第15章 生存分析
观察对象在时间区间 t,t t ]内的死亡人数 [ f (t ) 观察总人数 [t,t t ]时间区间所包含的单位时间数
风险函数
它表示已存活到时刻t的观察对象在时刻t的瞬
时死亡率,又称危险函数,常用h(t)表示:
h(t ) lim Pr ob(t T t t T t ) t f (t ) S (t )
生存分析的基本方法
统计描述
非参数检验 半参数模型回归分析 参数模型回归分析
统计描述
包括求生存时间的分位数、中数生存期、平均数、 生存函数的估计、判断生存时间的图示法,不对 所分析的数据作出任何统计推断结论。 用描述法进行生存分析的基本方法是根据样本观 察值提供的信息,直接用上述给出的估计公式计 算出在每一时间点或每一个时间区间上的生存函 数、死亡函数、风险函数以及计算出生存时间的 百分位数、平均数、半数生存期等,并采用列表 或绘图的形式显示生存时间的分布规律。
死亡密度函数
死亡密度函数简称为密度函数,观察对象在某时刻t 的瞬时死亡率,常用f(t)表示:
Pr ob(t T t t ) f (t ) lim F (t ) t
该函数表示观察对象死于(t,t+△t)小区间内的概率 的极限。在具体问题中,该函数在t时刻的取值可 用下式来估计∶ f(t)≈t时刻开始的区间内(t,t+△t)的死亡人数/ (观察总人数×区间宽度)
非参数分析方法 SAS程序
DATA=数据集:规定PROC FREQ语句使用的数 据集; METHOD=方法:指定估计生存率所用的方法;① PL,要求用乘积极限法(即Kaplam-Meier法)估计生 存率并计算中位生存时间等,为缺省方法。②LT, 要求用寿命表法估计生存率等。③INTERVALS=(初 值 TO 终值 BY 步长) 只能在指定分析方法为寿命表 法时使用。用寿命表法分析时,程序会自动给定生 存时间的区间。如果人为规定生存时间的分组区间, 则需用该选项指定。步长的缺省值为1。
Hale Waihona Puke 非参数分析方法 SAS程序
NOTABLE:指令不输出生存函数估计结果,
只输出生存时间的截尾数据和完全数据的个 数以及散点图和检验结果。 TIME语句用于定义生存时间和截尾指示变量。 对截尾指示变量可以指定发生失效事件的数 值,默认失效事件用0来表示,截尾事件用1 来表示。
非参数分析方法 SAS程序
该函数表示一个已存活到时刻t的观察对象死
于(t,t+△t)小区间内的概率的极限,它实际上 是一个条件瞬时死亡率。 在具体问题中,该 函数在t时刻的取值可用下式来估计:
t ) f (t ) h(
S (t ) 观察对象在时间区间 t,t t ]内的死亡人数 [ t时间生存者人数 [t,t t ]时间区间所包含的单位时间数
生存时间函数
描述生存时间分布规律的函数统称为生存时
间函数。常用的有生存函数、死亡函数、死 亡密度函数和风险函数。
生存函数
生存函数也称为生存概率或累积生存率,它表示观 察对象生存时间T大于某时刻t的概率常用S(t)表示:
S (t ) Pr ob(T t )
在具体问题中,该函数在t时刻的取值可用下式来 估计∶ S(t)≈生存时间长于t的观察对象人数/观察对 象总数 显然,S(t)是一个随时间增加而下降的函数,它表 示观察对象随访到t时刻的累积生存率。
第15章 生存分析
学习目标
了解生存分析的应用范围和数据特点;
熟悉常见的生存时间分布规律的函数; 掌握生存率的两种估计方法:乘积极限法和
寿命表法; 掌握估计和比较生存函数的SAS程序; Cox回归的形式、数据格式、应用和SAS程 序。
生存分析简介
在医学研究中,常常用随访的方式来研究事物发展 的规律。例如,了解某药物的疗效,了解某仪器设 备的使用寿命,了解手术后的存活时间等等。这种 研究的特点是追踪研究的现象都要经过一段时间, 统计学上将这段时间称为生存时间。生存分析就是 用来研究生存时间的分布规律以及生存时间和相关 因素之间关系的一种统计分析方法。 生存分析在医学科学研究中具有广泛而重要的应用 价值,它对人群寿命的研究,各种慢性疾病的现场 追踪研究,临床疗效试验和动物试验等研究中随访 资料的处理起着举足轻重的作用。
生存数据
生存时间资料与多元线性回归资料很相似,只不过因变量通 常为观测对象生存的时间,常用t来表示。当然,生存时间 是广义的,可以指在通常意义下生物体的生存时间、也可以 指所关心的某现象(如疾病治愈后、合格品使用后)持续的 时间。若生存时间是准确观测到的,则称为完全数据,它提 供的关于生存时间的信息是完整确切的,也就是说它准确地 度量了观察对象实际生存时间。但是生存资料的一个明显特 点是:所收集的资料中常常包含不完全数据,也称为截尾数 据、删失数据。包括删失数据的资料,称为删失资料(或截 尾数据)。它提供的关于生存时间的信息是不完整不确切的, 也就是说它没有准确地度量观察对象实际生存的时间。
