景天与重楼的最后一战已经过去了18年，大家都过着和平的生活，只可惜这样的日子随着蜀山突然出现的天地异像被彻底打破了，一场20年前种下的“因”，终于在20年后爆发出了“果”。

面对着这场突如其来的巨大浩劫，蜀山的存亡变为了一切的核心，并非蜀山弟子的南宫煌将担负着拯救蜀山的责任。

《仙剑奇侠传3外传：问情篇》承接了《仙剑奇侠传3》中未完的故事，未尽的情缘，那些已经知晓的人物都将一一登场，如李逍遥之父李三思、酒剑仙、蜀山剑圣，他们与南宫煌之间的故事很好地填补了一代与三代之间的空白。

唐家堡一天，南宫煌应酒鬼要求下山买酒，刚进入唐家堡就见到前面围着一群人，原来是一个江湖道士在设骗局骗钱，南宫煌自知学会几招变戏法的功夫，于是上前搅乱道士的骗局，再利用激将法引道士赌了一把，让道士的全部身家都输个精光，蛮以为道士的包袱里会有什么宝贝，竟然只有一枚“壮泉四十”的古钱还算值钱。

南宫煌被旁边的桃子妖怪吓了一跳，但看它可怜，只好将它放走。

之后，南宫煌来到唐家堡正门旁边的百酌楼买酒，正准备付钱时才发现自己的钱被人偷了，他无奈地在外面逛，试图找出偷钱的贼。

在一条大街（墙上有个“唐”字）上，他发现一个少年身上散发出酒的香味，企图将酒偷来，但被识破，原来那人就是李三思（李逍遥的父亲）。

两人发生了争执，后来决定以酒为赌注来比试一番，没想到两人比试过程中不甚将酒摔烂，南宫煌只好将“壮泉四十”作为赔偿赠于李三思，而李三思也认为对方为人不错，将祖传的“飞龙探云手”传授给南宫煌，两人也因此成为了朋友。

李三思走后，南宫煌还为买酒的钱着急，路过告示牌时，发现告示牌上写着唐家客栈求法师捉妖的启事，正准备撕榜时，被一个粗暴的女孩从后面硬抢了过去，她是一个外来人，并不知道客栈的位置，南宫煌指示了一个错误的路线，而自己抢先赶到了客栈。

正准备施法抓妖时，那个女孩却赶到了，她用宝镜照出妖怪的原形，但没办法将其逼出古树。

两人争执起来，后来得到客栈内一位高人的指示，让酒坛子妖显出原形，于是两人合力将妖怪收服。

两人通过协商，女孩得到了赏钱，而南宫煌得到了白堕春醇。

春云麓告辞众人后，南宫煌从唐家堡后门来到了春云麓，正抱怨酒太重时，又碰到了刚才的女孩，原来她叫温慧，南宫煌还对她的名字取笑了一番，她也准备上蜀山，但不认识路怎么走，只好找南宫煌帮忙。

南宫煌答应了，但要求她假扮一位挑夫上山，温慧力大无穷，拿起酒来毫不费工夫……蜀山前山两人来到蜀山前山，只见山上一片通红，气温相当热。

温慧好不容易来到了蜀山，自己一人到处去逛逛，南宫煌也没时间理她，先到蜀山西侧找酒鬼司徒钟，用白堕春醇来换取万剑诀的传授。

接着，南宫煌找司徒钟询问天气变热的缘故。

这时候，独孤守云进来教训了他们一顿，突然传来召集蜀山弟子的钟声，他们匆忙向蜀山后山跑去，南宫煌虽然不是蜀山弟子，但好奇心促使他也跟着去凑热闹蜀山后山通过剑楼来到了后山，只看到众人接到长老的吩咐后就纷纷离开了，南宫煌看到温慧在旁边准备抓先前见过的桃子妖怪，马上上前制止（有两个选择，只是增加好感度），桃子妖怪乘机逃跑了。

南宫煌和温慧在那里听到屋内有人在说话，于是在外面偷听，两人在你推我让中将眼睛对上了，温慧脸颊红了起来，便一拳打向南宫煌，将他打进房子内。

原来是长卿掌门和常德长老在里面谈话，他们对南宫煌盘问一番后将其放走。

刚走出房间，看到众人带着温慧见掌门，经过温慧解释后，还是弄清了温慧来蜀山的目的。

蜀山前山南宫煌再次通过剑楼回到家中（东面），与父亲谈论过后决定出去透透气，并打算去地脉门户（北面）看看。

来到地脉门户前，有两个弟子守卫着，不让南宫煌进去。

突然两个弟子倒在地上，原来是温慧从后面将两人打晕，于是两人协商一起进地脉门户去看看。

地脉门户进入地脉门户后，在几个隧道中开启一个机关，然后顺着大道来到地脉大厅，发现很多尸体都倒在地上，他们两人将所有弟子的尸体都搬了出去，搬完后正巧碰到长卿和常德前来，南宫煌将所见到的都叙述给他们两人，经过长卿和常德的考虑，于是委托南宫煌前往绿萝山找清冷仙人，温慧也请求一同前往，长卿答应了，还将御天飞行术传授于南宫煌。

