虫霉目是接合菌门（Zygomycota）中的重要目，迄今世界上已记录200余种。
该目真菌广布于全世界，多为陆生节肢动物（主要是昆虫）的专性病原菌，少数侵染水生昆虫，是昆虫种群自然控制的重要因子和害虫生物防治的重要材料。
起先，该目的多数种都放在虫霉属（Entomophthora）内，但后来，分解该属的呼声日高，Thaxter（1888），Batko（1964-1966），Remaudiere & Keller（1980），Humber & Ben-Ze’ev（1981）和Ben-Ze’ev & Keneth（1982a，b；1987）都对此作了大量有意义的研究工作，并提出各自的分类系统（李增智，2000），总结上述分类系统中可以肯定的成分，Humber于1989年发表了其6科21属的新系统，目前，真菌辞典第8版（Hawksworth et al.，1995）和多数学者接受Humber系统。
对虫霉基因组的研究始于1986年，Murrin等发现灯蛾噬虫霉（Entomophaga aulicae）中的每一个核含8.2pg的DNA（8 106kb），G+C含量为38％。
在原生质体每一个核分裂中期，可见15条染色体。
他认为该菌的基因组大小比其他真菌高2个数量级。
为分析虫霉目真菌的系统发育和分子进化，Nagahama等（1995）选用小亚基rDNA为靶分子，用测序的方法，研究了虫霉目中的4种代表种根虫瘟霉（Zoophthora radicans），冠耳霉（Conidiobolus coronatus），蝇虫霉（Entomophthora muscae）和蛙生蛙粪霉（Basidiobolus ranarum）和接合亚门中的一种毛霉菌（Smittium culisetae），序列分析结果显示：虫霉目中的4个种分别归为两类，蛙生蛙粪霉这一类中包含壶菌属（Chytridium），（Spizellomyces）和（Neocallimastix），其余三个种（根虫瘟霉，冠耳霉，蝇虫霉）聚为一类，这类也包括毛霉属（Mocur）。
Jensen等（1998）用nu-SSU-0021-5'（CTGGTTGA TTCTGCCAGT）和nu-SSU-1780-3'（AA TGA TCCTTCCGCAGGT）为引物扩增了7种属虫霉目的真菌（块状耳霉Conidiobolus thromboides，实蝇虫霉Entomophthora schizophorae，细腰拟虫疫霉Eryniopsis ptycopterae，线虫缓步霉Macrobiotophthora vermicola，新蚜虫疠霉Pandora neoaphidis，绝育斯魏霉Strongwelllsea castrans，根虫瘟霉Z. radicans）的核糖体小亚基DNA（SSUrDNA），并对其测序，这些序列和其他已发表的SSUrDNA序列比较，采用表性型和分支分类方法得到了系统发育树。
系统发育树表明，虫霉目是一单源类群（不包括蛙生蛙粪霉Basidiobolus ranarum）。
正如Nagahama所说蛙生蛙粪霉和属于Chytridiales的Chytrids及Neocallimas的关系比虫霉目更密切。
核的特点（大核包括明显而浓缩的染色质和缺乏明显的核仁）是将单系的虫霉科分出的有预见的分类标准。
孢子的特征可将虫霉科（仅指专性寄生菌）分为2个谱系，1类是具单核的分生孢子，另一类是具多核的孢子。
被研究的耳霉（Conidiobolus）的两个种是并系类群。
先前对根虫瘟霉的形态学和生物化学的研究表明该种种内变异大，其寄主的广泛性（是迄今为止在虫霉目中寄主最广泛的种）导致许多学者建议根虫瘟霉实际是一个复合种，可依据对不同寄主的致病性区别，将其划分为不同的种。
Hodge等（1995）用RAPD技术对来自9个国家，寄主分别属于3目7科的38个根虫瘟霉菌株用6种引物进行了研究，该研究的目的是为了证明来源于塞尔维亚7株根虫瘟霉，通过人工放菌，是否在纽约州Ithaca的试验田中定殖下来。
结果证实了该菌株已成功定殖，同时也表明分离自相同地理来源或相近寄主的菌株具遗传均质的图谱，这一结果和前人对根虫瘟霉种内变化研究结果相一致。
38个菌株有4株分离自同翅目蚜科的3种蚜虫，尽管它们分别来源于墨西哥，以色列，美国的纽约州和爱达荷州，采集年份相差11年，但它们的RAPD图谱都相近。
分离自北美各地的蚕豆微叶蝉（Empoasca fabae）及从放菌样地中采集的叶蝉病尸的菌株，巴西的2株侵染E. kraemeri，塞尔维亚的7株侵染叶蝉及北美的3株侵染鳞翅目卷叶蛾科的菌株，这四组组内菌株间也表现出相似的RAPD图谱。
更令人感兴趣的是分离自蚜虫菌株和分离自叶蝉及分离自鳞翅目菌株的RAPD图谱有明显的区别。
Hajek 等（1996a）进一步研究了虫瘟霉属内若干种的相互关系，她采用RAPD方法探讨了北美苜蓿象甲（Hypera punctata）爆发的流行病叶甲虫瘟霉（Zoophthora phytonomi）的来源问题。