均数、中位数和半数生存期
总之,生存分析主要包括四个方面的内容:
①描述生存过程,即研究生存时间的分布规 律;②比较生存过程,即研究两组或多组生 存时间的分布规律,并进行比较;③分析危 险因素,即研究危险因素对生存过程的影响; ④建立数学模型,即将生存时间与相关危险 因素的依存关系用一个数学式子表示出来。
生存数据
一般地,截尾数据可分为右截尾、左截尾、区间截 尾等不同类型。右截尾数据表示观察对象至少存活 到时刻t,即生存时间的上界是未知的。右截尾数据 一般出现在随访过程中某些观察对象失访或死于其 它原因,或在规定的研究过程结束时观察对象的终 止事件还未发生。左截尾数据表示观察对象至多存 活到时刻t,即生存时间的上界是已知的,但确切的 生存时间是未知的。区间截尾数据表示观察对象至 少存活到t1时刻且至多存活到t2时刻。
非参数分析方法 SAS程序
SAS系统中,LIFETEST过程提供非参数分析方法,用乘积 极限法和寿命表法估计生存率和中位生存时间等;用对数秩 检验(Log-rank test)、Wilcoxon检验和似然比检验等做分组 比较。该过程主要用于估计生存率及进行单因素分析。 LIFETEST过程的语法格式如下: PROC LIFETEST <options>; TIME 生存时间变量*截尾指示变量(数字); TEST <分组变量名列>; STRATA <分组变量名列>; FREQ <变量名列>; BY <变量名列>;] Run;
Cox模型
像通常的回归分析一样,人们也希望能建立起生存 时间(因变量或反应变量)随危险因素(自变量或 协变量)变化的回归方程,以便对危险因素的作用 大小有一个全面的了解和掌握、并根据危险因素的 不同取值对生存概率进行预测。由于很难获得准确 的生存时间, 前述目的较难直接实现。1972年Cox 提出了比例危险模型,简称为Cox模型。 由于此模 型在表达形式上与参数模型相似,但在对模型中各 参数进行估计时却不依赖于特定的假设,所以又称 为半参数模型。
均数、中位数和半数生存期
除了上述的生存时间函数外,均数、中位数、半数 生存期等也反映一组生存时间平均水平常用的统计 指标。由于生存资料多呈正偏态分布,更适宜选用 百分位数,包括中位数指标。 半数生存期,指寿命的中位数,表示有且只有50% 的观察对象可以活这么长时间。由于截尾数据的存 在,半数生存期的计算不同于普通的中位数,它可 应用生存函数曲线图或生存函数公式,令生存率等 于50%,然后推算生存时间。
统计描述
用描述法估计生存时间分布规律的优点是方
法简单且对数据的分布无要求,但它的缺点 是①不能比较两组或多组生存时间分布函数 的区别;②不能分析危险因素对生存时间的 影响;③不能建立生存时间与危险因素之间 的数量依存关系模型。
非参数检验
检验分组变量各水平所对应的生存曲线是否 一致,对生存时间的分布没有要求,并且检 验危险因素对生存时间的影响。 非常数法可以用来完成:①估计生存函数; ②比较两组或多组生存函数;③分析危险因 素对生存时间的影响。缺点是不能建立生存 时间与危险因素之间的数量依存关系的数学 模型。常用的方法有乘积极限法(PL法) 和寿命表法(LT法)。
生存数据
生存数据,指的是生存时间以及与生存时间有关联 的一组独立变量。这里主要解释与生存时间有关的 几个概念。 在生存分析中将生存时间定义为从某起始事件起到 某终止事件为止所经历的时间跨度。例如,在临床 研究中,冠心病患者在两次发作之间的时间间隔; 在流行病学研究中,从开始接触危险因素到发病所 经历的时间;在动物研究中,从开始给药到发生死 亡所经历的时间。所以,生存时间也称为失效时间。
死亡函数
观察对象的生存时间T不大于某时刻t的概率
称为死亡函数,又称为死亡概率函数简称为 死亡概率,它表示一个体从开始观察起到时 刻t为止的死亡概率,常用F(t)表示:
F (t ) Pr ob(T t )
显然,F(t)是一个随时间增加而上升的函数,
它表示观察对象随访到t时刻的累积死亡率。
生存数据
导致数据删失有很多原因,较常见的为失访和研究 截止。由随机因素引起的,称为随机删失;若事先 就定了截止日期,则称为定时删失;若事先就定了 观察完多少例就截止研究,则称为定数删失。 在表 达删失数据时, 常在其右上角放一个“+”号;而 用SAS软件分析时,常在其前放一个“-”号或产 生1个指示变量(例如,C=0表示删失数据、C= 1表示完全数据),便于计算时区别对待。为了使 数据的表达与计算在形式上统一起来,本章一律用 负数表示删失数据,因生存时间不可能为负值,故 不会产生混淆。
生存数据