与长卿辞别后，南宫煌在后山找到了温慧，两人用御天飞行术前往绿萝山。

绿萝山通过御天飞行术来到了绿萝嶂，南宫煌和温慧两人因意见不合而分道扬镳，温慧还用石头将去路挡住，南宫煌只好从另一条路饶过，还看到温慧与一位长翅膀的少女王蓬絮一起，温慧认为她是妖怪，但南宫煌否认了，正当这时，一个妖怪突然出现，三人合力对付妖怪后便一起上路了。

经过曲折的迷宫后来到了绿萝山，进入未生堂见到清冷仙人和殊明仙人，清冷仙人告诉他们要打通所有地脉才能恢复到原始状态，并将五灵轮刻于南宫煌之身。

辞别清冷仙人后，南宫煌三人一起从南面的新出口用御天飞行术回到蜀山。

蜀山回到蜀山后，南宫煌马上找长卿报告，将清冷仙人所说的全部陈述给长卿，并称只有自己才能拯救蜀山，长卿也没其他办法，并将《土隐》交于南宫煌。

南宫煌回到家与父亲打过招呼后马上赶到了地脉门户，在里面使用了五灵轮打开了雷属性地脉的入口，两人匆匆走了进去。

少阳三焦通过雷门后，三人来到了少阳三焦，碰到了波罗大王，它的言语惹怒了两位少女，她们准备与波罗大王战斗时，它却不知跑到哪里去了，三人决定在这里找到波罗大王。

先通过少阳三焦一的迷宫，来到少阳三焦二的迷宫，这里难度大，行动的路线分别是：甲1右、甲2中、甲3左、甲4中、乙1左、乙2左、乙3右、乙4右、乙5中、丙1左、丙2中、丙3右、丙4中、丙5中、丙6右、丁1右、丁2中、丁3右、丁4右、丁5左、丁6右、戊1右、戊2中、戊3左、戊4左、戊5左、已1左、已2左、已3中、已4左。

最后来到少阳三焦三，见到了波罗大王，击败它后发现旁边有道密门，三人从密门进去。

里蜀山刚刚来到里蜀山，就见到一群妖怪在战斗，思堂看到南宫煌等人是外来的，二话不说就与他们打起来，击败思堂后，星璇也来了，经过调解，大家都成为了朋友。

南宫煌等人很久没吃过饭了，来到外城南部客栈附近的一个废屋前，听到有人在屋内争吵，进去一打听，原来是三个妖怪为一个果子而吵架。

正当这时，非常饥饿的王蓬絮偷吃了果子，身体也变得很小，[ALi:PAGE]为了寻找解药，其他人不得不寻找偷了“炼腰壶”的狸猫。

到外城北部逛一逛，突然其中一个妖怪通知南宫煌等人已经知道狸猫下落了，就在废屋对面，众人赶到那里，击败它后王蓬絮也恢复了原样。

他们经过长途跋涉后都累了，来到废屋休息。

这时候，星璇带来了一些食物，随后星璇身上的毒发作，同时思堂也来报告，说在外城南部的至宝灵丹旁发现阴性地脉入口，他们马上赶了过去，南宫煌等人也跟了过去。

厥阴心包从阴性地脉入口来到厥阴心包，通过三层的迷宫后，来到终点处，南宫煌遭到几次雷劈后变成了一个狼人，接着出现一个怪物，战斗之。

变身成狼人以后的南宫煌虽然不能使用药物法术和特技，也不能接受药物和法术等的效果，但是基本攻击和速度都非常的强，而且还是连续3次攻击。

击败怪物后，殊明赶到这里，为他解除身体的变化，并解释了南宫煌为什么会变狼人的原因，南宫煌也会学得“摄灵法阵”的特技。

殊明走后，三人从前面的地脉出口走了出去。

胜州走出地脉出口，听温慧说这里是胜州，只见前面的室韦族祭坛围满了人，原来是室韦族的撒满准备烧死室韦族前族长雷元戈，大家都认为他被妖怪附身。

南宫煌并不这样认为，用小聪明蒙骗撒满，并答应对方寻找断水的原因，来换取雷元戈的性命。

雷元戈突然说话了，并与三人结成了伙伴，一同去纳林河源找断水的原因。

通过纳林河源三层的迷宫后，在终点处碰到一只土灵兽，它以为南宫煌等人想要伤害它的孩子，于是与他们打了起来。

土灵兽非常强，而且不惧怕魔法攻击，击败它后才知道它为了自己的孩子不被大水淹死才用法力将河水堵住，王蓬絮将小土灵兽抱到安全地方后，土灵兽将土灵珠赠于南宫煌，而自己被大水吞没。