结果清楚的说明，在北美，对于分离自三叶草象甲的叶甲虫瘟霉来说，侵染苜蓿象甲的叶甲虫瘟霉是一种新的基因型，作者推测它可能由欧洲传入或是基因改变而得到。
结果同时也表明叶甲虫瘟霉和两株分离自鳞翅目和同翅目的根虫瘟霉（两株谱带一致）有显著差异。
舞毒蛾（Lymantria dispar）是美国重要的森林害虫之一。
在1989年，美国东北部，爆发了大规模的舞毒蛾的虫霉流行病，病原被暂归为灯蛾噬虫霉复合种（Entomophaga aulicae complex〉（在美国该种可侵染鳞翅目许多种不同的昆虫）。
为此Hajek等（1990）用等位酶和RFLP技术比较了来自美国和加拿大分离自不同寄主的灯蛾噬虫霉（E. aulicae），6株来自日本分离自舞毒蛾的舞毒蛾噬虫霉（E. maimaimga）（形态上类似灯蛾噬虫霉）和新分离的侵染美国舞毒蛾的3株菌株。
结果确认舞毒蛾的虫霉流行病的病原是舞毒蛾噬虫霉。
Hajek 等（1996b）用RFLP方法结合PCR技术，分别扩增并酶切灯蛾噬虫霉复合种不同菌株的18S基因3’端的200bp和25S基因5’端的1100bp的片断，结果表明美国的灯蛾噬虫霉复合种含4个隐蔽种（寄主各不相同），组1为典型的灯蛾噬虫霉，组2分离自西合毒蛾（Orygia vetusta）的一株新菌株，其带型明显和美国及日本的舞毒蛾噬虫霉相区别，组3的寄主可能是某种夜蛾（Heliothis sp.），组4则是已经被命名的舞毒蛾噬虫霉。
Walsh等（1990）用来自酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的rDNA重复单位的片断为探针来检测噬虫霉属的rDNA序列的限制性片断长度多态性。
用10种限制性内切酶（BamhⅠ，DraⅠ，EcorⅠ，EcorⅤ，HindⅢ，HinfⅠ，MspⅠ，PstⅠ，RsaⅠ& TaqⅠ）酶切加拿大的6株分离自云杉芽寄生虫和hemlock looper的灯蛾噬虫霉的总DNA，没有发现rDNA的变化。
用Dra1，Hinf1酶切，比较14株具不同地理来源和寄主的灯蛾噬虫霉的rDNA，据此可分为2种不同的带型，其中12株有一致的带型被命名为灯蛾噬虫霉1型，其他呈另一谱带的2株称为灯蛾噬虫霉2型。
rDNA酶切位点的变化和地理起源并不相关。
舞毒蛾噬虫霉是新近从灯蛾噬虫霉复合种独立出来的一个种，用DraⅠ，EcorⅠ，EcorⅤ，HindⅢ酶切2个种的rDNA，2者的酶谱有明显的差别。
蝗噬虫霉复合种的rDNA酶切谱带明显不同于灯蛾噬虫霉及舞毒蛾噬虫霉的带型。
然而，蝗噬虫霉复合种种间的异源性更大于灯蛾噬虫霉复合种种间的异源性。
4株蝗噬虫霉，在DraⅠ，HindⅢ酶切作用下，表现3种不同的rDNA 带型，在文中被命名为1型，2型和3型。
1株未鉴定分离自双翅目的噬虫霉菌株的rDNA 酶切谱带和鳞翅目及直翅目菌株均差别较大。
Bidochka等（1995）等为证实属虫霉目的蝗噬虫霉（Entomophaga grylli）对蝗虫不同亚科有不同的寄主专化型，为此采用了3种不同的分子手段对蝗噬虫霉复合种的3种致病型进行了研究。
第一种方法是通过RAPD方法，结果表明在同一致病型内，RAPD谱带没有或极少有菌株间的变化。
一株来源于澳洲蝗虫的属致病型3的菌株，通过北美蝗虫的传代，其传代株的RAPD图谱和出发株完全一致。
第二种方法，以多态的RAPD扩增片断为探针和3种致病型的基因组杂交，发现了和致病型相关的DNA片断。
第三种方法，先构建3种致病型的菌株的基因组文库，再用致病型相关的DNA片断筛选，最终为每种致病型分离出致病型相关的基因组探针。
这些探针不能和灯蛾嗜虫霉（E. aulicae）及蝗虫的DNA杂交。
为利用分子技术来鉴定不同的致病型，作者还创立了用虫尸的休眠孢子提取DNA的方法，从休眠孢子提取的DNA足以和致病型相关的探针杂交。
因此，上述2种探针的利用，可对从田间采集的感病蝗尸进行致病型鉴定。
Rohel等（1997）等用RAPD-PCR和扩增rDNA转录间区（ITS1-5.8S-ITS2）2种分子生物学手段研究了30株来自不同国家和不同寄主的新蚜虫疫霉（Erynia neoaphidis）及1株近藤虫疫霉（E. kondoiensis）。
31株虫疫霉的rDNA转录间区长度有4种类型：1）575bp型,这一类群的菌株均来自非蚜虫的寄主；2）1000bp型（其中含近藤虫疫霉）；3）1100bp型；4）1450bp型；后3种类群的菌株均分离自蚜科寄主，其中1100bp型是世界广布种，因为2/3的来自不同地域的菌株均属该类群，ITS类型和形态及生理特性相关。
在同一的ITS类型内，菌株间RAPD图谱也有很大的差异，在某些情况下，RAPD图谱的相似性与地理来源有关。
在寄主均属蚜科的菌株间，不论是ITS类型还是RAPD图谱和寄主均无关联。