二)农情信息处(三)行业发展处(四)粮油处(五)经济作物处(六)种子处(七)植保植检处(国际植物保护公约履约办公室)(八)农药管理处(九)耕地与肥料管理处农机化司主要职责：指导农业机械化发展，拟订农业机械化的发展战略、政策、规划、计划并指导实施；起草有关农业机械化法律、法规、规章并监督实施。
提出有关设施农业、农用航空、保护性耕作和节水农业装备等重大经济、技术政策，并监督实施。
提出农业生产机械装备的技术要求和发展要求，拟订国家支持推广的农机产品目录，引导农民使用新型农机产品；组织实施农机购置补贴政策。
提出农业机械化科研、技术推广项目建议，承担重大科研、推广项目的遴选及组织实施工作；指导保护性耕作、秸秆机械化处理等农业机械化重点技术的试验、示范；指导农业机械化推广体系改革与建设。