四人回到祭坛，撒满以茶酒来感谢南宫煌。

第二天，突然出现一个人在温慧身边，原来他是温慧的叔叔，而温慧是王爷的女儿，两人送走了罗叔叔后，与其他两人结伴一起回到蜀山。

蜀山回到蜀山后，南宫煌马上到无极阁向长卿汇报情况，长卿也知道南宫煌累了，便让他回家休息。

回到家中，南宫煌与父亲谈起自己的身世，但父亲怎么也不肯说自己的亲生父母是谁。

无奈中，只好跑到外面观看星象，其实他想去经库调查自己的身世。

快到经库（地脉门户旁边）时，发现雷元戈跟着长卿进入了经库，自己也偷偷进去，并从地上一本经书上得知一名为“丝缎”女子是自己的母亲。

为了寻找上一年之记录而走到经库上层，但被长卿发现，两人谈话的时候，雷元戈从后面偷袭长卿，可惜反倒中了长卿一掌。

经过一番解释后，长卿让南宫煌带雷元戈去疗伤，刚走出门口，雷元戈不愿意回答南宫煌的问题而跑开了，南宫煌不放心他的伤，便来到他的住所（南宫煌家隔壁），雷元戈依然不愿意回答，南宫煌被气得回家睡觉。

第二天，南宫煌来到无极阁，正碰到殊明和长卿在谈话，殊明准备去锁妖塔，并打算带上南宫煌，不过南宫煌还需要再次回到地脉门户将剩余的通道打通。

阳名百纳再次进入地脉门户，这次来到了阳名百纳，通过三重迷宫后来到终点处，那里只有一个石像，温慧只因将“血”字看成“皿”字而被南宫煌取笑，恼羞成怒的她踢了几下石像，没想到石像竟然流出血来，他们打算逃跑时，一只名为血魂姬的怪物出现了，击败它后会中了她的血濡回魂法术，将众人拉入梦境。

京城南宫煌竟然来到了二十年前的京城，走到树下向一个小女孩打听消息，没想到她竟然是南宫煌的母亲丝缎，之后赤炎出现了，他带着丝缎在京城到处游玩，先是在城东看船，接着在客栈门前赠送礼物，然后在妓院门前拒绝老鸪的邀请，最后在织浓绣坊（刚出现的地方）告别。

南宫煌正准备上前询问，血濡回魂将他传送到尚书府前，碰巧遇到净明长老和相国小姐（温慧母亲）出来，南宫煌想从后面跟踪净明，但被发现，净明向南宫煌发动攻击，却被旁边的丝缎奋身抵挡。

无奈之下，净明放弃追杀南宫煌，将丝缎带回蜀山医治。

蜀山血濡回魂又将南宫煌传送到几年后的蜀山，丝缎已经成了蜀山弟子，紫萱为了满足丝缎而私自将赤炎从锁妖塔放出，两人与南宫煌谈话后，为躲避蜀山弟子而匆忙离开，而南宫煌为了掩护他们将两名蜀山弟子催眠。

石村血濡回魂将南宫煌传送到一年后的石村，来到一个小屋前见到了赤炎，为了报答救命之恩，赤炎特意款待南宫煌。

南宫煌回客房准备睡觉时，赤炎进来与南宫煌谈话，突然一声巨响，赤炎急忙赶了出去，但赤炎也被血濡回魂转送到其他地方，不过他已经知道自己有个哥哥。

阳名百纳这次终于回到了现实世界，南宫煌醒来后发现王蓬絮和温慧都倒在地上，于是便将两人叫醒（叫醒的顺序影响好感度），三人从出口走了出去。

双溪地脉出口出现在溪流的上方，三人被溪流冲散了，南宫煌醒来后就去找其他人，没走多远就找到了正在换衣服的温慧，南宫煌偷窥失败，还挨了一顿。

两人继续去寻找王蓬絮，在不远处发现一个魔物抓住了王蓬絮，星璇为救王蓬絮而受伤，在与魔物的战斗中只要坚持几回合就能宣告战斗胜利。